R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

3 GO富集分析 加載了注釋庫之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

為昭陽等地區(qū)用戶提供了全套網(wǎng)頁設(shè)計制作服務(wù)，及昭陽網(wǎng)站建設(shè)行業(yè)解決方案。主營業(yè)務(wù)為成都網(wǎng)站設(shè)計、網(wǎng)站建設(shè)、昭陽網(wǎng)站設(shè)計，以傳統(tǒng)方式定制建設(shè)網(wǎng)站，并提供域名空間備案等一條龍服務(wù)，秉承以專業(yè)、用心的態(tài)度為用戶提供真誠的服務(wù)。我們深信只要達到每一位用戶的要求，就會得到認可，從而選擇與我們長期合作。這樣，我們也可以走得更遠！

前景基因：指的是我們所要進行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個基因集合進行富集，這個基因集合就是背景基因 描述信息：每個GO的Term的屬性，或者是每個KO號或者map號的屬性。

安裝clusterProfiler：對于沒有轉(zhuǎn)換的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法進行轉(zhuǎn)換ID：可以看到，這里轉(zhuǎn)換ID的對應(yīng)文件來源于org.Hs.eg.db這個包。

把他設(shè)置成100，讓我們的標簽可以一行展示。是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

scale_y_discrete則調(diào)節(jié)label過長的情況，讓圖片看起來 更美觀。3)檢查結(jié)果，可見geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設(shè)置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對GO或者KEGG結(jié)果進行轉(zhuǎn)化即可。

如何用R語言畫氣泡圖

坐標為x，y的點圖 點的size 用另一變量Z控制。

然后，我們來看一看用常見的包ggplot2應(yīng)該如何做該圖。 首先我們要對數(shù)據(jù)處理一下，剔除一些不必要的信息：稍作改變，去除圖例添加facet。

可以畫出氣泡圖的R函數(shù)有symbols。繪制氣泡圖主要使用函數(shù)symbols(x，y，circle=r).當中x、y是坐標軸，r是每一個點的半徑。

如何使用R語言的ggplot2包畫氣泡圖

1、坐標為x，y的點圖 點的size 用另一變量Z控制。

2、然后，我們來看一看用常見的包ggplot2應(yīng)該如何做該圖。 首先我們要對數(shù)據(jù)處理一下，剔除一些不必要的信息：稍作改變，去除圖例添加facet。

3、ggplot2畫圖必要部件-數(shù)據(jù)，映射和幾何對象1 數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)(Data)用于畫圖的整潔數(shù)據(jù)library(tidyverseggplot()先只提供數(shù)據(jù)，創(chuàng)建一個空圖形。# ggplot()先提供整潔數(shù)據(jù)，生成一個空圖形2映射映射，把數(shù)據(jù)變量集與圖形屬性庫建立關(guān)聯(lián)。