【R語言】解決GO富集分析繪圖,標簽重疊問題

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關。

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但是該方法存在一個很大的問題，那就是當x軸標簽數(shù)量很多時，那么就無法通過這樣的方法進行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調大畫布，那么反過來，我們也可以調小x軸標簽字體。

單細胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復習一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準備見 monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個樣本，沒辦法區(qū)分HC和病例組。

r語言可以注釋特殊符號嗎為什么

1、用#表示。據(jù)查csdn博客網(wǎng)，一般編程語言的注釋分為單行注釋與多行注釋，但是R語言只支持單行注釋，注釋符號為#。

2、R語言中小數(shù)點是組成變量名的普通符號。但它有另一個功能 是S3對象的函數(shù)多態(tài)。 例如 你輸入as.numeric 按下tab鍵會發(fā)現(xiàn)很多以as.numeric.開始的函數(shù) as.numeric() 函數(shù)根據(jù) 參數(shù)類型不同自動調用的函數(shù)。

3、4 特殊符號 有時候需要在圖上標注諸如求和、積分、上下標等數(shù)學符號，還有一些公式等。這里需要用到函數(shù)expression(...)，...是要輸入的表達式。 可以通過help(plotmath)以獲得更多表達式的細節(jié)和示例。

4、兩個需要放在一起的符號可以用星號代替連接起來，如果表達式中有文字排版的話，可以用那種函數(shù)將其連接起來，兩種字體加粗傾斜。

5、R語言初學指南可在腳本中加入注釋。在腳本中，任何以“#”（sharp/numbersymbol）開頭的命令行都會被R忽略。同樣，若“#”出現(xiàn)在某行的中間，則該行中“#”后面的語句都會被忽略。

R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

1、3 GO富集分析 加載了注釋庫之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

2、前景基因：指的是我們所要進行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個基因集合進行富集，這個基因集合就是背景基因 描述信息：每個GO的Term的屬性，或者是每個KO號或者map號的屬性。

3、安裝clusterProfiler：對于沒有轉換的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法進行轉換ID：可以看到，這里轉換ID的對應文件來源于org.Hs.eg.db這個包。

4、把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

5、scale_y_discrete則調節(jié)label過長的情況，讓圖片看起來 更美觀。3)檢查結果，可見geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對GO或者KEGG結果進行轉化即可。

6、例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說明基因表達的改變會導致哪些調控途徑原有功能失調，進而與表型聯(lián)系起來。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。