【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

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?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

GO 和 KEGG 的區(qū)別

1、屬性不同

Go（又稱 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 開(kāi)發(fā)的一種靜態(tài)強(qiáng)類型、編譯型語(yǔ)言。功能：內(nèi)存安全，GC（垃圾回收），結(jié)構(gòu)形態(tài)及 CSP-style 并發(fā)計(jì)算。

KEGG 是了解高級(jí)功能和生物系統(tǒng)（如細(xì)胞、 生物和生態(tài)系統(tǒng)），從分子水平信息，尤其是大型分子數(shù)據(jù)集生成的基因組測(cè)序和其他高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)的實(shí)用程序數(shù)據(jù)庫(kù)資源，是國(guó)際最常用的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)之一，以“理解生物系統(tǒng)的高級(jí)功能和實(shí)用程序資源庫(kù)”著稱。

2、性質(zhì)不同

go是計(jì)算機(jī)編程語(yǔ)言。

KEGG基因組破譯方面的數(shù)據(jù)庫(kù)。

擴(kuò)展資料：

Go的語(yǔ)法接近C語(yǔ)言，但對(duì)于變量的聲明有所不同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以東尼·霍爾的通信順序進(jìn)程（CSP）為基礎(chǔ)，采取類似模型的其他語(yǔ)言包括Occam和Limbo。

但它也具有Pi運(yùn)算的特征，比如通道傳輸。在1.8版本中開(kāi)放插件（Plugin）的支持，這意味著現(xiàn)在能從Go中動(dòng)態(tài)加載部分函數(shù)。

與C++相比，Go并不包括如枚舉、異常處理、繼承、泛型、斷言、虛函數(shù)等功能，但增加了 切片(Slice) 型、并發(fā)、管道、垃圾回收、接口（Interface）等特性的語(yǔ)言級(jí)支持。Go 2.0版本將支持泛型，對(duì)于斷言的存在，則持負(fù)面態(tài)度，同時(shí)也為自己不提供類型繼承來(lái)辯護(hù)。

不同于Java，Go內(nèi)嵌了關(guān)聯(lián)數(shù)組（也稱為哈希表（Hashes）或字典（Dictionaries）），就像字符串類型一樣。

KEGG是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。把從已經(jīng)完整測(cè)序的基因組中得到的基因目錄與更高級(jí)別的細(xì)胞、物種和生態(tài)系統(tǒng)水平的系統(tǒng)功能關(guān)聯(lián)起來(lái)是KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的特色之一。

人工創(chuàng)建了一個(gè)知識(shí)庫(kù)，這個(gè)知識(shí)庫(kù)是基于使用一種可計(jì)算的形式捕捉和組織實(shí)驗(yàn)得到的知識(shí)而形成的系統(tǒng)功能知識(shí)庫(kù)。它是一個(gè)生物系統(tǒng)的計(jì)算機(jī)模擬。

與其他數(shù)據(jù)庫(kù)相比，KEGG 的一個(gè)顯著特點(diǎn)就是具有強(qiáng)大的圖形功能，它利用圖形而不是繁縟的文字來(lái)介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系，這樣可以使研究者能夠?qū)ζ渌芯康拇x途徑有一個(gè)直觀全面的了解。

參考資料來(lái)源：百度百科-go

參考資料來(lái)源：百度百科-KEGG

R語(yǔ)言可視化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結(jié)果。既然做了GO，當(dāng)然少不了KEGG了。

同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結(jié)果。

對(duì)于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結(jié)合在一起，效果更豐富更好看一點(diǎn)。