linux常用命令有pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、grep命令、touch命令、cp命令、mv命令、rm命令、rmdir命令等。
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linux常用命令：
1、 pwd命令
該命令的英文解釋為print working directory(打印工作目錄)。輸入pwd命令，Linux會輸出當(dāng)前目錄。
2、 cd命令
cd命令用來改變所在目錄。
cd / 轉(zhuǎn)到根目錄中
cd ~ 轉(zhuǎn)到/home/user用戶目錄下
cd /usr 轉(zhuǎn)到根目錄下的usr目錄中-------------絕對路徑
cd test 轉(zhuǎn)到當(dāng)前目錄下的test子目錄中-------相對路徑
3、 ls命令
ls命令用來查看目錄的內(nèi)容。 選項 含義 -a 列舉目錄中的全部文件，包括隱藏文件 -l 列舉目錄中的細(xì)節(jié)，包括權(quán)限、所有者、組群、大小、創(chuàng)建日期、文件是否是鏈接等 -f 列舉的文件顯示文件類型 -r 逆向，從后向前地列舉目錄中內(nèi)容 -R 遞歸，該選項遞歸地列舉當(dāng)前目錄下所有子目錄內(nèi)的內(nèi)容 -s 大小，按文件大小排序 -h 以人類可讀的方式顯示文件的大小，如用K、M、G作單位 ls -l examples.doc 列舉文件examples.doc的所有信息
4、 cat命令
cat命令可以用來合并文件，也可以用來在屏幕上顯示整個文件的內(nèi)容。
cat snow.txt 該命令顯示文件snow.txt的內(nèi)容，ctrl+D退出cat。
5、 grep命令
grep命令的最大功能是在一堆文件中查找一個特定的字符串。
grep money test.txt
以上命令在test.txt中查找money這個字符串，grep查找是區(qū)分大小寫的。
6 、touch命令
touch命令用來創(chuàng)建新文件，他可以創(chuàng)建一個空白的文件，可以在其中添加文本和數(shù)據(jù)。
touch newfile 該命令創(chuàng)建一個名為newfile的空白文件。
7 、cp命令
cp命令用來拷貝文件，要復(fù)制文件，輸入命令：
cp
cp t.txt Document/t 該命令將把文件t.txt復(fù)制到Document目錄下，并命名為t。 選項 含義 -i 互動：如果文件將覆蓋目標(biāo)中的文件，他會提示確認(rèn) -r 遞歸：這個選項會復(fù)制整個目錄樹、子目錄以及其他 -v 詳細(xì)：顯示文件的復(fù)制進(jìn)度
8 、mv命令
mv命令用來移動文件。 選項 說明 -i 互動：如果選擇的文件會覆蓋目標(biāo)中的文件，他會提示確認(rèn) -f 強制：它會超越互動模式，不提示地移動文件，屬于很危險的選項 -v 詳細(xì)：顯示文件的移動進(jìn)度
mv t.txt Document 把文件t.txt 移動到目錄Document中。
9 、rm命令
rm命令用來刪除文件。 選項 說明 -i 互動：提示確認(rèn)刪除 -f 強制：代替互動模式，不提示確認(rèn)刪除 -v 詳細(xì)：顯示文件的刪除進(jìn)度 -r 遞歸：將刪除某個目錄以及其中所有的文件和子目錄
rm t.txt 該命令刪除文件t.txt
10、 rmdir命令
rmdir命令用來刪除目錄。
1.grep：找出文件中含有關(guān)鍵字的行
2.cat:讀取，顯示或拼接文件內(nèi)容
3.head:查看文件前多少行，默認(rèn)為10行
4.less:使文件內(nèi)容可以翻頁顯示，按q退出觀看模式
5.sed :文本替換
6.vi:創(chuàng)建文件并寫入內(nèi)容
點擊鍵盤上的“i”鍵，進(jìn)入編輯狀態(tài) ，如果看到底部出現(xiàn)“插入”兩字，表示成功進(jìn)入編輯狀態(tài)，此時就可以在文件中輸入你想要輸入的內(nèi)容了
輸入想插入的內(nèi)容，輸入完成后點擊鍵盤上的“esc”鍵，退出編輯
輸入:wq,點擊回車，退出并保存
查看剛才是否些文件成功
7.%操作符，#操作符：根據(jù)拓展名切分文件名，“名稱.擴展名”
有一些腳本是依據(jù)文件名進(jìn)行各種處理的。我們可能會需要在保留擴展名的同時修改文件名，轉(zhuǎn)換文件格式或提取部分文件名。
