1、解壓壓縮包到go工作目錄,如解壓到E:\opensource\go\go,解壓后的目錄結(jié)構(gòu)如下:E:\opensource\go\go├─api├─bin│├─go.exe│├─godoc.exe│└─gofmt.exe├─doc├─include├─lib├─misc├─pkg├─src└─test2、增加環(huán)境變量GOROOT,取值為上面的go工作目錄3、Path環(huán)境變量中添加";%GOROOT%\bin",以便能夠直接調(diào)用go命令來(lái)編譯go代碼,至此go編譯環(huán)境就配置好了注:如果不想手動(dòng)設(shè)置系統(tǒng)環(huán)境變量,也可下載go啟動(dòng)環(huán)境批處理附件,修改goenv.bat文件中的GOROOT值為上面的go工作目錄后直接雙擊該bat文件,go編譯環(huán)境變量即設(shè)置完成。4、測(cè)試go編譯環(huán)境,啟動(dòng)一個(gè)cmd窗口,直接輸入go,看到下面的提示就是搭建成功了E:\opensource\go\gogoGoisatoolformanagingGosourcecode.Usage:gocommand[arguments]Thecommandsare:buildcompilepackagesanddependenciescleanremoveobjectfilesdocrungodoconpackagesourcesenvprintGoenvironmentinformationfixrungotoolfixonpackagesfmtrungofmtonpackagesourcesgetdownloadandinstallpackagesanddependenciesinstallcompileandinstallpackagesanddependencieslistlistpackagesruncompileandrunGoprogramtesttestpackagestoolrunspecifiedgotoolversionprintGoversionvetrungotoolvetonpackagesUse"gohelp[command]"formoreinformationaboutacommand.Additionalhelptopics:gopathGOPATHenvironmentvariablepackagesdescriptionofpackagelistsremoteremoteimportpathsyntaxtestflagdescriptionoftestingflagstestfuncdescriptionoftestingfunctionsUse"gohelp[topic]"formoreinformationaboutthattopic.5、編譯helloworld測(cè)試程序,go語(yǔ)言包中test目錄帶有helloworld.go測(cè)試程序,源碼見(jiàn)"附一helloworld.go",直接調(diào)用"gobuildhelloworld.go"就生成了"helloworld.exe"可執(zhí)行程序,運(yùn)行一下這個(gè)程序看到了我們期望的hello,wolrd。E:\opensource\go\go\testgobuildhelloworld.goE:\opensource\go\go\testhelloworld.exehello,worldE:\opensource\go\go\test附一helloworld.go//cmpout//Copyright2009TheGoAuthors.Allrightsreserved.//UseofthissourcecodeisgovernedbyaBSD-style//licensethatcanbefoundintheLICENSEfile.//Testthatwecandopage1oftheCbook.packagemainfuncmain(){print("hello,world\n")}
專注于為中小企業(yè)提供做網(wǎng)站、網(wǎng)站建設(shè)服務(wù),電腦端+手機(jī)端+微信端的三站合一,更高效的管理,為中小企業(yè)鉛山免費(fèi)做網(wǎng)站提供優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。我們立足成都,凝聚了一批互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)人才,有力地推動(dòng)了成百上千家企業(yè)的穩(wěn)健成長(zhǎng),幫助中小企業(yè)通過(guò)網(wǎng)站建設(shè)實(shí)現(xiàn)規(guī)模擴(kuò)充和轉(zhuǎn)變。
ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù),bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型
keytypes() :keytypes(x),查看注釋包中可以使用的類型
columns() :類似于keytypes(),針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
舉例:
前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)
?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀
?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖,氣泡圖
?KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖
? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化
也用視頻給大家介紹過(guò)
? GO和KEGG富集分析視頻講解
最近有粉絲反映說(shuō),利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候,發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。
氣泡圖
柱形圖
這個(gè)圖別說(shuō)美觀了,簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究,發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我們知道R的版本在不停的更新,相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下,終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。
dotplot這個(gè)函數(shù),多了個(gè) label_format 參數(shù)
我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的,看看參數(shù)說(shuō)明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30,當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊,用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了,我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù),把他設(shè)置成100,讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。
是不是還是原來(lái)的配方,還是熟悉的味道
同樣的柱形圖,我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可參考下文
GO和KEGG富集分析視頻講解