在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令:
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通過多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細的介紹(主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學習做的筆記)
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來:
參數(shù)的用法介紹:
注意事項:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號,退出時,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認 10 行 (在R語言里head和tail默認是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:單行顯示,非常規(guī)整
對比:less和cat命令顯示文本行號的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看,按空格翻頁,按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進去,但是別的命令不一定會把換行符算進去,。
常見參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結構時,因為制表符對齊的原因,出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學意義上的大小來排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復,而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎上排序、去重復并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎上,將空格替換成制表符
補充小知識 :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過的)命令 :history
echo命令的意思是在顯示器上顯示一段文字,起到提示的作用。
該命令的常規(guī)格式為:echo [-n]字符串
選項n表示沒有換行符的輸出; 該字符串可以帶引號或不帶引號。 使用echo命令輸出帶引號的字符串時,請按原樣輸出該字符串; 當使用echo命令輸出未加引號的字符串時,請將字符串中的每個單詞作為字符串輸出,并用每個字符串之間的空格分隔。
擴展資料:
linux echo命令在shell編程中經(jīng)常使用,并且在終端下打印變量值時也經(jīng)常使用。
echo命令的功能說明:顯示文字。
語言語法:echo [-ne] [string]或echo [--help] [-version]。
附加說明:echo將輸入字符串發(fā)送到標準輸出。 輸出字符串由空格字符分隔,并在末尾添加換行符。
參數(shù):-n 不要在末尾換行。
一、vi編輯器有3種基本工作模式
分別是:命令模式、文本輸入模式、和末行模式。
第一:命令行模式:
該模式是進入vi編輯器后的默認模式。任何時候,不管用戶處于何種模式,按下ESC鍵即可進入命令模式。在該模式下,用戶可以輸入vi命令,用戶管理自己的文檔。此時從鍵盤上輸入的任何字符都被當作編輯命令來解釋。若輸入的字符是合法的vi命令,則vi在接受用戶命令之后完成相應的動作。但需要注意的是,所輸入的命令并不回顯在屏幕上。若輸入的字符不是vi命令,vi會響鈴報警。
第二:文本輸入模式:
在命令模式下輸入命令i、附加命令a、打開命令o、修改命令c、取代命令r或替換命令s都可以進入文本輸入模式。在該模式下,用戶輸入的任何字符都被vi當作文件內(nèi)容保護起來,并將其顯示在屏幕上。在文本輸入過程中,若想回到命令模式下,按ESC鍵即可。
第三:末行模式:
末行模式也稱ex轉(zhuǎn)義模式。在命令模式下,用戶按“:”鍵即可進入末行模式下,此時vi會在顯示窗口的最后一行(通常也是屏幕的最后一行)顯示一個“:”作為末行模式的說明符,等待用戶輸入命令。多數(shù)文件管理命令都是在此模式下執(zhí)行的(如把編輯緩沖區(qū)的內(nèi)容寫到文件中等)。末行命令在執(zhí)行完后,vi自動回到命令模式。如果要從命令模式轉(zhuǎn)換到編輯模式,可以鍵入a或者i。如果需要從文本模式返回,則按ESC即可。在命令模式下輸入“:”即可切換到末行模式,然后輸入命令。
