在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令：
目前創(chuàng)新互聯(lián)已為上1000家的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設(shè)、域名、網(wǎng)絡(luò)空間、網(wǎng)站托管運營、企業(yè)網(wǎng)站設(shè)計、繁峙網(wǎng)站維護等服務(wù)，公司將堅持客戶導(dǎo)向、應(yīng)用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長，共同發(fā)展。
通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細(xì)的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記）
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來：
參數(shù)的用法介紹：
注意事項：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默認(rèn) 10 行 （在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵
less命令重要的補充用法2 ：
參數(shù)用法：
less命令 不加參數(shù) 查看文件：
less命令加 -N參數(shù) 查看文件：顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件：單行顯示，非常規(guī)整
對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進去，但是別的命令不一定會把換行符算進去，。
常見參數(shù):
切記：用less命令，按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前：
排列后：
解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時，因為制表符對齊的原因，出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認(rèn)知不一樣，所以 加上-n參數(shù) ， 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重，只有兩行出現(xiàn)重復(fù)，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現(xiàn)兩行一模一樣，不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之，uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習(xí)慣，原始數(shù)據(jù)不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上，將空格替換成制表符
補充小知識 ：
清屏 ：control L
查看歷史（輸入過的）命令 ：history
linux命令格式：
說明：command: 命令名,相應(yīng)功能的英文單詞或單詞的縮寫 [-options]：選項,可用來對命令進行控制，也可以省略，[]代表可選 parameter1 …：傳給命令的參數(shù)：可以是零個一個或多個
一般是linux命令自帶的幫助信息
如：
man是linux提供的一個手冊，包含了絕大部分的命令、函數(shù)使用說明
該手冊分成很多章節(jié)（section），使用man時可以指定不同的章節(jié)來瀏覽。
例：man ls ; man 2 printf
man中各個section意義如下：
man是按照手冊的章節(jié)號的順序進行搜索的。
man設(shè)置了如下的功能鍵：
在敲出命令的前幾個字母的同時，按下tab鍵，系統(tǒng)會自動幫我們補全命令
當(dāng)系統(tǒng)執(zhí)行過一些命令后，可按上下鍵翻看以前的命令，history將執(zhí)行過的命令列舉出來
ls是英文單詞list的簡寫，其功能為列出目錄的內(nèi)容，是用戶最常用的命令之一，它類似于DOS下的dir命令。
Linux文件或者目錄名稱最長可以有265個字符，“.”代表當(dāng)前目錄，“..”代表上一級目錄，以“.”開頭的文件為隱藏文件，需要用 -a 參數(shù)才能顯示。
ls常用參數(shù)：
Linux允許將命令執(zhí)行結(jié)果重定向到一個文件，本應(yīng)顯示在終端上的內(nèi)容保存到指定文件中。
如：ls test.txt ( test.txt 如果不存在，則創(chuàng)建，存在則覆蓋其內(nèi)容 )
注意： 輸出重定向會覆蓋原來的內(nèi)容，輸出重定向則會追加到文件的尾部。
