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go語言調(diào)用r語言命令 go語言orm

go語言在idear怎么進(jìn)行多個(gè)文件的鏈接

1、解壓壓縮包到go工作目錄,如解壓到E:\opensource\go\go,解壓后的目錄結(jié)構(gòu)如下:E:\opensource\go\go├─api├─bin│├─go.exe│├─godoc.exe│└─gofmt.exe├─doc├─include├─lib├─misc├─pkg├─src└─test2、增加環(huán)境變量GOROOT,取值為上面的go工作目錄3、Path環(huán)境變量中添加";%GOROOT%\bin",以便能夠直接調(diào)用go命令來編譯go代碼,至此go編譯環(huán)境就配置好了注:如果不想手動(dòng)設(shè)置系統(tǒng)環(huán)境變量,也可下載go啟動(dòng)環(huán)境批處理附件,修改goenv.bat文件中的GOROOT值為上面的go工作目錄后直接雙擊該bat文件,go編譯環(huán)境變量即設(shè)置完成。4、測試go編譯環(huán)境,啟動(dòng)一個(gè)cmd窗口,直接輸入go,看到下面的提示就是搭建成功了E:\opensource\go\gogoGoisatoolformanagingGosourcecode.Usage:gocommand[arguments]Thecommandsare:buildcompilepackagesanddependenciescleanremoveobjectfilesdocrungodoconpackagesourcesenvprintGoenvironmentinformationfixrungotoolfixonpackagesfmtrungofmtonpackagesourcesgetdownloadandinstallpackagesanddependenciesinstallcompileandinstallpackagesanddependencieslistlistpackagesruncompileandrunGoprogramtesttestpackagestoolrunspecifiedgotoolversionprintGoversionvetrungotoolvetonpackagesUse"gohelp[command]"formoreinformationaboutacommand.Additionalhelptopics:gopathGOPATHenvironmentvariablepackagesdescriptionofpackagelistsremoteremoteimportpathsyntaxtestflagdescriptionoftestingflagstestfuncdescriptionoftestingfunctionsUse"gohelp[topic]"formoreinformationaboutthattopic.5、編譯helloworld測試程序,go語言包中test目錄帶有helloworld.go測試程序,源碼見"附一helloworld.go",直接調(diào)用"gobuildhelloworld.go"就生成了"helloworld.exe"可執(zhí)行程序,運(yùn)行一下這個(gè)程序看到了我們期望的hello,wolrd。E:\opensource\go\go\testgobuildhelloworld.goE:\opensource\go\go\testhelloworld.exehello,worldE:\opensource\go\go\test附一helloworld.go//cmpout//Copyright2009TheGoAuthors.Allrightsreserved.//UseofthissourcecodeisgovernedbyaBSD-style//licensethatcanbefoundintheLICENSEfile.//Testthatwecandopage1oftheCbook.packagemainfuncmain(){print("hello,world\n")}

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R語言:clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù),bitr()的使用方法:

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() :keytypes(x),查看注釋包中可以使用的類型

columns() :類似于keytypes(),針對org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致

select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:

舉例:

解決 open /usr/local/go/pkg/darwin_amd64/runtime/cgo.a: permission denied

揉了揉眼睛再次確認(rèn),沒錯(cuò)了,確實(shí)報(bào)錯(cuò)了,那屏幕上每個(gè)紅色的字符都仿佛在嘲笑的我的粗淺的知識和自負(fù)的勇氣。

我用顫抖的手指敲了幾下鍵盤,在Google上搜索著這個(gè)錯(cuò)誤,在反復(fù)瀏覽了48萬毫秒后,自信的笑容逐漸在臉上浮現(xiàn)了出來,對的,沒有錯(cuò),我找到答案了。你也好奇答案是什么對嗎? 且聽我慢慢道來:

我們只需要使用 chown 命令將 /usr/local/go/pkg/darwin_amd64/ 的權(quán)限變更為登錄用戶即可,具體執(zhí)行命令如下:

那么問題來了,如何查看當(dāng)前的 [用戶名] 呢?執(zhí)行 whoami 命令即可:

那么我們最終執(zhí)行的命令就是:

好了,再次按下 Command + R 執(zhí)行項(xiàng)目,發(fā)現(xiàn)順暢的如同久逢甘霖的大地和瞬間通暢的便秘,怎一個(gè)爽字了得。

不過,好像有個(gè)什么問題被我們漏掉了,為什么在之前的老Mac電腦上搭建Go的開發(fā)環(huán)境沒有遇到過這個(gè)問題呢? 仔細(xì)查了一下,這是一個(gè)Golang/go的一個(gè)Bug,是因?yàn)閂SCode Go擴(kuò)展程序使用 -i 選項(xiàng)導(dǎo)致的。有興趣的同學(xué)可以自行查閱Issue: golang/go#37962

如果這個(gè)方案解決了您的問題,請幫忙點(diǎn)贊??,讓其他同學(xué)更直觀的看到這個(gè)解決方案是有效的。

【R語言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖,氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說,利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候,發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了,簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究,發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新,相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下,終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù),多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的,看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30,當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊,用多行來展示。既然問題找到了,我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù),把他設(shè)置成100,讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方,還是熟悉的味道

同樣的柱形圖,我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解


本文名稱:go語言調(diào)用r語言命令 go語言orm
網(wǎng)站鏈接:http://weahome.cn/article/ddissoe.html

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