R語言可視化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結(jié)果。既然做了GO，當(dāng)然少不了KEGG了。

公司主營業(yè)務(wù)：做網(wǎng)站、網(wǎng)站制作、移動網(wǎng)站開發(fā)等業(yè)務(wù)。幫助企業(yè)客戶真正實(shí)現(xiàn)互聯(lián)網(wǎng)宣傳，提高企業(yè)的競爭能力。創(chuàng)新互聯(lián)公司是一支青春激揚(yáng)、勤奮敬業(yè)、活力青春激揚(yáng)、勤奮敬業(yè)、活力澎湃、和諧高效的團(tuán)隊。公司秉承以“開放、自由、嚴(yán)謹(jǐn)、自律”為核心的企業(yè)文化，感謝他們對我們的高要求，感謝他們從不同領(lǐng)域給我們帶來的挑戰(zhàn)，讓我們激情的團(tuán)隊有機(jī)會用頭腦與智慧不斷的給客戶帶來驚喜。創(chuàng)新互聯(lián)公司推出青山免費(fèi)做網(wǎng)站回饋大家。

同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結(jié)果。

對于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結(jié)合在一起，效果更豐富更好看一點(diǎn)。

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

兩個樣本的對比go分析圖怎么看

lz, A組與B組是區(qū)分兩個類觀測(obs)來源的 指標(biāo)x 是用于描述人的某個身體指標(biāo) 所以這里可分為 一個指標(biāo)差異對比\ 多個指標(biāo)差異對比 如果是一個 那么 我們可以比較 A組100個人 與 B組200個人的差異性 你提到的spss可做t檢驗 但是去搜索下t檢驗的。

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時會顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

R語言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型

columns() ：類似于keytypes()，針對org.Hs.eg.db兩個函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

R語言ggtree畫圓形的樹狀圖展示聚類分析的結(jié)果

那么圓形的樹狀圖如何實(shí)現(xiàn)呢？我查找了一下相關(guān)資料。

R語言包 dendextend 這個包可以實(shí)現(xiàn)，利用 help(package="dendextend") 查看幫助文檔，能夠看到其中的一個小例子

但是這個后期美化起來好像不太方便。

還找到了一個參考鏈接是

介紹的也是 dendextend 這個包的用法。

這個時候再運(yùn)行上面提到的例子就可以直接得到結(jié)果

把樹的形狀改為圓形，添加樣本的名稱

鳶尾花數(shù)據(jù)集是150個樣本，用圓形的圖看下效果

最終的結(jié)果是

這里關(guān)于最外圈文本位置的調(diào)整，我還的再仔細(xì)看看，這里出圖后位置不太合適，我是手動調(diào)整的！