Linux文本操作常用命令

在Linux系統里常用于文本查看、操作、統計的命令：

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通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學習做的筆記）

接下來通過示例把10個命令的常用參數和用法展示出來：

參數的用法介紹：

注意事項：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看

結合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默認 10 行 （在R語言里head和tail默認是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比較少

3.1 less命令

less [參數] 文件名

less命令重要的補充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵

less命令重要的補充用法2 ：

參數用法：

less命令 不加參數 查看文件：

less命令加 -N參數 查看文件：顯示行號

less命令加 -S參數 查看文件：單行顯示，非常規(guī)整

對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好

查看壓縮文件

wc 統計字符是也把換行符統計進去，但是別的命令不一定會把換行符算進去，。

常見參數:

切記：用less命令，按q退出

cut命令是按關鍵詞來切的

常見參數:

排列前：

排列后：

解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一個表格結構時，因為制表符對齊的原因，出現一個錯位的現象。還有 字典排序 可能和我們平時的認知不一樣，所以 加上-n參數 ， 讓數值有數學意義上的大小來排序 。

uniq命令去重，只有兩行出現重復，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現兩行一模一樣，不會去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

換其它文件試試

總之，uniq命令使用時經常和sort一起

常見參數:

常見用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常見用法2 : paste - -

常見參數:

要養(yǎng)成一個好習慣，原始數據不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的內容

3. 在第2步的基礎上截取分號分割的第1列

4. 在第3步的基礎上排序、去重復并統計

5. 在第4步的基礎上，將空格替換成制表符

補充小知識 ：

清屏 ：control L

查看歷史（輸入過的）命令 ：history

Linux下常用文本處理命令

Linux下常用文本處理命令大全

Linux下面有很多經典的非常有用的命令，其中處理文本的命令就有很多。下面就讓我們一起看看這些經典的Linux文本處理命令有哪些吧。

一. sort

文件排序, 通常用在管道中當過濾器來使用. 這個命令可以依據指定的關鍵字或指定的字符位置, 對文件行進行排序. 使用-m選項, 它將會合并預排序的輸入文件. 想了解這個命令的全部參數請參考這個命令的info頁.

二. tsort

拓撲排序, 讀取以空格分隔的有序對, 并且依靠輸入模式進行排序.

三. uniq

這個過濾器將會刪除一個已排序文件中的重復行. 這個命令經常出現在sort命令的管道后邊.

四. expand, unexpand

expand命令將會把每個tab轉化為一個空格. 這個命令經常用在管道中.

unexpand命令將會把每個空格轉化為一個tab. 效果與expand命令相反.

五. cut

一個從文件中提取特定域的工具. 這個命令與awk中使用的print $N命令很相似, 但是更受限. 在腳本中使用cut命令會比使用awk命令來得容易一些. 最重要的選項就是-d(字段定界符)和-f(域分隔符)選項.

六. paste

將多個文件, 以每個文件一列的形式合并到一個文件中, 合并后文件中的每一列就是原來的一個文件. 與cut結合使用, 經常用于創(chuàng)建系統log文件.

七. join

這個命令與paste命令屬于同類命令. 但是它能夠完成某些特殊的目地. 這個強力工具能夠以一種特殊的形式來合并兩個文件, 這種特殊的形式本質上就是一個關聯數據庫的簡單版本.

join命令只能夠操作兩個文件. 它可以將那些具有特定標記域(通常是一個數字標簽)的行合并起來, 并且將結果輸出到stdout. 被加入的文件應該事先根據標記域進行排序以便于能夠正確的匹配.

八. head

把文件的頭部內容打印到stdout上(默認為10行, 可以自己修改). 這個命令有一些比較有趣的選項.

九. tail

將一個文件結尾部分的內容輸出到stdout中(默認為10行). 通常用來跟蹤一個系統logfile的.修改情況, 如果使用-f選項的話, 這個命令將會繼續(xù)顯示添加到文件中的行.

十. wc

wc可以統計文件或I/O流中的”單詞數量”:

十一. fold

將輸入按照指定寬度進行折行. 這里有一個非常有用的選項-s, 這個選項可以使用空格進行斷行(譯者: 事實上只有外文才需要使用空格斷行, 中文是不需要的)(請參考例子 12-23和例子 A-1).

