【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

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?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)碰侍所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下笑咐吵這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和簡(jiǎn)閉KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

[R語(yǔ)言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格

本圓族圖中表格和隱擾圖例是出圖后灶腔旦剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個(gè)性化作圖

當(dāng)富集分析完成，拿到如下的分析結(jié)果后，就可以進(jìn)行作圖了。

富集分析結(jié)果的可視化無(wú)非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實(shí)在是太丑，所以還是自己動(dòng)手修改修改。

一、常規(guī)柱狀圖（ggplot2）

橫軸為gene counts，或者用-logP也行，填充相應(yīng)的用P值或者gene counts。ggplot畫圖的好處就是可以進(jìn)行很多調(diào)整。

二、常規(guī)氣泡圖（ggplot2）

氣泡圖與柱狀圖碰春如出一轍，只是在展示方式上出現(xiàn)了差別。一個(gè)用geom_bar()函數(shù)，氣泡圖類似于散點(diǎn)圖用geom_point()函數(shù)。

三、上下調(diào)同時(shí)展示（ggplot2）

很多時(shí)候研究者拿到差異基因后，上下調(diào)基因是分別富集的，在展示上需要同時(shí)體現(xiàn)二者，我們之前提到metascape可以做到： 轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十二): Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具 ，除此之外，之前講過(guò)的氣泡圖也可以展現(xiàn)多組的結(jié)果： 復(fù)現(xiàn)《nature communications》圖表（四）：ggplot畫多組富集氣泡圖 。這里我們繼續(xù)提供一種bar圖的展顫吵租示方式。將茄兆down的數(shù)值調(diào)整為負(fù)，做一列分組，就可以展示了。

當(dāng)然了，以上所說(shuō)的可視化還是比較常規(guī)，在基礎(chǔ)上可以自己做調(diào)整。也有一些文章總是標(biāo)新立意，有很多奇特的展現(xiàn)方式，我們會(huì)在之后的系列中講解。

R語(yǔ)言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到豎蔽的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型耐拿

columns() ：類似于keytypes()，針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析余畝州，enrichGO()的使用方法：

舉例：