【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

在三穗等地區(qū)，都構(gòu)建了全面的區(qū)域性戰(zhàn)略布局，加強(qiáng)發(fā)展的系統(tǒng)性、市場(chǎng)前瞻性、產(chǎn)品創(chuàng)新能力，以專注、極致的服務(wù)理念，為客戶提供成都網(wǎng)站設(shè)計(jì)、網(wǎng)站建設(shè) 網(wǎng)站設(shè)計(jì)制作按需網(wǎng)站策劃,公司網(wǎng)站建設(shè),企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),品牌網(wǎng)站建設(shè),成都全網(wǎng)營(yíng)銷推廣,外貿(mào)營(yíng)銷網(wǎng)站建設(shè),三穗網(wǎng)站建設(shè)費(fèi)用合理。

?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個(gè)性化作圖

當(dāng)富集分析完成，拿到如下的分析結(jié)果后，就可以進(jìn)行作圖了。

富集分析結(jié)果的可視化無(wú)非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實(shí)在是太丑，所以還是自己動(dòng)手修改修改。

一、常規(guī)柱狀圖（ggplot2）

橫軸為gene counts，或者用-logP也行，填充相應(yīng)的用P值或者gene counts。ggplot畫(huà)圖的好處就是可以進(jìn)行很多調(diào)整。

二、常規(guī)氣泡圖（ggplot2）

氣泡圖與柱狀圖如出一轍，只是在展示方式上出現(xiàn)了差別。一個(gè)用geom_bar()函數(shù)，氣泡圖類似于散點(diǎn)圖用geom_point()函數(shù)。

三、上下調(diào)同時(shí)展示（ggplot2）

很多時(shí)候研究者拿到差異基因后，上下調(diào)基因是分別富集的，在展示上需要同時(shí)體現(xiàn)二者，我們之前提到metascape可以做到： 轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十二): Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具 ，除此之外，之前講過(guò)的氣泡圖也可以展現(xiàn)多組的結(jié)果： 復(fù)現(xiàn)《nature communications》圖表（四）：ggplot畫(huà)多組富集氣泡圖 。這里我們繼續(xù)提供一種bar圖的展示方式。將down的數(shù)值調(diào)整為負(fù)，做一列分組，就可以展示了。

當(dāng)然了，以上所說(shuō)的可視化還是比較常規(guī)，在基礎(chǔ)上可以自己做調(diào)整。也有一些文章總是標(biāo)新立意，有很多奇特的展現(xiàn)方式，我們會(huì)在之后的系列中講解。

怎么用origin做go分析圖

1、首先打開(kāi)origin圖，可以看到一個(gè)表格，分別寫(xiě)上標(biāo)題、單位、注釋和作圖的數(shù)據(jù)。

2、可以直接在origin表格中輸入數(shù)據(jù)或者通過(guò)excel表格粘貼到表格中。

3、直接選中X、Y軸要作圖的數(shù)據(jù)。點(diǎn)擊表格下方圖形類型的快捷按鈕，可以得到所要做的圖形；或者點(diǎn)擊Plot制作圖形。

4、得到圖形，根據(jù)需要還可以改變圖形的類型以及對(duì)圖形進(jìn)行設(shè)置等等。

go畫(huà)圖為什么沒(méi)有折點(diǎn)

軟件設(shè)置。go畫(huà)圖是一個(gè)非常強(qiáng)大、好用的繪圖庫(kù)軟件。該軟件為更好的方便用戶的使用，提高用戶的辦事效率，所以該軟件中出現(xiàn)沒(méi)有折點(diǎn)是由于軟件設(shè)置所導(dǎo)致的。并且該軟件憑借其齊全的功能受到很多用戶的喜歡青睞。