【R語言】解決GO富集分析繪圖,標簽重疊問題

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關。

目前創(chuàng)新互聯(lián)已為成百上千的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設、域名、虛擬空間、網(wǎng)站托管維護、企業(yè)網(wǎng)站設計、青云譜網(wǎng)站維護等服務，公司將堅持客戶導向、應用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長，共同發(fā)展。

但是該方法存在一個很大的問題，那就是當x軸標簽數(shù)量很多時，那么就無法通過這樣的方法進行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫布，那么反過來，我們也可以調(diào)小x軸標簽字體。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

【R語言作圖】富集分析結果直方圖

1、最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

2、直方圖(Histogram)，又稱質(zhì)量分布圖，是一種統(tǒng)計報告圖，由一系列高度不等的縱向條紋或線段組成，表示數(shù)據(jù)分布的情況。 一般用橫軸(X軸)表示數(shù)據(jù)類型，縱軸(Y軸)表示分布(相應值的頻數(shù))情況。

3、R語言繪圖系列：標度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標度將我們的數(shù)據(jù)轉化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標度也為我們提供了讀圖時所使用的工具，比如說坐標軸和圖例?？偟膩碚f，可以稱為引導元素。

4、利用R包rworldmap & rworldxtra來作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個國家對應一個坐標，一個國家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶數(shù)據(jù)構建新的畫圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

5、步驟 新建一個空白的project，然后導入數(shù)據(jù)，可以粘貼復制，也可以用導入數(shù)據(jù)。請點擊輸入圖片描述 選中數(shù)據(jù)--點 Plot Column/Bar/PieColumn，軟件就會自動計算生成直方統(tǒng)計圖。

如何用cytoscape做go富集

對Tko組中特異性下調(diào)的基因進行GO分析，發(fā)現(xiàn)這些基因在生物過程中顯著富集，主要可分為有機酸/羧酸/脂質(zhì)代謝過程、細胞對化學刺激的反應以及參與與共生體相互作用的宿主細胞的自噬(圖7d)。

個人對富集分析的理解還是要有一堆基因才能做。 PPI分析 ：根據(jù)node degree篩選其中的hub基因（STRING和Cytoscape分析）。之后可以從hub基因中篩選與預后相關的基因。

通過蛋白互作網(wǎng)絡分析，我們構建靶基因PPI網(wǎng)絡，并結合CytoHubba中的算法（Cytoscape中的插件），最終篩選出20個hub基因。同時，使用STRING數(shù)據(jù)庫，我們對預測出的靶基因進行GO和KEGG富集分析。

可視化地圖和節(jié)點-邊屬性瀏覽會打開很多可視化選擇，比如把標簽大小和富集得分或p-values進行連接。

你好！如果你努力工作，你可以使用 r 語言來收集和可視化遺傳本體和路徑，r 包可以是 gosim (去分析) ，或者集群剖析器(gokegg)2細胞景觀的插件式聯(lián)盟可以愚蠢地顯示路徑的圖像，可以用來直接張貼(至少對于低分)。