【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

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?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語(yǔ)言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類(lèi)型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類(lèi)型

columns() ：類(lèi)似于keytypes()，針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

[R語(yǔ)言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T(mén)時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒(méi)有用R中的拼圖包

如何用r語(yǔ)言進(jìn)行數(shù)據(jù)分類(lèi)

R語(yǔ)言是用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖的語(yǔ)言和操作環(huán)境。R語(yǔ)言是屬于GNU系統(tǒng)的一個(gè)自由、免費(fèi)、源代碼開(kāi)放的軟件，它是一個(gè)用于統(tǒng)計(jì)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)制圖的優(yōu)秀工具。R是一套完整的數(shù)據(jù)處理、計(jì)算和制圖軟件系統(tǒng)。其功能包括：數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和處理系統(tǒng)；數(shù)組運(yùn)算工具（其向量、矩陣運(yùn)算方面功能尤其強(qiáng)大）；完整連貫的統(tǒng)計(jì)分析工具；優(yōu)秀的統(tǒng)計(jì)制圖功能；簡(jiǎn)便而強(qiáng)大的編程語(yǔ)言：可操縱數(shù)據(jù)的輸入和輸出，可實(shí)現(xiàn)分支、循環(huán)，用戶(hù)可自定義功能。

R語(yǔ)言按照以下幾點(diǎn)進(jìn)行數(shù)據(jù)分類(lèi)

通過(guò)選擇菜單

程序包-安裝程序包-在彈出的對(duì)話(huà)框中，選擇你要安裝的包，然后確定。

使用命令

install.packages("package_name","dir")package_name:是指定要安裝的包名，請(qǐng)注意大小寫(xiě)。dir:包安裝的路徑。默認(rèn)情況下是安裝在..\library 文件夾中的?？梢酝ㄟ^(guò)本參數(shù)來(lái)進(jìn)行修改，來(lái)選擇安裝的文件夾。

本地來(lái)安裝

如果你已經(jīng)下載的相應(yīng)的包的壓縮文件，則可以在本地來(lái)進(jìn)行安裝。請(qǐng)注意在windows、unix、macOS操作系統(tǒng)下安裝文件的后綴名是不一樣的：

1）linux環(huán)境編譯運(yùn)行：tar.gz文件

2）windows 環(huán)境編譯運(yùn)行 ：.zip文件

3）MacOSg環(huán)境編譯運(yùn)行:.tgz文件

加載包

包安裝后，如果要使用包的功能。必須先把包加載到內(nèi)存中（默認(rèn)情況下，R啟動(dòng)后默認(rèn)加載基本包），加載包命令：

Library(“包名”)