linux 常用命令有：
pwd 命令
使用 pwd 命令找出您所在的當(dāng)前工作目錄（文件夾）的路徑。該命令將返回一個絕對（完整）路徑，該路徑基本上是所有以 / 開頭的目錄的路徑。絕對路徑的一個示例是 /home/username。
cd 命令
要瀏覽 Linux 文件和目錄，請使用 cd 命令。根據(jù)您所在的當(dāng)前工作目錄，它需要目錄的完整路徑或名稱。假設(shè)您位于 /home/username / Documents 中，并且想要轉(zhuǎn)到 Documents 的子目錄 Photos。為此，只需鍵入以下命令：cd Photos。另一種情況是，如果您想切換到一個全新的目錄，例如 /home/username / Movies。在這種情況下，您必須輸入 cd，然后輸入目錄的絕對路徑：cd /home/username / Movies。有一些快捷方式可幫助您快速導(dǎo)航：cd ..（帶有兩個點）將一個目錄向上移動 cd 直接轉(zhuǎn)到主文件夾 cd-（帶連字符）移動到上一個目錄附帶說明一下，Linux 的 shell 是區(qū)分大小寫的。因此，您必須準(zhǔn)確輸入名稱的目錄。
ls 命令
LS 命令用于查看目錄的內(nèi)容。默認(rèn)情況下，此命令將顯示當(dāng)前工作目錄的內(nèi)容。如果要查看其他目錄的內(nèi)容，請鍵入 ls，然后鍵入目錄的路徑。例如，輸入 LS / 家 / 用戶名 / 文檔查看的內(nèi)容的文件。您可以使用 ls 命令使用以下變體：ls -R 還將列出子目錄中的所有文件 ls -a 將顯示隱藏的文件 ls -al 將列出文件和目錄以及詳細(xì)信息，例如權(quán)限，大小，所有者等。
cat 命令
cat（連接的縮寫）是 Linux 中最常用的命令之一。它用于在標(biāo)準(zhǔn)輸出（sdout）上列出文件的內(nèi)容。要運行此命令，請鍵入 cat，然后輸入文件名及其擴展名。例如：cat file.txt。以下是使用 cat 命令的其他方法：cat filename 創(chuàng)建一個新文件 cat filename1 filename2 filename3 連接兩個文件（1 和 2），并將它們的輸出存儲在新文件中（3）將文件轉(zhuǎn)換為大寫或小寫使用，cat filename | tr a-z A-Z output.txt
cp 命令
使用 cp 命令將文件從當(dāng)前目錄復(fù)制到另一個目錄。例如，命令 cp scenery.jpg/home /username/ Pictures 將在您的 Pictures 目錄中創(chuàng)建一個 Scene.jpg 副本（來自當(dāng)前目錄）。
mv 命令
mv 命令的主要用途是移動文件，盡管它也可以用于重命名文件。mv 中的參數(shù)類似于 cp 命令。您需要輸入 mv，文件名和目標(biāo)目錄。例如：mv file.txt/home /username/ Documents。
mkdir 命令
使用 mkdir 命令創(chuàng)建一個新目錄 - 如果鍵入 mkdir Music，它將創(chuàng)建一個名為 Music 的目錄。還有一些額外的 mkdir 命令：要在另一個目錄中生成新目錄，請使用此 Linux 基本命令 mkdir Music / Newfile 使用 p（父級）選項在兩個現(xiàn)有目錄之間創(chuàng)建一個目錄。例如，mkdir -p Music / 2022 / Newfile 將創(chuàng)建新的 “2022” 文件。
rmdir 命令
如果需要刪除目錄，請使用 rmdir 命令。但是，rmdir 僅允許您刪除空目錄。
rm 命令
該 RM 命令用于刪除目錄以及其中的內(nèi)容。如果只想刪除目錄（作為 rmdir 的替代方法），請使用 rm -r。注意：使用此命令時要格外小心，并仔細(xì)檢查您所在的目錄。這將刪除所有內(nèi)容，并且沒有撤消操作。
touch 命令
該觸摸命令允許您創(chuàng)建通過 Linux 命令行新的空白文件。例如，輸入 touch /home/username/Documents/Web.html 在 Documents 目錄下創(chuàng)建一個名為 Web 的 HTML 文件。
locate 命令