實例演示
首先我們使用命令 vi filename 打開一個文件,這個時候進入到的是命令模式
接下來我們按i,然后鍵盤隨便輸入寫內(nèi)容。
然后按ESC重新進入到命令模式。
在命令模式的情況下,我們按:,進入到了末行模式。
我們輸入wq!,然后回車,強行保存退出。
下次我們再打開對應文件(可用less filename命令打開),即可看到內(nèi)容已經(jīng)更改。
補充:
(1)末行模式下:q! 【強制退出不保存】 q【退出不保存】 wq【退出并保存后面也可以加個!】
(2)如果你不想保存直接退出有可以在命令模式下使用“ctrl+z”快捷鍵或者按住“shift”鍵,輸入兩個z即可退出。
更多命令
進入vi的命令:
vi filename :打開或新建文件,并將光標置于第一行首
vi +n filename :打開文件,并將光標置于第n行首
vi + filename :打開文件,并將光標置于最后一行首
vi +/pattern filename:打開文件,并將光標置于第一個與pattern匹配的串處
vi -r filename :在上次正用vi編輯時發(fā)生系統(tǒng)崩潰,恢復filename
vi filename….filename :打開多個文件,依次進行編輯
屏幕翻滾類命令:
Ctrl+u:向文件首翻半屏
Ctrl+d:向文件尾翻半屏
Ctrl+f:向文件尾翻一屏
Ctrl+b;向文件首翻一屏
nz:將第n行滾至屏幕頂部,不指定n時將當前行滾至屏幕頂部。
插入文本類命令:
i :在光標前
I :在當前行首
a:光標后
A:在當前行尾
o:在當前行之下新開一行
O:在當前行之上新開一行
r:替換當前字符
R:替換當前字符及其后的字符,直至按ESC鍵
s:從當前光標位置處開始,以輸入的文本替代指定數(shù)目的字符
S:刪除指定數(shù)目的行,并以所輸入文本代替之
ncw或nCW:修改指定數(shù)目的字
nCC:修改指定數(shù)目的行
刪除命令:
ndw或ndW:刪除光標處開始及其后的n-1個字
do:刪至行首
d$:刪至行尾
ndd:刪除當前行及其后n-1行
x或X:刪除一個字符,x刪除光標后的,而X刪除光標前的
Ctrl+u:刪除輸入方式下所輸入的文本
搜索及替換命令:
/pattern:從光標開始處向文件尾搜索pattern
?pattern:從光標開始處向文件首搜索pattern
n:在同一方向重復上一次搜索命令
N:在反方向上重復上一次搜索命令
:s/p1/p2/g:將當前行中所有p1均用p2替代
:n1,n2s/p1/p2/g:將第n1至n2行中所有p1均用p2替代
:g/p1/s//p2/g:將文件中所有p1均用p2替換
撤銷回退命令:
u 撤銷上一步的操作
Ctrl+r 恢復上一步被撤銷的操作
選項設置:
all:列出所有選項設置情況
term:設置終端類型
ignorance:在搜索中忽略大小寫
list:顯示制表位(Ctrl+I)和行尾標志($)
number:顯示行號
report:顯示由面向行的命令修改過的數(shù)目
terse:顯示簡短的警告信息
warn:在轉(zhuǎn)到別的文件時若沒保存當前文件則顯示NO write信息
nomagic:允許在搜索模式中,使用前面不帶“\”的特殊字符
nowrapscan:禁止vi在搜索到達文件兩端時,又從另一端開始
mesg:允許vi顯示其他用戶用write寫到自己終端上的信息
末行模式命令:
:n1,n2 co n3:將n1行到n2行之間的內(nèi)容拷貝到第n3行下
:n1,n2 m n3:將n1行到n2行之間的內(nèi)容移至到第n3行下
:n1,n2 d :將n1行到n2行之間的內(nèi)容刪除
:w :保存當前文件
:e filename:打開文件filename進行編輯
:x:保存當前文件并退出
:q:退出vi
:q!:不保存文件并退出vi
:wq:保存并退出
:!command:執(zhí)行shell命令command
:n1,n2 w!command:將文件中n1行至n2行的內(nèi)容作為command的輸入并執(zhí)行之,若不指定n1,n2,則表示將整個文件內(nèi)容作為command的輸入
:r!command:將命令command的輸出結果放到當前行
寄存器操作:
“?nyy:將當前行及其下n行的內(nèi)容保存到寄存器?中,其中?為一個字母,n為一個數(shù)字
“?nyw:將當前行及其下n個字保存到寄存器?中,其中?為一個字母,n為一個數(shù)字
“?nyl:將當前行及其下n個字符保存到寄存器?中,其中?為一個字母,n為一個數(shù)字
“?p:取出寄存器?中的內(nèi)容并將其放到光標位置處。這里?可以是一個字母,也可以是一個數(shù)字
ndd:將當前行及其下共n行文本刪除,并將所刪內(nèi)容放到1號刪除寄存器中。