GO文件中的注釋信息是如何得到的

這部分文件主要是關(guān)于GO詞條的具體功能信息，以及相關(guān)的支撐信息，以GAF或GPAD格式儲(chǔ)存。目前對(duì)基因的注釋主要有兩種手段：人工注釋和機(jī)器注釋。

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如何注釋某個(gè)基因的GO，KEGG功能 基因注釋主要基于蛋白序列比對(duì)。 將基因的序列與各數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)， 得到對(duì)應(yīng)的功能 注釋信息。

對(duì)于以上19個(gè)物種，只需要安裝對(duì)應(yīng)的org包，clusterProfile就會(huì)自動(dòng)從中獲取GO注釋信息，我們只需要差異基因的列表就可以了，使用起來非常方便。

由于基因芯片具有高通量和高信息量的特性，因此其探針注釋系統(tǒng)是構(gòu)建基因芯片技術(shù)平臺(tái)的一個(gè)關(guān)鍵步驟。

一圖解決疑問。功能路徑是 settingsFile and code TemplatesGo File 。其他文件也一樣。功能路徑是 settingsLive Templates 。使用方法是在編輯窗口中敲擊 lgh （可改），等待提示后按 tab 鍵即可。

GO、KEGG富集分析(一)有參情況

1、GO富集分析原理： 有一個(gè)term注釋了100個(gè)差異表達(dá)基因參與了哪個(gè)過程，注釋完之后（模式生物都有現(xiàn)成的注釋包，不用我們自己注釋），計(jì)算相對(duì)于背景它是否顯著集中在某條通路、某一個(gè)細(xì)胞學(xué)定位、某一種生物學(xué)功能。

2、例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說明基因表達(dá)的改變會(huì)導(dǎo)致哪些調(diào)控途徑原有功能失調(diào)，進(jìn)而與表型聯(lián)系起來。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。

3、KEGG指的是京都基因與基因組百科全書，通常我們使用KEGG中的pathway模塊，將基因映射到某些通路上，了解基因參與生物體中的代謝過程等。

4、盡管多重檢驗(yàn)的校正可以減少假陽性，但并不能從根本上解決GO（或KEGG）富集的問題。GO富集的根本問題在于一個(gè)基因?qū)?yīng)的GO term有多個(gè)，一個(gè)term對(duì)應(yīng)多個(gè)gene，同時(shí)還有層級(jí)關(guān)系。

如何注釋某個(gè)基因的GO,KEGG功能

如何注釋某個(gè)基因的GO，KEGG功能 基因注釋主要基于蛋白序列比對(duì)。 將基因的序列與各數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)， 得到對(duì)應(yīng)的功能 注釋信息。

基因組注釋包括以下方面的內(nèi)容：（1） 重復(fù)序列的預(yù)測(cè)。通過比對(duì)已知的重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫，找出序列中包含的重復(fù)序列，識(shí)別類型并轉(zhuǎn)化為N或者X，統(tǒng)計(jì)各種類型重復(fù)序列的分布。（2） 編碼基因的預(yù)測(cè)。

首先打開KEGG搜索界面，如下圖。Search against輸入hsa，PrimaryID 類型選擇“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor， fgcolor”下方文本框中輸入要查詢的基因名“GPX1”。

GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表達(dá)信息的。這意味著GO分析可以在基因還沒有被表達(dá)的情況下就可以確定其功能，而KEGG分析則必須等到基因被表達(dá)出來之后才能進(jìn)行分析。

下面給大家介紹一下如何在Windows下對(duì)差異基因進(jìn)行kegg注釋。

屬性不同 Go（又稱 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 開發(fā)的一種靜態(tài)強(qiáng)類型、編譯型語言。功能：內(nèi)存安全，GC（垃圾回收），結(jié)構(gòu)形態(tài)及 CSP-style 并發(fā)計(jì)算。