R語言可視化及作圖6--ggplot2之點(diǎn)圖、條形圖、盒形圖、直方圖、線圖

R語言繪圖系列：

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標(biāo)度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標(biāo)度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標(biāo)度也為我們提供了讀圖時(shí)所使用的工具，比如說坐標(biāo)軸和圖例。總的來說，可以稱為引導(dǎo)元素。標(biāo)度函數(shù)控制元素的屬性，可以理解為圖形的遙控器，可以用它來調(diào)整畫布大小、顏色等等。此前學(xué)的shape,color,size等參數(shù)和標(biāo)度函數(shù)相比顯得不夠靈活。

scale_fill_brewer 調(diào)色板函數(shù)

geom_errorbar()

geom_crossbar()

geom_linerange() 繪制線段

geom_pointrange() 繪制點(diǎn)

pointrange：點(diǎn)畫線

首先繪制一張盒形圖

在圖上顯示出觀測(cè)值

值得注意的是，圖上點(diǎn)的多少并不能完全反應(yīng)原始數(shù)據(jù)的多少，因?yàn)橛械狞c(diǎn)可能因?yàn)辄c(diǎn)過于密集就會(huì)被覆蓋，看起來是一個(gè)點(diǎn)，其實(shí)可能是多個(gè)點(diǎn)。

因此可以使用geom_jitter函數(shù)將不同的點(diǎn)區(qū)分開（jitter是震蕩散點(diǎn)），width設(shè)置如果遇到相同的點(diǎn)，點(diǎn)向左右方平移的距離。alpha設(shè)置透明度。

黑色點(diǎn)是離群點(diǎn)

還可以繪制卡槽圖

varwidth參數(shù)會(huì)根據(jù)該水平下觀測(cè)值的個(gè)數(shù)（n值）改變盒形圖的寬度。（這里寬度去的不是觀測(cè)個(gè)數(shù)的絕對(duì)值，而是平方根，以縮小差距。）

給盒子上色

分組盒形圖，用不同顏色區(qū)分

畫水平的盒形圖

使用coord_flip函數(shù)（坐標(biāo)軸翻轉(zhuǎn)函數(shù)）

繪制一張直方圖

bins可以設(shè)置直方圖條柱的數(shù)目，默認(rèn)為30。當(dāng)bins和binwidth（設(shè)置條柱寬度）同時(shí)設(shè)置時(shí)，默認(rèn)以binwidth為準(zhǔn)。

新加入變量cut，根據(jù)新變量在price水平上進(jìn)行一個(gè)計(jì)數(shù)

y軸由count變?yōu)閐ensity，繪制概率密度

注意下面density的寫法，前后都要加..

繪制概率密度曲線：geom_density函數(shù)

堆棧密度概率曲線

geom_line/geom_path/geom_step

繪制一個(gè)簡(jiǎn)單的線圖

繪制點(diǎn)線圖，點(diǎn)和線需要分別添加。

如上圖，線在點(diǎn)之上，是因?yàn)橄韧渡淞它c(diǎn)，又投射了線。

先投射線，點(diǎn)就出現(xiàn)在了線之上。

線的顏色出現(xiàn)了漸變

geom_smooth函數(shù)：繪制擬合曲線

methods還有其他的方法，如glm：廣義線性模型；losses：純粹平滑；gam：廣義加性模型等等（lm和glm最常用）

geom_hline繪制水平線，geom_vline繪制垂直線。xintercept和yintercept是截距，slope是斜率。

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

R語言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型

columns() ：類似于keytypes()，針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解