您可以使用此命令來定位文件，就像 Windows 中的搜索命令一樣。此外，將 - i 參數(shù)與該命令一起使用將使其不區(qū)分大小寫，因此即使您不記得其確切名稱，也可以搜索文件。要搜索包含兩個或多個單詞的文件，請使用星號（*）。例如，locate -i school * note 命令將搜索包含單詞 “school” 和 “ note” 的任何文件，無論它是大寫還是小寫。
find 命令
在類似定位命令，使用 查找也搜索文件和目錄。區(qū)別在于，您可以使用 find 命令在給定目錄中查找文件。例如，find /home/-name notes.txt 命令將在主目錄及其子目錄中搜索名為 notes.txt 的文件。使用查找時的其他變化 是：要查找當(dāng)前目錄中使用的文件，請使用 find . -name notes.txt 要查找目錄，請使用 /-type d -name notes. txt13. grep 命令無疑對日常使用很有幫助的另一個基本 Linux 命令是 grep。它使您可以搜索給定文件中的所有文本。為了說明這一點，grep blue notepad.txt 將在記事本文件中搜索單詞 blue。包含搜索到的單詞的行將被完整顯示。
sudo 命令
該命令是 “SuperUser Do” 的縮寫，使您能夠執(zhí)行需要管理或超級用戶權(quán)限的任務(wù)。但是，建議不要將此命令用于日常使用，因為如果您做錯了一些事情，很容易發(fā)生錯誤。
df 命令
使用 df 命令可獲取有關(guān)系統(tǒng)磁盤空間使用情況的報告，以百分比和 KB 表示。如果要以兆字節(jié)為單位查看報告，請輸入 df -m。
du 命令
如果要檢查文件或目錄占用了多少空間，答案是 du（磁盤使用情況）命令。但是，磁盤使用情況摘要將顯示磁盤塊號，而不是通常的大小格式。如果要以字節(jié)，千字節(jié)和兆字節(jié)為單位查看它，請在命令行中添加 - h 參數(shù)。
head 命令
所述頭命令用于查看任何文本文件的第一行。默認(rèn)情況下，它將顯示前十行，但是您可以根據(jù)自己的喜好更改此數(shù)字。例如，如果只想顯示前五行，則鍵入 head -n 5 filename.ext。
tail 命令
該命令與 head 命令具有相似的功能，但是 tail 命令將顯示文本文件的最后十行，而不是顯示第一行。例如，tail -n filename.ext。
diff 命令
diff 命令是差異的縮寫，diff 命令逐行比較兩個文件的內(nèi)容。分析文件后，它將輸出不匹配的行。程序員在需要進(jìn)行程序更改時經(jīng)常使用此命令，而不是重寫整個源代碼。此命令最簡單的形式是 diff file1.ext file2.ext
tar 命令
該 tar 命令是最常用的命令歸檔多個文件到一個壓縮包。類似于 zip 格式常見的 Linux 文件格式，壓縮是可選的。該命令具有很長的功能列表，非常復(fù)雜，例如將新文件添加到現(xiàn)有檔案中，列出檔案內(nèi)容，從檔案中提取內(nèi)容等等。查看一些實際示例，以了解有關(guān)其他功能的更多信息。
chmod 命令
chmod 是另一個 Linux 命令，用于更改文件和目錄的讀取，寫入和執(zhí)行權(quán)限。由于此命令相當(dāng)復(fù)雜，因此您可以閱讀完整的教程以正確執(zhí)行它。
chown 命令
在 Linux 中，所有文件均歸特定用戶所有。該 CHOWN 命令使您可以更改或文件的所有權(quán)轉(zhuǎn)讓給指定的用戶名。例如，chown linuxuser2 file.ext 將使 linuxuser2 成為 file.ext 的所有者。
Jobs 命令
jobs 命令將顯示所有當(dāng)前作業(yè)及其狀態(tài)。作業(yè)基本上是由 Shell 啟動的進(jìn)程。
kill 命令
如果您的程序無響應(yīng)，則可以使用 kill 命令手動終止它。它將向運行異常的應(yīng)用發(fā)送特定信號，并指示該應(yīng)用自行終止。您總共可以使用 64 個信號，但是人們通常只使用兩個信號：SIGTERM（15） — 請求程序停止運行，并給它一些時間來保存其所有進(jìn)度。如果在輸入 kill 命令時未指定信號，則將使用此信號。SIGKILL（9） - 強制程序立即停止。未保存的進(jìn)度將丟失。除了知道信號之外，您還需要知道要殺死的程序的進(jìn)程標(biāo)識號（PID）。如果您不知道 PID，只需運行命令 ps ux。在知道您要使用什么信號以及程序的 PID 之后，輸入以下語法：kill [signal option] PID.
