在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令：
創(chuàng)新互聯(lián)專注于企業(yè)網(wǎng)絡(luò)營銷推廣、網(wǎng)站重做改版、新市網(wǎng)站定制設(shè)計、自適應(yīng)品牌網(wǎng)站建設(shè)、H5開發(fā)、商城系統(tǒng)網(wǎng)站開發(fā)、集團(tuán)公司官網(wǎng)建設(shè)、外貿(mào)網(wǎng)站建設(shè)、高端網(wǎng)站制作、響應(yīng)式網(wǎng)頁設(shè)計等建站業(yè)務(wù)，價格優(yōu)惠性價比高，為新市等各大城市提供網(wǎng)站開發(fā)制作服務(wù)。
通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細(xì)的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記）
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來：
參數(shù)的用法介紹：
注意事項：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看仔春枯文件的前 / 后 n 行，默認(rèn) 10 行 （在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補(bǔ)充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵
less命令重要的補(bǔ)充用法2 ：
參數(shù)用法：
less命令 不加參數(shù) 查看文件：森首
less命令加 -N參數(shù) 查看文件：顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件：單行顯示，非常規(guī)整
對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好
查念洞看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進(jìn)去，但是別的命令不一定會把換行符算進(jìn)去，。
常見參數(shù):
切記：用less命令，按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前：
排列后：
解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時，因為制表符對齊的原因，出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認(rèn)知不一樣，所以 加上-n參數(shù) ， 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重，只有兩行出現(xiàn)重復(fù)，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現(xiàn)兩行一模一樣，不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之，uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習(xí)慣，原始數(shù)據(jù)不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上，將空格替換成制表符
補(bǔ)充小知識 ：
清屏 ：control L
查看歷史（輸入過的）命令 ：history
cat file.csv | awk -F '\t' '{print $2}'
'\t'指的是file.csv不同列以'\t'分割，如果的是以其他符號分割，換成其她符號；
'{print $2}'是指取第2列，此處從1開始計數(shù)，第1列，第2列；
一般去重之前要進(jìn)行排序
cat file.csv | awk -F '\t' '{print $2}'?| sort | uniq
前半部分與命令1一樣，后面加上| sort | uniq
比如通過命令2發(fā)現(xiàn)，第2列取值有兩種，分別胡液是'neg'和‘pos’，那么我想知道有多少行的第2列取值為'pos'，多少行的第2列取值為帆做橘'neg'。
cat file.csv | awk -F '\t' '{print $2}'?|?grep -o 'neg'| wc -l
前半部分與命令1一樣，后面加上?|?grep -o 'neg'態(tài)團(tuán)| wc -l
grep -o 'neg'就是取出取值為'neg'的行
wc -l 是計數(shù)有多少行
利用linux命令行進(jìn)行文本按行去重并按重復(fù)次數(shù)排序linux命令行提供了非常強(qiáng)大的文本處理功能，組合利用linux命令能實現(xiàn)好多強(qiáng)大的功搏李能。本文這里舉例說明如何利用linux命令行進(jìn)行文本按行去重并按重復(fù)次數(shù)排序。主要用到的命令有sort，uniq和cut。其中，sort主要功能是排序，uniq主要功能是實現(xiàn)相鄰文本行的去重，cut可以從文本行中提取相應(yīng)的文本列(簡單地說，就是按列操作文本行)。用于演示的測試文件內(nèi)容如下：[plain]Hello
World.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
The
Iphone
of
Apple
company.
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
My
name
is
Friendfish.
Hello
World.
Apple
and
Nokia.
實現(xiàn)命令及過程如下：[plain]1、文本行去重
(1)排序
由于uniq命令只能對相鄰行進(jìn)行去重復(fù)操作，所以在進(jìn)行去重前，先要對文本行進(jìn)行排序，使重復(fù)行集中到一起。
$
sort
test.txt
Apple
and
Nokia.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)去掉相鄰的重復(fù)行
$
sort
test.txt
|
uniq
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
2、文本行去重并按重復(fù)次數(shù)排序
(1)首先，對文本行進(jìn)行去重并統(tǒng)計重復(fù)次數(shù)(uniq命令加-c選項可以實現(xiàn)對重復(fù)次數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計。)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
2
Apple
and
Nokia.
