怎樣使用Clustal進(jìn)行多序列比對

怎樣使用Clustal進(jìn)行多序列比對，相信很多沒有經(jīng)驗(yàn)的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

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多序列比對在保守區(qū)域鑒定，系統(tǒng)發(fā)育分析，motif識別等多個領(lǐng)域發(fā)揮重要作用，是生物信息數(shù)據(jù)分析必備的基礎(chǔ)技能之一。Clustal是一款經(jīng)典的多序列比對工具，支持DNA, RNA, 蛋白質(zhì)的比對。

clustal 有兩個版本可用，之前的版本同時提供了GUI和命令行兩種工具，GUI版的叫做ClustalX, 命令行版叫做ClustalW; 最新版本叫做Omega, 只提供了命令行版。

最新本的omega比對準(zhǔn)確度更高，而且速度更快，適合幾千條規(guī)模的多序列比對，該軟件目前只提供了命令行版本。在官網(wǎng)上，提供了源代碼和編譯好的二進(jìn)制文件
怎樣使用Clustal進(jìn)行多序列比對

通常情況下，直接下載對應(yīng)的二進(jìn)制可執(zhí)行文件就行了。軟件的基本用法如下：

clustalo -i seq.fasta > align.fa

-i指定輸入的序列文件，默認(rèn)輸出結(jié)果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。該軟件支持多種格式的輸出

fasta
clustal
msf
phylip
selex
stockholm
vienna

默認(rèn)輸出格式為fasta, 可以通過--outfmt參數(shù)指定輸出文件的格式。多序列比對不同于Blast的地方在于，Blast是局部比對，而多序列比對是全局比對。全局比對意味著需要將輸入序列對齊到同一個水平來比對，一般是通過在輸入序列中插入堿基的方式來使序列對齊，示意如下

>ENA|CAA23748|CAA23748.1 Homo sapiens (human) alpha globin
ATGGTGCTGTCTCCTG----CCGACAAGACCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGG
CGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGATGTTCCTGTCCTTCCCCAC
CACCAAGACCTACTTCCCGCACTTC---GACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAAGTTAAGGG
CCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCC
CAACGCGCTGTCCGCCCTGAGCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAA
CTTCAAGCTCCTAAGCCACTGCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTT
CACCCCTGCGGTGCACGCTTCCCTGGACAAGTT---CCTGGCTTCTGTGAGCACCGTGCT
GACCTCCAAATACCGTTAA
>ENA|CAA24095|CAA24095.1 Mus musculus (house mouse) alpha-globin
ATGGTGCTCTCTGGGGAAGACAAAAG----CAACATCAAGGCTGCCTGGGGGAAGATTGG
TGGCCATGGTGCTGAATATGGAGCTGAAGCCCTGGAAAGGATGTTTGCTAGCTTCCCCAC
CACCAAGACCTACTTTCCTCACTTTGATGT---AAGCCACGGCTCTGCCCAGGTCAAGGG
TCACGGCAAGAAGGTCGCCGATGCGCTGGCCAGTGCTGCAGGCCACCTCGATGACCTGCC
CGGTGCCTTGTCTGCTCTGAGCGACCTGCATGCCCACAAGCTGCGTGTGGATCCCGTCAA
CTTCAAGCTCCTGAGCCACTGCCTGCTGGTGACCTTGGCTAGCCACCACCCTGCCGATTT
CACCCCCGCGGTACATGCCTCTCTGGACAAATT---CCTTGCCTCTGTGAGCACCGTGCT
GACCTCCAAGTACCGTTAA
>ENA|BAA20512|BAA20512.1 Cyprinus carpio (common carp) alpha-globin
ATGAGTCTCTCTGATAAGGACAAGGCTG----CTGTGAAAGCCCTATGGGCTAAGATCAG
CCCCAAAGCCGATGATATCGGCGCTGAAGCTCTCGGCAGAATGCTGACCGTCTACCCTCA
GACCAAGACCTACTTCGCTCACTGGGATGACCTGAGCCCTGGGTCCGGTCCTGTGAAGAA
GCATGGCAAGGTTATCATGGGTGCAGTGGCCGATGCCGTTTCAAAAATAGACGACCTTGT
GGGAGGTCTGGCCTCCCTGAGCGAACTTCATGCTTCCAAGCTGCGTGTTGACCCGGCCAA
CTTCAAGATCCTCGCACACAATGTCATCGTGGTCATCGGCATGCTCTTCCCTGGAGACTT
CCCCCCAGAGGTTCACATGTCAGTTGACAAGTTTTTCCAGAAC---TTGGCTCTGGCTCT
CTCTGAGAAGTACCGCTAA

通過在序列中插入-來使得序列對齊。如果不習(xí)慣命令行的操作方式，也有在線服務(wù)可以使用。EBI提供的在線服務(wù)網(wǎng)址如下