在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令：
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通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學習做的筆記）
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來：
參數(shù)的用法介紹：
注意事項：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默認 10 行 （在R語言里head和tail默認是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵
less命令重要的補充用法2 ：
參數(shù)用法：
less命令 不加參數(shù) 查看文件：
less命令加 -N參數(shù) 查看文件：顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件：單行顯示，非常規(guī)整
對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進去，但是別的命令不一定會把換行符算進去，。
常見參數(shù):
切記：用less命令，按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前：
排列后：
解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時，因為制表符對齊的原因，出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認知不一樣，所以 加上-n參數(shù) ， 讓數(shù)值有數(shù)學意義上的大小來排序 。
uniq命令去重，只有兩行出現(xiàn)重復，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現(xiàn)兩行一模一樣，不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之，uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習慣，原始數(shù)據(jù)不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上，將空格替換成制表符
補充小知識 ：
清屏 ：control L
查看歷史（輸入過的）命令 ：history
linux清屏命令，可以用clear ,也可以用快捷組合鍵Ctrl + L
也可以增加一個windows下面的cls命令，方法是使用別名：
alias cls='clear'
也可以把這一行寫入bash的初始化文件/etc/bashrc中和主目錄下面的.bashrc文件中
。
clear
這個命令是用來清除屏幕的，它不需要任何參數(shù)，和dos下面的cls具有相同的功能，如果你覺得屏幕太紊亂，就可以使用它清除屏幕上的信息。 ln[link]
這是linux中又一個非常重要命令，請大家一定要熟悉。它的功能是為某一個文件在另外一個位置建立一個不同的鏈接，這個命令最常用的參數(shù)是-s,具體用法是：ln –s源文件目標文件。
當我們需要在不同的目錄，用到相同的文件時，我們不需要在每一個需要的目錄下都放一個必須相同的文件，我們只要在某個固定的目錄，放上該文件，然后在其它的目錄下用ln命令鏈接（link）它就可以，不必重復的占用磁盤空間。例如：ln –s /bin/less /usr/local/bin/less
-s 是代號（symbolic）的意思。
這里有兩點要注意：第一，ln命令會保持每一處鏈接文件的同步性，也就是說，不論你改動了哪一處，其它的文件都會發(fā)生相同的變化；第二，ln的鏈接有軟鏈接和硬鏈接兩種，軟鏈接就是ln –s ** **,它只會在你選定的位置上生成一個文件的鏡像，不會占用磁盤空間，硬鏈接ln ** **,沒有參數(shù)-s, 它會在你選定的位置上生成一個和源文件大小相同的文件，無論是軟鏈接還是硬鏈接，文件都保持同步變化。
如果你用ls察看一個目錄時，發(fā)現(xiàn)有的文件后面有一個@的符號，那就是一個用ln命令生成的文件，用ls –l命令去察看，就可以看到顯示的link的路徑了。 用于查找文件中符合字符串的那行。
e.g. grep -nr network_ssl ./ [查找當前文件夾下所有文件內(nèi)容，列出包含有 network_ssl該字串的行，并顯示行號]
參數(shù)說明： -a ：將 binary 文件以 text 文件的方式搜尋數(shù)據(jù)
-c ：計算找到 '搜尋字符串' 的次數(shù)
-i ：忽略大小寫的不同，所以大小寫視為相同
-n ：順便輸出行號
-v ：反向選擇，亦即顯示出沒有 '搜尋字符串' 內(nèi)容的那一行!