4
Hello
World.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
1
My
name
is
Friendfish.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)對文本行按重復(fù)次數(shù)進(jìn)行排序。
sort
-n可以識別每行開頭的數(shù)字，并按其大小對文本行進(jìn)行排序。默認(rèn)是按升序排列，如果想要按降序要加-r選項(sort
-rn)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
4
Hello
World.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
2
Apple
and
Nokia.
1
My
name
is
Friendfish.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
(3)每行前面的刪除重復(fù)次數(shù)。
cut命令可以按列操作文本行?？梢钥闯銮懊娴闹貜?fù)次數(shù)占8個字符，因此，可以用命令cut
-c
9-
取出每行第9個及其以后的字符。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
|
cut
-c
9-
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
Apple
and
Nokia.
My
name
is
Friendfish.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
下面附帶說一下cut命令的使用，用法如下：[plain]cut
-b
list
[-n]
[file
...]
cut
-c
list
[file
...]
cut
-f
list
[-d
delim][-s][file
...]
上面的-b、-c、-f分別表示字節(jié)、字符、字段（即byte、character、field）；
list表示-b、-c、-f操作范圍，-n常常表示具體數(shù)字；
file表示的自然是要操作的文本粗旅文件的名稱；
delim（英文巖銀凳全寫：delimiter）表示分隔符，默認(rèn)情況下為TAB；
-s表示不包括那些不含分隔符的行（這樣有利于去掉注釋和標(biāo)題）
三種方式中，表示從指定的范圍中提取字節(jié)（-b）、或字符（-c）、或字段（-f）。
范圍的表示方法：
n
只有第n項
n-
從第n項一直到行尾
n-m
從第n項到第m項(包括m)
-m
從一行的開始到第m項(包括m)
-
從一行的開始到結(jié)束的所有項
在寫這篇文章的時候，用到了vim的大小寫轉(zhuǎn)化的快捷鍵：gu變小寫，gU變大寫。結(jié)合ctrl+v能夠?qū)⒁黄淖种械淖址M(jìn)行大小寫轉(zhuǎn)換，非常好用。
通常如果我們想獲取一個文件里不重復(fù)的行的時候，我們可以直接通過?sort?-u?命令，先把文件排序，然后去掉連續(xù)的重復(fù)行就行。
可是，如果我們?nèi)サ糁貜?fù)行之后，還想保咐散留文件原有的順序，該怎么辦呢？
雖然 Linux 下有個看上去似乎很有用的命令叫uniq，但事實上?uniq?命令僅僅只對連續(xù)的重復(fù)行有效。
如果不排序，直接使用 uniq 命令是沒有用的；使用?sort?-u?的話，我們就丟失了文件原有的行的順序了。
一個終極的解決方案是使用 awk：
簡要解釋一下：awk 的基本執(zhí)行流程是，對文件的每一行，做一個指定的邏輯判斷，如果邏輯判斷成立，則執(zhí)行指定的命令；如果邏輯判斷不成立，則直接跳過這一行。
我們這里寫的 awk 命令是!x[$0]++，意思是，首先創(chuàng)建一個 map 叫x，然后用當(dāng)前行的全文$0作為 map 的 key，到 map 中查找相應(yīng)的 value，如果沒找到，則整個表達(dá)式的值為真，可以執(zhí)行之后的語句；如果找到了，則表達(dá)式的值為假，跳過這一行。
由于表達(dá)式之后有++，因此如果某個 key 找不到對應(yīng)的 value，該++操作會先把對應(yīng)的 value 設(shè)成 0，然后再自增成 1，這樣下次再遇到重復(fù)的行的時候，對應(yīng)的 key 就能找到一個非 0 的 value 了。
我們前面說過，awk 的流程是先判斷表達(dá)式，表達(dá)式為真的時候就執(zhí)行語句，可是我們前面寫的這個 awk 命令里只有表達(dá)式，沒有語句，那我們執(zhí)行什么呢？原來，當(dāng)語句被省略的時候，awk 就執(zhí)行默認(rèn)李友的語句哪簡槐，即打印整個完整的當(dāng)前行。就這樣，我們通過這個非常簡短的 awk 命令實現(xiàn)了去除重復(fù)行并保留原有文件順序的功能。
重慶分公司
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