十二. fmt

一個簡單的文件格式器, 通常用在管道中, 將一個比較長的文本行輸出進行”折行”.

十三. col

這個命令用來濾除標準輸入的反向換行符號. 這個工具還可以將空白用等價的tab來替換. col工具最主要的應用還是從特定的文本處理工具中過濾輸出, 比如groff和tbl. (譯者: 主要用來將man頁轉化為文本.)

十四. column

列格式化工具. 通過在合適的位置插入tab, 這個過濾工具會將列類型的文本轉化為”易于打印”的表格式進行輸出.

十五. colrm

列刪除過濾器. 這個工具將會從文件中刪除指定的列(列中的字符串)并且寫到文件中, 如果指定的列不存在, 那么就回到stdout. colrm 2 4 filename將會刪除filename文件中每行的第2到第4列之間的所有字符. p="" /filename將會刪除filename文件中每行的第2到第4列之間的所有字符.

Caution: 如果這個文件包含tab和不可打印字符, 那將會引起不可預期的行為. 在這種情況下, 應該通過管道的手段使用expand和unexpand來預處理colrm.

十六. nl

計算行號過濾器. nl filename將會把filename文件的所有內容都輸出到stdout上, 但是會在每個非空行的前面加上連續(xù)的行號. 如果沒有filename參數, 那么就操作stdin.

nl命令的輸出與cat -n非常相似, 然而, 默認情況下nl不會列出空行.

十七. pr

格式化打印過濾器. 這個命令會將文件(或stdout)分頁, 將它們分成合適的小塊以便于硬拷貝打印或者在屏幕上瀏覽. 使用這個命令的不同的參數可以完成好多任務, 比如對行和列的操作, 加入行, 設置頁邊, 計算行號, 添加頁眉, 合并文件等等. pr命令集合了許多命令的功能, 比如nl, paste, fold, column, 和expand.

pr -o 5 –width=65 fileZZZ | more 這個命令對fileZZZ進行了比較好的分頁, 并且打印到屏幕上. 文件的縮進被設置為5, 總寬度設置為65.

一個非常有用的選項-d, 強制隔行打印(與sed -G效果相同).

十八. gettext

GNU gettext包是專門用來將程序的輸出翻譯或者本地化為不同國家語言的工具集. 在最開始的時候僅僅支持C語言, 現在已經支持了相當數量的其它程序語言和腳本語言.

想要查看gettext程序如何在shell腳本中使用. 請參考info頁.

十九. msgfmt

一個產生二進制消息目錄的程序. 這個命令主要用來本地化.

二十. iconv

一個可以將文件轉化為不同編碼格式(字符集)的工具. 這個命令主要用來本地化.

二十一. recode

可以認為這個命令是上邊iconv命令的專業(yè)版本. 這個非常靈活的并可以把整個文件都轉換為不同編碼格式的工具并不是Linux標準安裝的一部分.

二十二. TeX, gs

TeX和Postscript都是文本標記語言, 用來對打印和格式化的視頻顯示進行預拷貝.

TeX是Donald Knuth精心制作的排版系統. 通常情況下, 通過編寫腳本的手段來把所有的選項和參數封裝起來一起傳到標記語言中是一件很方便的事情.

linux中編輯文件命令

Linux自帶有兩個文本編輯器：vi和nano。

使用nano編輯文件：

nano 文件名

點擊Ctrl-X可以退出編輯，選擇是否保存對文件的改動。

使用vi編輯文件：

vi 文件名

vi有兩個模式：一個是編輯模式一個是命令模式。點擊i可以從命令模式進入編輯模式，在點擊esc鍵可以重新進入命令模式。我們一般進入編輯模式，來進行添加，修改，刪除。但是當我們刪除和修改的內容過多的時候，我們使用命令行模式，進行修改，這樣方便，快捷，而命令行中，最常用到的是x，dd，u，p這四個命令：x:刪除當前字符；dd：刪除當前行；u:恢復前一步操作；p:復制之前刪除的行。