查看內(nèi)容時，在信息過長無法在一屏上顯示時，會出現(xiàn)快速滾屏，使得用戶無法看清文件的內(nèi)容，此時可以使用more命令，每次只顯示一頁，按下空格鍵可以顯示下一頁，按下q鍵退出顯示，按下h鍵可以獲取幫助。
管道：一個命令的輸出可以通過管道做為另一個命令的輸入。
管道我們可以理解現(xiàn)實生活中的管子，管子的一頭塞東西進去，另一頭取出來，這里“ | ”的左右分為兩端，左端塞東西(寫)，右端取東西(讀)。
clear作用為清除終端上的顯示(類似于DOS的cls清屏功能)，也可使用快捷鍵：Ctrl + l ( “l(fā)” 為字母 )。
在使用Unix/Linux的時候，經(jīng)常需要更換工作目錄。cd命令可以幫助用戶切換工作目錄。Linux所有的目錄和文件名大小寫敏感
cd后面可跟絕對路徑，也可以跟相對路徑。如果省略目錄，則默認(rèn)切換到當(dāng)前用戶的主目錄。
使用pwd命令可以顯示當(dāng)前的工作目錄，該命令很簡單，直接輸入pwd即可，后面不帶參數(shù)。
通過mkdir命令可以創(chuàng)建一個新的目錄。參數(shù)-p可遞歸創(chuàng)建目錄。
需要注意的是新建目錄的名稱不能與當(dāng)前目錄中已有的目錄或文件同名，并且目錄創(chuàng)建者必須對當(dāng)前目錄具有寫權(quán)限。
可使用rmdir命令刪除一個目錄。必須離開目錄，并且目錄必須為空目錄，不然提示刪除失敗。
可通過rm刪除文件或目錄。使用rm命令要小心，因為文件刪除后不能恢復(fù)。為了防止文件誤刪，可以在rm后使用-i參數(shù)以逐個確認(rèn)要刪除的文件。
常用參數(shù)及含義如下表所示：
Linux鏈接文件類似于Windows下的快捷方式。
鏈接文件分為軟鏈接和硬鏈接。
軟鏈接：軟鏈接不占用磁盤空間，源文件刪除則軟鏈接失效。
硬鏈接：硬鏈接只能鏈接普通文件，不能鏈接目錄。
使用格式：
如果沒有-s選項代表建立一個硬鏈接文件，兩個文件占用相同大小的硬盤空間，即使刪除了源文件，鏈接文件還是存在，所以-s選項是更常見的形式。
注意：如果軟鏈接文件和源文件不在同一個目錄，源文件要使用絕對路徑，不能使用相對路徑。
Linux系統(tǒng)中g(shù)rep命令是一種強大的文本搜索工具，grep允許對文本文件進行模式查找。如果找到匹配模式， grep打印包含模式的所有行。
grep一般格式為：
在grep命令中輸入字符串參數(shù)時，最好引號或雙引號括起來。例如：grep‘a(chǎn) ’1.txt。
常用選項說明：
find命令功能非常強大，通常用來在特定的目錄下搜索符合條件的文件，也可以用來搜索特定用戶屬主的文件。
常用用法：
cp命令的功能是將給出的文件或目錄復(fù)制到另一個文件或目錄中，相當(dāng)于DOS下的copy命令。
常用選項說明：
用戶可以使用mv命令來移動文件或目錄，也可以給文件或目錄重命名。
常用選項說明：
計算機中的數(shù)據(jù)經(jīng)常需要備份，tar是Unix/Linux中最常用的備份工具，此命令可以把一系列文件歸檔到一個大文件中，也可以把檔案文件解開以恢復(fù)數(shù)據(jù)。
tar使用格式 tar [參數(shù)] 打包文件名 文件
tar命令很特殊，其參數(shù)前面可以使用“-”，也可以不使用。
常用參數(shù)：
tar與gzip命令結(jié)合使用實現(xiàn)文件打包、壓縮。 tar只負(fù)責(zé)打包文件，但不壓縮，用gzip壓縮tar打包后的文件，其擴展名一般用xxxx.tar.gz。
gzip使用格式如下：
gzip [選項] 被壓縮文件
常用選項：
tar與bzip2命令結(jié)合使用實現(xiàn)文件打包、壓縮(用法和gzip一樣)。
tar只負(fù)責(zé)打包文件，但不壓縮，用bzip2壓縮tar打包后的文件，其擴展名一般用xxxx.tar.gz2。
在tar命令中增加一個選項(-j)可以調(diào)用bzip2實現(xiàn)了一個壓縮的功能，實行一個先打包后壓縮的過程。
壓縮用法：tar -jcvf 壓縮包包名 文件...(tar jcvf bk.tar.bz2 *.c)
解壓用法：tar -jxvf 壓縮包包名 (tar jxvf bk.tar.bz2)
通過zip壓縮文件的目標(biāo)文件不需要指定擴展名，默認(rèn)擴展名為zip。
壓縮文件：zip [-r] 目標(biāo)文件(沒有擴展名) 源文件
解壓文件：unzip -d 解壓后目錄文件 壓縮文件
whoami該命令用戶查看當(dāng)前系統(tǒng)當(dāng)前賬號的用戶名?？赏ㄟ^cat /etc/passwd查看系統(tǒng)用戶信息。
由于系統(tǒng)管理員通常需要使用多種身份登錄系統(tǒng)，例如通常使用普通用戶登錄系統(tǒng)，然后再以su命令切換到root身份對傳統(tǒng)進行管理。這時候就可以使用whoami來查看當(dāng)前用戶的身份。
who命令用于查看當(dāng)前所有登錄系統(tǒng)的用戶信息。
常用選項：
如果是圖形界面，退出當(dāng)前終端；
如果是使用ssh遠(yuǎn)程登錄，退出登陸賬戶；
