1、ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對、峰檢測、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對各部分內(nèi)容進(jìn)行展開講解。 下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾去除接頭含量過高或低質(zhì)量的reads，得到clean reads用于后續(xù)分析。
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2、ChIP-Seq原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP） 特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段 ，并對其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測序。ATAC-seq是 全基因組范圍 內(nèi)，找出所有的OCR。
3、Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2)是一款用于檢測基因富集區(qū)域的軟件。盡管是為ChIP-seq設(shè)計的，但也適用于ATAC-seq測序及其他有小峰的基因組富集分析。MACS2軟件的主程序是callpeak。
patch 命令可以將diff命令的輸出應(yīng)用到原始的對比文件中，將新版本的更新應(yīng)用到原始的文件中。
diff 語法 diff [options]file1 file2 命令字 參數(shù) 待對比文件1 待對比文件2 [options]的主要參數(shù) -a：將所有文件當(dāng)作文本文件來處理。-b或–ignore-space-change 忽略空格造成的不同。
★命令格式：diff[參數(shù)][文件1或目錄1][文件2或目錄2]★參數(shù)：☆-行數(shù) 指定要顯示多少行的文本。此參數(shù)必須與-c或-u參數(shù)一并使用?！?a或--text diff預(yù)設(shè)只會逐行比較文本文件。
1、linux常用命令：查看內(nèi)核版本：uname-a。圖形界面：init5或者startx?？刂婆_：init3或者直接注銷。如何查看ip地址：ifconfig。配置ip：ifconfigeth0ip地址。重啟：reboot或者shutdown-rnow。
2、linux常用命令如下：查看內(nèi)核版本：uname-a。控制臺-》圖形界面：init5或者startx。圖形界面-》控制臺：init3或者直接注銷。如何查看ip地址：ifconfig。配置ip：ifconfigeth0ip地址。
3、Linux 是一種自由和開放源代碼的操作系統(tǒng)，它支持許多不同的命令行操作。以下是一些常見的 Linux 命令及其用途：cd：用于在文件系統(tǒng)中移動目錄。例如，cd /（移動到根目錄）、cd /usr/（移動到 /usr 目錄）等。
4、linux基本操作命令：pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、cp命令。pwd命令 使用pwd命令找出您所在的當(dāng)前工作目錄的路徑。該命令將返回一個絕對（完整）路徑，該路徑基本上是所有以/開頭的目錄的路徑。
1、如果你想比較兩個文件前 20 行的內(nèi)容，可以使用 Linux 命令 head。
2、①sort -rn -k 2 f1：按照文檔第二列的數(shù)值大小進(jìn)行降序排序。-n表示按照數(shù)值大小比較排序，默認(rèn)為升序，加上-r表示為降序，-k指定按照第幾列排序。②sort -rn -u -k 2 f1：-u表示去除重復(fù)行。
3、如果用“- ”表示file1或fiie2，則表示標(biāo)準(zhǔn)輸入。如果file1或file2是目錄，那么diff將使用該目錄中的同名文件進(jìn)行比較。例如： diff /usr/xu mine把目錄/usr/xu 中名為mine的文件與當(dāng)前目錄中的mine文件進(jìn)行比較。
4、Sort命令將逐行對文件中的內(nèi)容進(jìn)行排序，如果兩行的首字符相同，該命令將繼續(xù)比較這兩行的下一字符，如果還相同，將繼續(xù)進(jìn)行比較。
5、下面做一個簡單的對比。\x0d\x0a啟動\x0d\x0aLinux的啟動操作過程和DOS相似(盡管如此，但作為操作系統(tǒng)本身，Linux在啟動和退出時所作的工作要比DOS多得多)，也可以通過按下Ctrl＋Alt＋Del三鍵進(jìn)行熱啟動。
1、按名稱查找文件你可以借助正則表達(dá)式使用完整或部分的文件名來定位文件。find命令需要你給出想搜索的目錄；指定搜索屬性選項，例如，-name用于指定區(qū)分大小寫的文件名；然后是搜索字符串。
2、find命令是linux中最強(qiáng)大的查找文件的命令，它的格式為”find 指定目錄 指定條件 指定動作“。
3、Linux文件系統(tǒng)具有良好的結(jié)構(gòu)，系統(tǒng)提供了很多文件處理程序。這里主要介紹常用的文件處理命令。 file 作用file通過探測文件內(nèi)容判斷文件類型，使用權(quán)限是所有用戶。
4、Linux find命令用來在指定目錄下查找文件。任何位于參數(shù)之前的字符串都將被視為欲查找的目錄名。如果使用該命令時，不設(shè)置任何參數(shù)，則find命令將在當(dāng)前目錄下查找子目錄與文件，并且將查找到的子目錄和文件全部進(jìn)行顯示。
linux怎么查看服務(wù)器的型號？我們一起來了解一下吧。 打開linux系統(tǒng)，在linux的桌面的空白處右擊。在彈出的下拉選項里，點擊打開終端。輸入dmidecode-t1命令，即可在下方出現(xiàn)的消息中查看到服務(wù)器的名稱與型號。
你可以通過如下方式來進(jìn)行查看：hdparm命令[root@bbs ~]# hdparm -I /dev/sda 通過這個命令可以詳細(xì)查看。
Linux查看硬盤序列號的命令是：hdparm -i /dev/sda，若該用戶沒有執(zhí)行該命令的權(quán)限，可以加sudo 提升權(quán)限。-i參數(shù)用于顯示驅(qū)動器的基本信息。/dev/sda為要查看的硬盤?？梢允褂胒disk -l命令查看硬盤名。
env # 查看環(huán)境變量 問題七：如何查看linux服務(wù)器磁盤的具體型號 請先確定服務(wù)器是否有配 RAID。
linux服務(wù)器硬件型號查看的命令：命令如下：dmidecode | grep Product NameProduct Name： PowerEdge R210 II Product Name： OCP8FC 如果對顯示出來的結(jié)果不熟悉，到百度搜一下你就知道是哪個廠商的機(jī)器型號了。
在Linux系統(tǒng)中通過C語言獲取硬盤序列號，可以借助于ioctl()函數(shù)，該函數(shù)原型如下：int ioctl(int fd， unsigned long request， ...)；ioctl的第一個參數(shù)是文件標(biāo)識符，用open()函數(shù)打開設(shè)備時獲取。
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