linux進(jìn)入字符命令界面方法如下：
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一、系統(tǒng)不在虛擬機(jī)中的情況
使用ctrl+alt+F1~6切換到命令行界面；ctrl+alt+F7切換到圖形界面。
二、系統(tǒng)在虛擬機(jī)中的情況
Ctrl+Alt+shift+F1~6切換到命令行界面；使用Alt+F7返回到圖形界面。
（注：以上方法切換后，圖形界面并沒有關(guān)閉）
三、命令模式修改
打開終端，輸入init3，回車即可。
init后數(shù)字的含義：
0-halt(DoNOTsetinitdefaulttothis)?//停機(jī)(不要把initdefault設(shè)置為零為0，因?yàn)檫@樣會(huì)使Linux無法啟動(dòng))
1-Singleusermode??????????//單用戶模式，就像WinXP下的安全模式。
2-Multiuser,withoutNFS(Thesameas3,ifyoudonothavenetworking)??//多用戶，但沒有NFS。
3-Fullmultiusermode????????//完全多用戶模式，標(biāo)準(zhǔn)的運(yùn)行極，即命令行界面。
4-unused?????//一般不用，但在一些特殊情況下可以用他來做一些事情。
5-X11????????//選擇此項(xiàng)，系統(tǒng)在登錄時(shí)將進(jìn)入圖形化登錄界面。
6-reboot(DoNOTsetinitdefaulttothis)??//重新啟動(dòng)(不要把initdefault設(shè)置為6，因?yàn)檫@樣會(huì)使Linux不斷重新啟動(dòng))
（注：以上方法切換后，圖形界面完全關(guān)閉。如果窗口中有文件未保存，將丟失。用init5可以回到圖形界面，但原來的進(jìn)程已死。用startx則在當(dāng)前級(jí)別3上加載圖形界面)
四、每次啟動(dòng)直接進(jìn)入字符界面，則要修改etc/inittab文件，將啟動(dòng)級(jí)別由5改為3即可。
終端以root身份執(zhí)行vi/etc/inittab打開inittab文件，編輯后保存重啟即可。
Linux下常用文本處理命令大全
Linux下面有很多經(jīng)典的非常有用的命令，其中處理文本的命令就有很多。下面就讓我們一起看看這些經(jīng)典的Linux文本處理命令有哪些吧。
一. sort
文件排序, 通常用在管道中當(dāng)過濾器來使用. 這個(gè)命令可以依據(jù)指定的關(guān)鍵字或指定的字符位置, 對(duì)文件行進(jìn)行排序. 使用-m選項(xiàng), 它將會(huì)合并預(yù)排序的輸入文件. 想了解這個(gè)命令的全部參數(shù)請(qǐng)參考這個(gè)命令的info頁.
二. tsort
拓?fù)渑判? 讀取以空格分隔的有序?qū)? 并且依靠輸入模式進(jìn)行排序.
三. uniq
這個(gè)過濾器將會(huì)刪除一個(gè)已排序文件中的重復(fù)行. 這個(gè)命令經(jīng)常出現(xiàn)在sort命令的管道后邊.
四. expand, unexpand
expand命令將會(huì)把每個(gè)tab轉(zhuǎn)化為一個(gè)空格. 這個(gè)命令經(jīng)常用在管道中.
unexpand命令將會(huì)把每個(gè)空格轉(zhuǎn)化為一個(gè)tab. 效果與expand命令相反.
五. cut
一個(gè)從文件中提取特定域的工具. 這個(gè)命令與awk中使用的print $N命令很相似, 但是更受限. 在腳本中使用cut命令會(huì)比使用awk命令來得容易一些. 最重要的選項(xiàng)就是-d(字段定界符)和-f(域分隔符)選項(xiàng).
六. paste
將多個(gè)文件, 以每個(gè)文件一列的形式合并到一個(gè)文件中, 合并后文件中的每一列就是原來的一個(gè)文件. 與cut結(jié)合使用, 經(jīng)常用于創(chuàng)建系統(tǒng)log文件.
七. join
這個(gè)命令與paste命令屬于同類命令. 但是它能夠完成某些特殊的目地. 這個(gè)強(qiáng)力工具能夠以一種特殊的形式來合并兩個(gè)文件, 這種特殊的形式本質(zhì)上就是一個(gè)關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫的簡(jiǎn)單版本.
join命令只能夠操作兩個(gè)文件. 它可以將那些具有特定標(biāo)記域(通常是一個(gè)數(shù)字標(biāo)簽)的行合并起來, 并且將結(jié)果輸出到stdout. 被加入的文件應(yīng)該事先根據(jù)標(biāo)記域進(jìn)行排序以便于能夠正確的匹配.
八. head
把文件的頭部?jī)?nèi)容打印到stdout上(默認(rèn)為10行, 可以自己修改). 這個(gè)命令有一些比較有趣的選項(xiàng).
九. tail
將一個(gè)文件結(jié)尾部分的內(nèi)容輸出到stdout中(默認(rèn)為10行). 通常用來跟蹤一個(gè)系統(tǒng)logfile的.修改情況, 如果使用-f選項(xiàng)的話, 這個(gè)命令將會(huì)繼續(xù)顯示添加到文件中的行.
