[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

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觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

如何用R繪制地圖

這里主要介紹下在R語言中繪制地圖的個(gè)人琢磨的思路。繪制地圖步驟有三：

你得需要繪制地圖；（約等于廢話）

你得有要繪制地圖的地理信息，經(jīng)緯度啊，邊界啊等等；

你得利用2的數(shù)據(jù)在R中畫出來。

以上步驟中，目前最關(guān)鍵的是2，一旦2的數(shù)據(jù)有了，在R中不就是把它們連起來嘛，這個(gè)對(duì)于R來說就是調(diào)戲它，就跟全民調(diào)戲小黃雞一樣。

R語言中繪制地圖的思路也是由于2的獲取方式不一樣而分開的。

第一種思路：有一些R包中存儲(chǔ)著常見地圖的數(shù)據(jù)，比如maps包中存有世界地圖、美國地圖、美國各州郡地圖、法國地圖以及加拿大城市地圖等，加載了這個(gè)包，就可以輕松愉快地繪制上述地圖。mapdata包中存有中國地圖的數(shù)據(jù)，但是比較舊了，這個(gè)數(shù)據(jù)，重慶還沒有從四川分出來呢。

第二種思路：我先去一個(gè)地方所畫圖的地理數(shù)據(jù)，然后讀入R進(jìn)行繪制。比如由于mapdata中的中國地圖比較久遠(yuǎn)了，謝老大的《終于搞定中國分省市地圖》一文中就介紹了，先從國家基礎(chǔ)地理信息中心中國各省市的地理數(shù)據(jù)，之后再繪制。后來肖凱老師又介紹googleVis包也可以按照這個(gè)思