如何用R語言畫圖

q1, 首先要確定是barplot還是hist，如果是barplot的話，應(yīng)該不存在breaks的問題，因?yàn)閎arplot的傳入?yún)?shù)是個(gè)矩陣；

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我假設(shè)你要畫的是個(gè)hist，我偶遇過這個(gè)問題，我的理解是hist的breaks的值要能被范圍整除才行；比如x=1:200，break=7的話，就只能畫出4個(gè)柱來，但如果breaks=10就沒問題；基本上是這樣的，偶爾也有例外；比如break=5就不行....奇怪得很

最后，沒辦法的辦法，就只能用barplot代替hist了，barplot肯定不會(huì)有這個(gè)問題，統(tǒng)計(jì)下hist參數(shù)中的分布情況，轉(zhuǎn)換成矩陣，用barplot吧；

q2, 貌似一般都用一組因素把這些類別區(qū)分開，我用abcde，表示你的小學(xué)，中學(xué)...了，比如這樣：

a=1:7;b=8:10;c=c(9,10,11);d=c(40,55);e=100:110f=factor(c(rep(1,sum(length(a),length(b),length(c))),rep(2,sum(length(d),length(e)))))#先用c()生成數(shù)組，在轉(zhuǎn)換成factor，其實(shí)數(shù)組也ok的，不過plot()中兩個(gè)數(shù)組和factor不一樣 x=c(a,b,c,d,e)plot(x~f)q3, 就我所知不行；yes或no一定也要是能映射到x，y范圍內(nèi)的點(diǎn)才行；你是想表示分類結(jié)果嗎？如果是的話，通常用顏色，或者在點(diǎn)旁邊的text表示。

q4, 舉個(gè)例子吧

x=-50:50y=x^2+x+1z=10*abs(x)+1 plot(x,y,type='l')lines(x,z,lty=3)legend(c('type1','type2'), x=-20,y=2500, col=c('black','red'), lty=c(1,3))legend的x和y是legend的左上角，匿名參數(shù)是類型名稱，col,lty,pch 是對應(yīng)的顏色，線類型，和點(diǎn)類型。

最后，我現(xiàn)在多用ggplot2，如果不抵觸的話可以看看，和R的基礎(chǔ)作圖包思路不是很一樣，但是圖很清新的；

如果還有問題，建議把數(shù)據(jù)集data.frame粘貼幾行上來，我也試試；

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解