ping 命令
使用 ping 命令檢查與服務(wù)器的連接狀態(tài)。例如，只需輸入 ping google點抗 ，該命令將檢查您是否能夠連接到 Google 并測量響應(yīng)時間。
wget 命令
Linux 命令行非常有用 - 您甚至可以在 wget 命令的幫助下從 Internet 下載文件。為此，只需鍵入 wget，然后輸入下載鏈接即可。
uname 命令
該 UNAME 命令，短期對于 Unix 名，將打印您的 Linux 系統(tǒng)，如計算機名稱的詳細(xì)信息，操作系統(tǒng)，內(nèi)核，等等。
top 命令
作為與 Windows 中的任務(wù)管理器等效的終端，top 命令將顯示正在運行的進(jìn)程的列表以及每個進(jìn)程使用的 CPU 數(shù)量。監(jiān)視系統(tǒng)資源使用情況非常有用，尤其是知道哪個進(jìn)程由于消耗太多資源而需要終止時。
history 命令
當(dāng)您使用 Linux 一段時間后，您會很快注意到每天可以運行數(shù)百個命令。因此，如果您想查看之前輸入的命令，運行歷史記錄命令特別有用。
man 命令
對某些 Linux 命令的功能感到困惑嗎？不用擔(dān)心，您可以使用 man 命令從 Linux 的外殼程序中輕松地學(xué)習(xí)如何使用它們。例如，輸入 man tail 將顯示 tail 命令的手動指令。
echo 命令
此命令用于將一些數(shù)據(jù)移到文件中。例如，如果要將文本 “Hello，我的名字叫 John” 添加到名為 name.txt 的文件中，則可以鍵入 echo Hello, my name is John name.txt
zip，unzip 命令
使用 zip 命令將文件壓縮到 zip 歸檔文件中，然后使用 unzip 命令從 zip 歸檔文件中提取壓縮文件。
hostname 命令
如果您想知道主機 / 網(wǎng)絡(luò)的名稱，只需鍵入 hostname。在末尾添加 - I 將顯示您的網(wǎng)絡(luò)的 IP 地址。
useradd，userdel 命令
在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令：
通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細(xì)的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記）
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來：
參數(shù)的用法介紹：
注意事項：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默認(rèn) 10 行 （在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵
less命令重要的補充用法2 ：
參數(shù)用法：
less命令 不加參數(shù) 查看文件：
less命令加 -N參數(shù) 查看文件：顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件：單行顯示，非常規(guī)整
對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進(jìn)去，但是別的命令不一定會把換行符算進(jìn)去，。
常見參數(shù):
切記：用less命令，按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前：
排列后：
解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時，因為制表符對齊的原因，出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認(rèn)知不一樣，所以 加上-n參數(shù) ， 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重，只有兩行出現(xiàn)重復(fù)，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現(xiàn)兩行一模一樣，不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之，uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習(xí)慣，原始數(shù)據(jù)不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上，將空格替換成制表符
補充小知識 ：
清屏 ：control L
查看歷史（輸入過的）命令 ：history
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