十. wc
wc可以統(tǒng)計(jì)文件或I/O流中的”單詞數(shù)量”:
十一. fold
將輸入按照指定寬度進(jìn)行折行. 這里有一個(gè)非常有用的選項(xiàng)-s, 這個(gè)選項(xiàng)可以使用空格進(jìn)行斷行(譯者: 事實(shí)上只有外文才需要使用空格斷行, 中文是不需要的)(請(qǐng)參考例子 12-23和例子 A-1).
十二. fmt
一個(gè)簡(jiǎn)單的文件格式器, 通常用在管道中, 將一個(gè)比較長(zhǎng)的文本行輸出進(jìn)行”折行”.
十三. col
這個(gè)命令用來濾除標(biāo)準(zhǔn)輸入的反向換行符號(hào). 這個(gè)工具還可以將空白用等價(jià)的tab來替換. col工具最主要的應(yīng)用還是從特定的文本處理工具中過濾輸出, 比如groff和tbl. (譯者: 主要用來將man頁轉(zhuǎn)化為文本.)
十四. column
列格式化工具. 通過在合適的位置插入tab, 這個(gè)過濾工具會(huì)將列類型的文本轉(zhuǎn)化為”易于打印”的表格式進(jìn)行輸出.
十五. colrm
列刪除過濾器. 這個(gè)工具將會(huì)從文件中刪除指定的列(列中的字符串)并且寫到文件中, 如果指定的列不存在, 那么就回到stdout. colrm 2 4 filename將會(huì)刪除filename文件中每行的第2到第4列之間的所有字符. p="" /filename將會(huì)刪除filename文件中每行的第2到第4列之間的所有字符.
Caution: 如果這個(gè)文件包含tab和不可打印字符, 那將會(huì)引起不可預(yù)期的行為. 在這種情況下, 應(yīng)該通過管道的手段使用expand和unexpand來預(yù)處理colrm.
十六. nl
計(jì)算行號(hào)過濾器. nl filename將會(huì)把filename文件的所有內(nèi)容都輸出到stdout上, 但是會(huì)在每個(gè)非空行的前面加上連續(xù)的行號(hào). 如果沒有filename參數(shù), 那么就操作stdin.
nl命令的輸出與cat -n非常相似, 然而, 默認(rèn)情況下nl不會(huì)列出空行.
十七. pr
格式化打印過濾器. 這個(gè)命令會(huì)將文件(或stdout)分頁, 將它們分成合適的小塊以便于硬拷貝打印或者在屏幕上瀏覽. 使用這個(gè)命令的不同的參數(shù)可以完成好多任務(wù), 比如對(duì)行和列的操作, 加入行, 設(shè)置頁邊, 計(jì)算行號(hào), 添加頁眉, 合并文件等等. pr命令集合了許多命令的功能, 比如nl, paste, fold, column, 和expand.
pr -o 5 –width=65 fileZZZ | more 這個(gè)命令對(duì)fileZZZ進(jìn)行了比較好的分頁, 并且打印到屏幕上. 文件的縮進(jìn)被設(shè)置為5, 總寬度設(shè)置為65.
一個(gè)非常有用的選項(xiàng)-d, 強(qiáng)制隔行打印(與sed -G效果相同).
十八. gettext
GNU gettext包是專門用來將程序的輸出翻譯或者本地化為不同國(guó)家語言的工具集. 在最開始的時(shí)候僅僅支持C語言, 現(xiàn)在已經(jīng)支持了相當(dāng)數(shù)量的其它程序語言和腳本語言.
想要查看gettext程序如何在shell腳本中使用. 請(qǐng)參考info頁.
十九. msgfmt
一個(gè)產(chǎn)生二進(jìn)制消息目錄的程序. 這個(gè)命令主要用來本地化.
二十. iconv
一個(gè)可以將文件轉(zhuǎn)化為不同編碼格式(字符集)的工具. 這個(gè)命令主要用來本地化.
二十一. recode
可以認(rèn)為這個(gè)命令是上邊iconv命令的專業(yè)版本. 這個(gè)非常靈活的并可以把整個(gè)文件都轉(zhuǎn)換為不同編碼格式的工具并不是Linux標(biāo)準(zhǔn)安裝的一部分.
二十二. TeX, gs
TeX和Postscript都是文本標(biāo)記語言, 用來對(duì)打印和格式化的視頻顯示進(jìn)行預(yù)拷貝.