如果是切換后的登陸用戶，退出則返回上一個登陸賬號。
在Unix/Linux中添加用戶賬號可以使用adduser或useradd命令，因為adduser命令是指向useradd命令的一個鏈接，因此，這兩個命令的使用格式完全一樣。
useradd命令的使用格式如下：
useradd [參數(shù)] 新建用戶賬號
在Unix/Linux中，超級用戶可以使用passwd命令為普通用戶設(shè)置或修改用戶口令。用戶也可以直接使用該命令來修改自己的口令，而無需在命令后面使用用戶名。
可以通過su命令切換用戶，su后面可以加“-”。su和su –命令不同之處在于，su -切換到對應(yīng)的用戶時會將當(dāng)前的工作目錄自動轉(zhuǎn)換到切換后的用戶主目錄：
注意：如果是ubuntu平臺，需要在命令前加“sudo”，如果在某些操作需要管理員才能操作，ubuntu無需切換到root用戶即可操作，只需加“sudo”即可。sudo是ubuntu平臺下允許系統(tǒng)管理員讓普通用戶執(zhí)行一些或者全部的root命令的一個工具，減少了root 用戶的登陸和管理時間，提高了安全性。
方法一:
方法二:
groupadd 新建組賬號 groupdel 組賬號 cat /etc/group 查看用戶組
使用方法：usermod -g 用戶組 用戶名
新創(chuàng)建的用戶，默認(rèn)不能sudo，需要進行一下操作
-g用來制定這個用戶默認(rèn)的用戶組
-G一般配合'-a'來完成向其它組添加
chmod 修改文件權(quán)限有兩種使用格式：字母法與數(shù)字法。
字母法：chmod u/g/o/a +/-/= rwx 文件
cal命令用于查看當(dāng)前日歷，-y顯示整年日歷
設(shè)置時間格式（需要管理員權(quán)限）：
date [MMDDhhmm[[CC]YY][.ss]] +format
CC為年前兩位yy為年的后兩位，前兩位的mm為月，后兩位的mm為分鐘，dd為天，hh為小時，ss為秒。如： date 010203042016.55。
顯示時間格式（date '+%y,%m,%d,%H,%M,%S'）：
進程是一個具有一定獨立功能的程序，它是操作系統(tǒng)動態(tài)執(zhí)行的基本單元。
ps命令可以查看進程的詳細(xì)狀況，常用選項(選項可以不加“-”)如下：
top命令用來動態(tài)顯示運行中的進程。top命令能夠在運行后，在指定的時間間隔更新顯示信息。可以在使用top命令時加上-d 來指定顯示信息更新的時間間隔。
在top命令執(zhí)行后，可以按下按鍵得到對顯示的結(jié)果進行排序：
kill命令指定進程號的進程，需要配合 ps 使用。有些進程不能直接殺死，這時候我們需要加一個參數(shù)“ -9 ”，“ -9 ” 代表強制結(jié)束.
使用格式：
kill [-signal] pid
df命令用于檢測文件系統(tǒng)的磁盤空間占用和空余情況，可以顯示所有文件系統(tǒng)對節(jié)點和磁盤塊的使用情況。
du命令用于統(tǒng)計目錄或文件所占磁盤空間的大小，該命令的執(zhí)行結(jié)果與df類似，du更側(cè)重于磁盤的使用狀況。
du命令的使用格式如下： du [選項] 目錄或文件名
常見執(zhí)行Linux命令的格式是這樣的：
注意，命令名稱、命令參數(shù)、命令對象之間請用空格鍵分隔。
命令對象一般是指要處理的文件、目錄、用戶等資源，而命令參數(shù)可以用長格式（完整的選項名稱），也可以用短格式（單個字母的縮寫），兩者分別用--與-作為前綴。
命令參數(shù)的長格式與短格式示例
1．echo命令
2．date命令
3．reboot命令
4．poweroff命令
5．wget命令
6．ps命令
7．top命令
8．pidof命令
9．kill命令
10．killall命令
如果我們在系統(tǒng)終端中執(zhí)行一個命令后想立即停止它，可以同時按下Ctrl + C組合鍵（生產(chǎn)環(huán)境中比較常用的一個快捷鍵），這樣將立即終止該命令的進程。
或者，如果有些命令在執(zhí)行時不斷地在屏幕上輸出信息，影響到后續(xù)命令的輸入，則可以在執(zhí)行命令時在末尾添加上一個符號，這樣命令將進入系統(tǒng)后臺來執(zhí)行。
1．ifconfig命令
2．uname命令
3．uptime命令
4．free命令
5．who命令
6．last命令
7．history命令
8．sosreport命令
三、工作目錄切換命令
1．pwd命令
2．cd命令
3．ls命令
四、文本文件編輯命令
1．cat命令
2．more命令
3．head命令
4．tail命令
5．tr命令
6．wc命令
7．stat命令
8．cut命令
9．diff命令
五、文件目錄管理命令
1．touch命令
2．mkdir命令
3．cp命令
4．mv命令
5．rm命令
6．dd命令
7．file命令
六、打包壓縮與搜索命令
1．tar命令
2．grep命令
3．find命令
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