【R語言】--- 分組柱狀圖

分組柱狀圖，又叫聚合柱狀圖。當(dāng)需要在同一個軸上顯示各個分類下不同的分組時，需要用到分組柱狀圖，是學(xué)術(shù)論文中常用的圖。每個分組中的柱子使用不同的顏色或者相同顏色不同透明的方式區(qū)別各個分類，各個分組之間需要保持間隔。

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利用ggplot2包進(jìn)行繪制，這里不贅述。

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[2]

R繪制堆積柱形圖

前面給大家講了? 【R語言】百分比表格刪除兩行重新計算百分比 ，有小伙伴對文中的兩個堆積柱形圖比較感興趣。那么今天我們就來聊聊這兩張圖是如何繪制出來了。

我們還是以? 【R語言】百分比表格刪除兩行重新計算百分比 中的數(shù)據(jù)為例

就可以得到如下兩張突擊柱形圖

刪除行之前

刪除行之后

參考 R繪制堆積柱形圖 獲取“all_pool_species_sample.txt” 文件

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語言ggplot2做簇狀柱形圖并添加誤差線的一個完整示例

原始數(shù)據(jù)存儲在一個excel文件里，這個excel文件里有三個子表格，每一個子表格的數(shù)據(jù)如下：

總的數(shù)據(jù)格式

現(xiàn)在的需要是做如下的圖

比如這里我新建了一個子表格sheet4,數(shù)據(jù)最終的格式如下

這里用到的是標(biāo)準(zhǔn)誤

這里新學(xué)到一個知識點是，柱子默認(rèn)是不貼底的，如果要貼底使用函數(shù) scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0.1)))

mult對應(yīng)的兩個值一個是控制下面，一個是控制上面，貼底就設(shè)置為0 就可以了

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

環(huán)狀柱形圖繪制[R語言]

在這個過程中，我們會用到 ggplot2 包。

我們生成了24個特征，每個特征值從1到24降序排列，并生成一列標(biāo)識變量id，將該數(shù)據(jù)命名為df。

其中，最關(guān)鍵的就是將ggplot畫的條形圖，改變成極坐標(biāo)形式。，如圖所示：

當(dāng)然，我們可以通過將值按照特定順序排列，所得到的環(huán)狀柱形圖更具有美觀性，對于中間的圓，我們利用ylim函數(shù)進(jìn)行調(diào)整，當(dāng)下限減小時，對應(yīng)的圓就會變大，讀者可以根據(jù)自己的需求與數(shù)據(jù)來調(diào)整。

附錄：

R語言繪圖——條形圖/柱狀圖

直方圖又稱柱狀圖/條形圖，用來展示連續(xù)數(shù)據(jù)分布的常用工具，用來估計數(shù)據(jù)的概率分布。

使用格式：hist(x,breaks=n,main="name",labels=FASLE,col="blue",border="red",freq=TRUE)

x 向量，直方圖的數(shù)據(jù);

breaks 描直方圖的斷點,例如breaks=20表示畫出20個柱子；

labels 邏輯變量，TRUE標(biāo)出頻數(shù)

main 標(biāo)題

col 顏色

border外框顏色

freq 邏輯變量，TRUE為數(shù)據(jù)頻數(shù)，默認(rèn)為TRUE；FALSE則為密度

我們可以用lines畫出數(shù)據(jù)的密度曲線

還可以畫正態(tài)分布的密度曲線

使用格式 ggplot(data,aes(x=class))+geom_bar()

x 繪制的數(shù)據(jù)

或者 ggplot(data,aes(y=class))+geom_bar(),則類型分布在y軸

當(dāng)想看在該因素中其他因素的情況，可以利用fill進(jìn)行繪制，得出疊堆條形圖

橫向的柱狀

大多數(shù)時候我們想比較多個組直接某些因素的情況，例如有時候我們要畫幾個樣本中各個細(xì)胞比例的情況

這是我們可以畫堆疊條形圖

此時不好比較，我們可以把同類型細(xì)胞放在一塊比較，即橫坐標(biāo)變?yōu)榧?xì)胞類型

在實驗過程中可以采用容易分析的形式進(jìn)行比較

以上是基本繪制的參數(shù)，此外還有美化的一些參數(shù)

labs 橫縱坐標(biāo)軸的名稱

ggttitle 標(biāo)題名稱

geom_bar(width= )設(shè)置條形大小，默認(rèn)情況下，設(shè)置為數(shù)據(jù)分辨率的90%。

theme_bw() 改變背景顏色

scale_fill_manual 自定義顏色

更多參數(shù)見 R語言繪圖——數(shù)據(jù)可視化ggplot2 介紹和主要的參數(shù)