TeX是Donald Knuth精心制作的排版系統(tǒng). 通常情況下, 通過編寫腳本的手段來把所有的選項(xiàng)和參數(shù)封裝起來一起傳到標(biāo)記語言中是一件很方便的事情.
linux常用命令有pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、grep命令、touch命令、cp命令、mv命令、rm命令、rmdir命令等。
linux常用命令：
1、 pwd命令
該命令的英文解釋為print working directory(打印工作目錄)。輸入pwd命令，Linux會(huì)輸出當(dāng)前目錄。
2、 cd命令
cd命令用來改變所在目錄。
cd / 轉(zhuǎn)到根目錄中
cd ~ 轉(zhuǎn)到/home/user用戶目錄下
cd /usr 轉(zhuǎn)到根目錄下的usr目錄中-------------絕對(duì)路徑
cd test 轉(zhuǎn)到當(dāng)前目錄下的test子目錄中-------相對(duì)路徑
3、 ls命令
ls命令用來查看目錄的內(nèi)容。 選項(xiàng) 含義 -a 列舉目錄中的全部文件，包括隱藏文件 -l 列舉目錄中的細(xì)節(jié)，包括權(quán)限、所有者、組群、大小、創(chuàng)建日期、文件是否是鏈接等 -f 列舉的文件顯示文件類型 -r 逆向，從后向前地列舉目錄中內(nèi)容 -R 遞歸，該選項(xiàng)遞歸地列舉當(dāng)前目錄下所有子目錄內(nèi)的內(nèi)容 -s 大小，按文件大小排序 -h 以人類可讀的方式顯示文件的大小，如用K、M、G作單位 ls -l examples.doc 列舉文件examples.doc的所有信息
4、 cat命令
cat命令可以用來合并文件，也可以用來在屏幕上顯示整個(gè)文件的內(nèi)容。
cat snow.txt 該命令顯示文件snow.txt的內(nèi)容，ctrl+D退出cat。
5、 grep命令
grep命令的最大功能是在一堆文件中查找一個(gè)特定的字符串。
grep money test.txt
以上命令在test.txt中查找money這個(gè)字符串，grep查找是區(qū)分大小寫的。
6 、touch命令
touch命令用來創(chuàng)建新文件，他可以創(chuàng)建一個(gè)空白的文件，可以在其中添加文本和數(shù)據(jù)。
touch newfile 該命令創(chuàng)建一個(gè)名為newfile的空白文件。
7 、cp命令
cp命令用來拷貝文件，要復(fù)制文件，輸入命令：
cp
cp t.txt Document/t 該命令將把文件t.txt復(fù)制到Document目錄下，并命名為t。 選項(xiàng) 含義 -i 互動(dòng)：如果文件將覆蓋目標(biāo)中的文件，他會(huì)提示確認(rèn) -r 遞歸：這個(gè)選項(xiàng)會(huì)復(fù)制整個(gè)目錄樹、子目錄以及其他 -v 詳細(xì)：顯示文件的復(fù)制進(jìn)度
8 、mv命令
mv命令用來移動(dòng)文件。 選項(xiàng) 說明 -i 互動(dòng)：如果選擇的文件會(huì)覆蓋目標(biāo)中的文件，他會(huì)提示確認(rèn) -f 強(qiáng)制：它會(huì)超越互動(dòng)模式，不提示地移動(dòng)文件，屬于很危險(xiǎn)的選項(xiàng) -v 詳細(xì)：顯示文件的移動(dòng)進(jìn)度
mv t.txt Document 把文件t.txt 移動(dòng)到目錄Document中。
9 、rm命令
rm命令用來刪除文件。 選項(xiàng) 說明 -i 互動(dòng)：提示確認(rèn)刪除 -f 強(qiáng)制：代替互動(dòng)模式，不提示確認(rèn)刪除 -v 詳細(xì)：顯示文件的刪除進(jìn)度 -r 遞歸：將刪除某個(gè)目錄以及其中所有的文件和子目錄
rm t.txt 該命令刪除文件t.txt
10、 rmdir命令
rmdir命令用來刪除目錄。
在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計(jì)的命令：
通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個(gè)命令的詳細(xì)的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記）
接下來通過示例把10個(gè)命令的常用參數(shù)和用法展示出來：
參數(shù)的用法介紹：
注意事項(xiàng)：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號(hào)，退出時(shí)，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默認(rèn) 10 行 （在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補(bǔ)充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵
less命令重要的補(bǔ)充用法2 ：
參數(shù)用法：
less命令 不加參數(shù) 查看文件：
less命令加 -N參數(shù) 查看文件：顯示行號(hào)
less命令加 -S參數(shù) 查看文件：?jiǎn)涡酗@示，非常規(guī)整
對(duì)比：less和cat命令顯示文本行號(hào)的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計(jì)字符是也把換行符統(tǒng)計(jì)進(jìn)去，但是別的命令不一定會(huì)把換行符算進(jìn)去，。
常見參數(shù):
切記：用less命令，按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前：
排列后：
解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一個(gè)表格結(jié)構(gòu)時(shí)，因?yàn)橹票矸麑?duì)齊的原因，出現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時(shí)的認(rèn)知不一樣，所以 加上-n參數(shù) ， 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重，只有兩行出現(xiàn)重復(fù)，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現(xiàn)兩行一模一樣，不會(huì)去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之，uniq命令使用時(shí)經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個(gè)好習(xí)慣，原始數(shù)據(jù)不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號(hào)分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計(jì)
5. 在第4步的基礎(chǔ)上，將空格替換成制表符
補(bǔ)充小知識(shí) ：
清屏 ：control L
查看歷史（輸入過的）命令 ：history
重慶分公司
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