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使用python怎么提取文件的指定列-創(chuàng)新互聯(lián)

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之前用featureCount 處理得到結(jié)果,要提出第一列g(shù)ene_id 和 readcount 列,首先軟件輸出的第一行默認(rèn)是你使用的命令行,沒有用,用bash批量刪掉。

for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done

刪除當(dāng)前文件夾下所有文件第一行。

其實提出兩列很簡單,不過我受夠了每次一個文件執(zhí)行一次的煩。想搞成別的程序調(diào)用時命令行參數(shù)直接就行。第一次知道sys.argv這玩意,學(xué)到了。

我設(shè)置了 -i 輸入,-o 輸出 這兩個參數(shù)來判斷輸入輸出文件個數(shù),不過對于錯誤命令行輸入的判斷還很欠缺,畢竟只有自己用。

上代碼:

import sys
leng=len(sys.argv)
for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex
 if sys.argv[i]=="-i":
 it=i
 if sys.argv[i]=="-o":
 out=i
for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)
 print(sys.argv[i])
 file=open(sys.argv[i],'r')
 f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
 count=[]
 for lines in file.readlines():
 two=[]
 lines=lines.rstrip('\n')
 b=lines.split('\t')
 two.append(b[0])
 if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem
  b[6]="count"
 two.append(b[6])
 s='\t'.join(two)
 f.write(s+'\n')
 f.close

上述就是小編為大家分享的使用python怎么提取文件的指定列了,如果剛好有類似的疑惑,不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關(guān)知識,歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)成都網(wǎng)站設(shè)計公司行業(yè)資訊頻道。

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