-A NUM：同時輸出匹配行的后NUM行。
-B NUM：同時輸出匹配行的前NUM行。
-C NUM：同時輸出匹配行的前、后各NUM行。
-r ：明確要求搜索子目錄：grep -r 或忽略子目錄：grep -d skip 如果有很多 輸出時，您可以通過管道將其轉(zhuǎn)到’less’上閱讀：$ grep magic /usr/src/Linux/Documentation/* | less 這樣，您就可以更方便地閱讀。 find / -name *.txt -print 用于查找所有的‘ *.txt’文件在當前目錄及子目錄中；
find / -name [A-Z]* -print 用于當前目錄及子目錄中查找文件名以一個大寫字母開頭的文件；
find /etc -name host* -print 在/etc目錄中查找文件名以host開頭的文件；
find / -name [a-z][a-z][0--9][0--9].txt -print 在當前目錄查找文件名以兩個小寫字母開頭，跟著是兩個數(shù)字，最后是.txt的文件；
1、find命令的一般形式為；
find pathname -options [-print -exec -ok ...]
2、find命令的參數(shù)；
pathname: find命令所查找的目錄路徑。例如用.來表示當前目錄，用/來表示系統(tǒng)根目錄。
-print： find命令將匹配的文件輸出到標準輸出。
-exec： find命令對匹配的文件執(zhí)行該參數(shù)所給出的shell命令。相應命令的形式為'command' { } \;，注意{ }和\；之間的空格。
-ok： 和-exec的作用相同，只不過以一種更為安全的模式來執(zhí)行該參數(shù)所給出的shell命令，在執(zhí)行每一個命令之前，都會給出提示，讓用戶來確定是否執(zhí)行。
3、find命令選項
-name
按照文件名查找文件。
-perm
按照文件權(quán)限來查找文件。
-prune
使用這一選項可以使find命令不在當前指定的目錄中查找，如果同時使用-depth選項，那么-prune將被find命令忽略。
-user
按照文件屬主來查找文件。
-group
按照文件所屬的組來查找文件。
-mtime -n +n
按照文件的更改時間來查找文件， - n表示文件更改時間距現(xiàn)在n天以內(nèi)，+ n表示文件更改時間距現(xiàn)在n天以前。find命令還有-atime和-ctime 選項，但它們都和-m time選項。
-nogroup
查找無有效所屬組的文件，即該文件所屬的組在/etc/groups中不存在。
-nouser
查找無有效屬主的文件，即該文件的屬主在/etc/passwd中不存在。
-newer file1 ! file2
查找更改時間比文件file1新但比文件file2舊的文件。
-type
查找某一類型的文件，諸如：
b -塊設(shè)備文件。
d -目錄。
c -字符設(shè)備文件。
p - 管道文件。
l -符號鏈接文件。
f - 普通文件。
-size n：[c] 查找文件長度為n塊的文件，帶有c時表示文件長度以字節(jié)計。
-depth：在查找文件時，首先查找當前目錄中的文件，然后再在其子目錄中查找。
-fstype：查找位于某一類型文件系統(tǒng)中的文件，這些文件系統(tǒng)類型通?？梢栽谂渲梦募?etc/fstab中找到，該配置文件中包含了本系統(tǒng)中有關(guān)文件系統(tǒng)的信息。
-mount：在查找文件時不跨越文件系統(tǒng)mount點。
-follow：如果find命令遇到符號鏈接文件，就跟蹤至鏈接所指向的文件。
-cpio：對匹配的文件使用cpio命令，將這些文件備份到磁帶設(shè)備中。
另外,下面三個的區(qū)別:
-amin n
查找系統(tǒng)中最后N分鐘訪問的文件
-atime n
查找系統(tǒng)中最后n*24小時訪問的文件
-cmin n
查找系統(tǒng)中最后N分鐘被改變文件狀態(tài)的文件
-ctime n
查找系統(tǒng)中最后n*24小時被改變文件狀態(tài)的文件
-mmin n
查找系統(tǒng)中最后N分鐘被改變文件數(shù)據(jù)的文件
