這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)如何使用python 讀取dicom文件，文章內(nèi)容質(zhì)量較高，因此小編分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后對(duì)相關(guān)知識(shí)有一定的了解。

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目標(biāo)：利用python讀取dicom文件，并進(jìn)行處理生成info.txt和raw文件

實(shí)現(xiàn)：通過pydicom讀取dicom文件

代碼：

import numpy
import pydicom
import os

# dicom文件所在的文件夾目錄
PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'

# 篩選出文件夾目錄下所有的dicom文件
lstFilesDCM = []
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):
  for filename in fileList:
    if '.dcm' in filename.lower():
      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))

# Get ref file
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])

# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))

# Load spacing values (in mm)
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))

# save info.txt
info = ConstPixelDims + ConstPixelSpacing
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')
for n in info:
  f.write(str(n)+' ')
f.close()


# According to location sorting
location = []
for i in range(len(lstFilesDCM)):
  ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])
  location.append(ds.SliceLocation)
location.sort()

# The array is sized based on 'ConstPixelDims'
ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)

# loop through all the DICOM files
for filenameDCM in lstFilesDCM:
  # read the file
  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
  # store the raw image data
  ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array

# save raw
ds = ArrayDicom.tostring()
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')
f.write(ds)
f.close()

代碼編寫過程遇到的問題及解決方法：

Problem one: pydicom版本問題。

pydicom1.x中讀取dicom文件調(diào)用pydicom.read_file(filename);

pydicom0.9中讀取dicom文件調(diào)用dicom.read_file(filename);

Problem two:python中IO操作

(1) f = open(filename, mode)

其中filename為文件的路徑， mode為操作標(biāo)識(shí)符：‘r' 表示讀， ‘w'表示寫，‘a(chǎn)'表示既可讀又可寫，‘b'表示二進(jìn)制文件。

(2) f.write(value)

其中參數(shù)value必須是字符串類型的。

python有哪些常用庫(kù)

python常用的庫(kù)：1.requesuts；2.scrapy；3.pillow；4.twisted；5.numpy；6.matplotlib；7.pygama；8.ipyhton等。

關(guān)于如何使用python 讀取dicom文件就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識(shí)。如果覺得文章不錯(cuò)，可以把它分享出去讓更多的人看到。

本文標(biāo)題：如何使用python讀取dicom文件-創(chuàng)新互聯(lián)
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