【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問(wèn)題

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

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但是該方法存在一個(gè)很大的問(wèn)題，那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時(shí)，那么就無(wú)法通過(guò)這樣的方法進(jìn)行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫(huà)布，那么反過(guò)來(lái)，我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫(huà)富集分析示意圖（非氣泡圖）。

在是否需要構(gòu)建的問(wèn)題上，我看到徐洲更在 功能注釋后如何做富集分析 中提到 “你不需要構(gòu)建Orgdb，因?yàn)镺rgdb的用途是進(jìn)行基因編號(hào)和GO/KEGG的轉(zhuǎn)換。

單細(xì)胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無(wú)比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見(jiàn) monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個(gè)樣本，沒(méi)辦法區(qū)分HC和病例組。

匯編語(yǔ)言上機(jī)環(huán)境...?

1、(注：你系統(tǒng)內(nèi)的匯編程序?yàn)镸ASM.EXE，如果你系統(tǒng)的匯編程序?yàn)锳SM.EXE時(shí)，便將命令變?yōu)锳SM filename回車(chē)。

2、一般匯編語(yǔ)言是在masm下編輯的，生成exe執(zhí)行文件，沒(méi)什么很高要求。

3、不需要特別的軟件環(huán)境，只需要手頭有一個(gè)匯編語(yǔ)言編譯器和一個(gè)文本編輯器就夠了。文本編輯器推薦使用masm， editplus之類(lèi)的，可以高亮代碼中的關(guān)鍵字，當(dāng)然如果你愿意用記事本也行。

4、可以搜下集成匯編環(huán)境啊，像“輕松匯編”，辰燦匯編語(yǔ)言集成開(kāi)發(fā)環(huán)境， MasmEditor這些。集成環(huán)境里面匯編調(diào)試這些都比較方便。 下面這個(gè)操作非常簡(jiǎn)單。

go語(yǔ)言在idear怎么進(jìn)行多個(gè)文件的鏈接

一個(gè)工程就是就是一個(gè)C程序，工程雖然可以包含多個(gè)程序文件，但不可以編譯多個(gè)C程序。編譯器是在編譯階段分別編譯工程內(nèi)的多個(gè)文件，最后將編譯各個(gè)文件得到的多個(gè)obj目標(biāo)文件鏈接到一起成為一個(gè)可執(zhí)行程序。

name ：要打開(kāi)的文件名 flag ：打開(kāi)文件的模式。 模式有以下幾種：perm ：文件權(quán)限，一個(gè)八進(jìn)制數(shù)。r（讀）04，w（寫(xiě)）02，x（執(zhí)行）01。

Go 命令在go.work文件指定的hello目錄中查找命令行中指定的example點(diǎn)抗 /hello模塊 ，同樣使用go.work文件解析導(dǎo)入golang.org/x/example。go.work可以用來(lái)代替添加replace 指令以跨多個(gè)模塊工作。

下載并安裝goclipse插件。Goclipse是go語(yǔ)言for eclipse的插件，下載地址：http：//code.google點(diǎn)抗 /p/goclipse/ 啟動(dòng)eclipse并創(chuàng)建go項(xiàng)目。然后寫(xiě)個(gè)最簡(jiǎn)單的helloworld.go文件，并運(yùn)行。