-mtime n
查找系統(tǒng)中最后n*24小時被改變文件數(shù)據(jù)的文件 功能說明：建立或修改備存文件，或是從備存文件中抽取文件。
語 法：ar[-dmpqrtx][cfosSuvV][a成員文件][b成員文件][i成員文件][備存文件][成員文件]
補充說明：ar可讓您集合許多文件，成為單一的備存文件。在備存文件中，所有成員文件皆保有原來的屬性與權(quán)限。
參 數(shù)：
指令參數(shù)
-d 刪除備存文件中的成員文件。
-m 變更成員文件在備存文件中的次序。
-p 顯示備存文件中的成員文件內(nèi)容。
-q 將文件附加在備存文件末端。
-r 將文件插入備存文件中。
-t 顯示備存文件中所包含的文件。
-x 自備存文件中取出成員文件。
選項參數(shù)
a成員文件 將文件插入備存文件中指定的成員文件之后。
b成員文件 將文件插入備存文件中指定的成員文件之前。
c 建立備存文件。
f 為避免過長的文件名不兼容于其他系統(tǒng)的ar指令指令，因此可利用此參數(shù)，截掉要放入備存文件中過長的成員文件名稱。
i成員文件 將文件插入備存文件中指定的成員文件之前。
o 保留備存文件中文件的日期。
s 若備存文件中包含了對象模式，可利用此參數(shù)建立備存文件的符號表。
S 不產(chǎn)生符號表。
u 只將日期較新文件插入備存文件中。
v 程序執(zhí)行時顯示詳細的信息。
rpm
一種用于互聯(lián)網(wǎng)下載包的打包及安裝工具，它包含在某些Linux分發(fā)版中。它生成具有.RPM擴展名的文件，與Dpkg類似。
RPM是RedHat Package Manager（RedHat軟件包管理工具）的縮寫，這一文件格式名稱雖然打上了RedHat的標志，但是其原始設(shè)計理念是開放式的，現(xiàn)在包括OpenLinux、S.u.S.E.以及Turbo Linux等Linux的分發(fā)版本都有采用，可以算是公認的行業(yè)標準了。
常用rpm命令
查詢rpm軟件包
#rpm -q軟件包名
#rpm -qa //查詢安裝的所有軟件包
#rpm -qa|grep軟件包字符串
#rpm -qf /bin/命令//查詢命令由哪些軟件包安裝得到
#rpm -qi軟件包名 //查詢軟件包的詳細信息
#rpm -ql軟件包名 //查詢軟件包的安裝位置
軟件包的安裝
#rpm -ivh軟件包
軟件包的升級
#rpm -Uvh軟件包
軟件包的卸載
#rpm -e軟件包名
Linux系統(tǒng)下有兩個清屏命令：
clear
這個命令將會刷新屏幕，本質(zhì)上只是讓終端顯示頁向后翻了一頁，如果向上滾動屏幕還可以看到之前的操作信息。一般都會使用這個命令。
reset
這個命令將完全刷新終端屏幕，之前的終端輸入操作信息將都會被清空，這樣雖然比較清爽，但整個命令過程速度有點慢，使用較少。
Linux是一套免費使用和自由傳播的類Unix操作系統(tǒng)，是一個基于POSIX和UNIX的多用戶、多任務、支持多線程和多CPU的操作系統(tǒng)。它能運行主要的UNIX工具軟件、應用程序和網(wǎng)絡協(xié)議。它支持32位和64位硬件。Linux繼承了Unix以網(wǎng)絡為核心的設(shè)計思想，是一個性能穩(wěn)定的多用戶網(wǎng)絡操作系統(tǒng)。
Linux操作系統(tǒng)誕生于1991 年10 月5 日（這是第一次正式向外公布時間）。Linux存在著許多不同的Linux版本，但它們都使用了Linux內(nèi)核。Linux可安裝在各種計算機硬件設(shè)備中，比如手機、平板電腦、路由器、視頻游戲控制臺、臺式計算機、大型機和超級計算機。
華為筆記本清屏鍵是Fn。Ctrl+A?全選當前對話框里的內(nèi)容?Ctrl+Z?清空輸入框里的文字。也可以Ctrl+A?全選當前對話框里的內(nèi)容之后點擊delete。如果是哪種對話的一般都可以直接關(guān)閉你的對話框的形式來完成清屏，對方說話后在打開就可以了。cmd中命令清屏是cls，linux中命令是clear。
重慶分公司
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