【R語言】解決GO富集分析繪圖,標簽重疊問題

1、最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關。

創(chuàng)新互聯(lián)是創(chuàng)新、創(chuàng)意、研發(fā)型一體的綜合型網(wǎng)站建設公司，自成立以來公司不斷探索創(chuàng)新，始終堅持為客戶提供滿意周到的服務，在本地打下了良好的口碑，在過去的10多年時間我們累計服務了上千家以及全國政企客戶，如封陽臺等企業(yè)單位，完善的項目管理流程，嚴格把控項目進度與質量監(jiān)控加上過硬的技術實力獲得客戶的一致稱揚。

2、但是該方法存在一個很大的問題，那就是當x軸標簽數(shù)量很多時，那么就無法通過這樣的方法進行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調大畫布，那么反過來，我們也可以調小x軸標簽字體。

3、最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

4、在是否需要構建的問題上，我看到徐洲更在 功能注釋后如何做富集分析 中提到 “你不需要構建Orgdb，因為Orgdb的用途是進行基因編號和GO/KEGG的轉換。

5、單細胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復習一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準備見 monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個樣本，沒辦法區(qū)分HC和病例組。

6、GO富集的根本問題在于一個基因對應的GO term有多個，一個term對應多個gene，同時還有層級關系。這樣導致如果一個term顯著富集，那和它共享很多基因的term也會顯著富集。

interproscan的go注釋怎樣畫圖

1、結果說明你的序列在N端有一個Linpin-N結構功能域，你的鼠標放在顯現(xiàn)藍色的結構部分上會顯示該段結構域所在的氨基酸殘基位置以及期望值。

2、InterProScan： InterProScan是一種基于序列的功能注釋工具，可以預測蛋白質序列的結構和功能，并輸出序列標識圖。它使用多種算法和數(shù)據(jù)庫，包括Pfam、PRINTS、ProSite、SUPERFAMILY等，以提高預測準確性。

3、此外，還可以利用基因數(shù)據(jù)庫之間的比對工具，比如BLAST，對基因序列進行比對，從而找出不同數(shù)據(jù)庫中同一基因的不同名稱。

R語言畫圖-條形圖,堆疊條形圖(ggplot2)

pointrange：點畫線 首先繪制一張盒形圖 在圖上顯示出觀測值 值得注意的是，圖上點的多少并不能完全反應原始數(shù)據(jù)的多少，因為有的點可能因為點過于密集就會被覆蓋，看起來是一個點，其實可能是多個點。

在ggplot2中，通常使用的條柱排列方式有三種，并排式（dodge）、堆棧式（stack）和填充式（fill）。

基礎繪圖：由 ggplot(data，aes(x，y))+geom_ 開始，至少包含這三個組件，可以通過+不斷的添加layers， scales， coords和facets。

畫出的圖上 工具欄上有個向左的 黑色箭頭 點擊下 就可以對圖形編輯了。點擊菜單欄insert 選擇text 在點擊你要的地方 就可以了。