【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問(wèn)題

1、最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

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2、但是該方法存在一個(gè)很大的問(wèn)題，那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時(shí)，那么就無(wú)法通過(guò)這樣的方法進(jìn)行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫(huà)布，那么反過(guò)來(lái)，我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。

3、最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫(huà)富集分析示意圖（非氣泡圖）。

如何用cytoscape做go富集

1、對(duì)Tko組中特異性下調(diào)的基因進(jìn)行GO分析，發(fā)現(xiàn)這些基因在生物過(guò)程中顯著富集，主要可分為有機(jī)酸/羧酸/脂質(zhì)代謝過(guò)程、細(xì)胞對(duì)化學(xué)刺激的反應(yīng)以及參與與共生體相互作用的宿主細(xì)胞的自噬(圖7d)。

2、個(gè)人對(duì)富集分析的理解還是要有一堆基因才能做。 PPI分析 ：根據(jù)node degree篩選其中的hub基因（STRING和Cytoscape分析）。之后可以從hub基因中篩選與預(yù)后相關(guān)的基因。

3、通過(guò)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析，我們構(gòu)建靶基因PPI網(wǎng)絡(luò)，并結(jié)合CytoHubba中的算法（Cytoscape中的插件），最終篩選出20個(gè)hub基因。同時(shí)，使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)，我們對(duì)預(yù)測(cè)出的靶基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析。

4、可視化地圖和節(jié)點(diǎn)-邊屬性瀏覽會(huì)打開(kāi)很多可視化選擇，比如把標(biāo)簽大小和富集得分或p-values進(jìn)行連接。

GO富集結(jié)果整體可視化

下面就來(lái)介紹一下simplifyEnrichment包是如何展示GO富集結(jié)果的。這里用該包中數(shù)據(jù)做一個(gè)演示。

默認(rèn)展示circ 數(shù)據(jù)前10個(gè)GO Term，通過(guò)參數(shù) nsub 調(diào)整需要展示的GO Term chord_dat ()將作圖數(shù)據(jù)構(gòu)建成GOChord() 要求的輸入格式；一個(gè)二進(jìn)制的關(guān)系矩陣， 1 表示基因?qū)儆谠揋O Term， 0 與之相反。

經(jīng)過(guò)上游的生信分析我們會(huì)獲得許多具有生物學(xué)意義的gene set，可以是差異表達(dá)基因，也可是正選擇基因或者加速進(jìn)化基因。通常，只要具有這些基因的gene symbol或者是geneid，都可以利用該軟件進(jìn)行分析。

【R語(yǔ)言作圖】富集分析結(jié)果直方圖

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫(huà)富集分析示意圖（非氣泡圖）。

直方圖(Histogram)，又稱(chēng)質(zhì)量分布圖，是一種統(tǒng)計(jì)報(bào)告圖，由一系列高度不等的縱向條紋或線(xiàn)段組成，表示數(shù)據(jù)分布的情況。 一般用橫軸(X軸)表示數(shù)據(jù)類(lèi)型，縱軸(Y軸)表示分布(相應(yīng)值的頻數(shù))情況。

利用R包rworldmap & rworldxtra來(lái)作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個(gè)國(guó)家對(duì)應(yīng)一個(gè)坐標(biāo)，一個(gè)國(guó)家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶(hù)數(shù)據(jù)構(gòu)建新的畫(huà)圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

R語(yǔ)言繪圖系列：標(biāo)度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標(biāo)度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺(jué)上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標(biāo)度也為我們提供了讀圖時(shí)所使用的工具，比如說(shuō)坐標(biāo)軸和圖例。總的來(lái)說(shuō)，可以稱(chēng)為引導(dǎo)元素。

步驟 新建一個(gè)空白的project，然后導(dǎo)入數(shù)據(jù)，可以粘貼復(fù)制，也可以用導(dǎo)入數(shù)據(jù)。請(qǐng)點(diǎn)擊輸入圖片描述 選中數(shù)據(jù)--點(diǎn) Plot Column/Bar/PieColumn，軟件就會(huì)自動(dòng)計(jì)算生成直方統(tǒng)計(jì)圖。

【R語(yǔ)言】給富集分析的氣泡圖加個(gè)好看的配色

配色確實(shí)有那味了，但是沒(méi)想到內(nèi)置的顏色不夠用，可能通路少一點(diǎn)會(huì)好。連續(xù)型變量系列：然后我發(fā)現(xiàn)，不管添不添加配色，都是和默認(rèn)的配色保持一致，目前猜測(cè)可能是顏色不夠?qū)е碌摹?/p>

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫(huà)富集分析示意圖（非氣泡圖）。

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

r語(yǔ)言怎么查看富集分析的數(shù)據(jù) 首先利用r語(yǔ)言的install中的packages方法，輸入?yún)?shù)【xlsx】即可。此時(shí)利用library(xlsx)語(yǔ)句，打開(kāi)xlsx這個(gè)庫(kù)。此時(shí)通過(guò)read的xlsx語(yǔ)法就能讀取某個(gè)文件夾下的Excel文件。