這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)linux上的并行軟件ParaFly怎么用，文章內(nèi)容質(zhì)量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關(guān)知識有一定的了解。
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很多時候生信工作者處理多個文件，對每個文件做的操作都是一樣的，這個時候，寫一個for循環(huán)串行處理可能就行了。但有時候串行操作耗時較久，例如做個bwa mem比對，如果一個一個文件處理，時間就是累加的。
一般我們都是在服務(wù)器上跑任務(wù)，服務(wù)器都是多核心多線程的，再不濟也是自己的多核多線程筆記本，其實可以讓任務(wù)并行的跑起來。
例如使用htop查看，下面是40核的服務(wù)器，空閑的核需要的時候利用起來比較好，省時省力：
首先使用anconda3安裝ParaFly，
$ conda install -c bioconda parafly
查看一下怎么用：
$ ParaFly -h############################################################ Usage: ParaFly (opts)## Required:# -c:filename containing list of bash-style commands to execute. # -CPU:number_of_threads ## Optional:# -shuffle :randomly shuffles the command order.# -failed_cmds:filename to capture failed commands. default("FailedCommands") # -v :simple progress monitoring.# -vv :increased verbosity in progress monitoring.###########################################################Note: This process creates a file named based >with a .completed extension.This enables a resume functionality, where if rerun, only those commands not completed successfully will be reprocessed.
可以看出必須參數(shù)（Required）只有2個，說明這個工具使用起來非常簡單。事實上，只需要把需要操作的命令寫在一個文件里面，使用-c指定這個文件，-CPU指定并行的總核數(shù)（需要同時執(zhí)行幾條命令）即可。
默認成功執(zhí)行的命令，對應(yīng)的命令行會輸出到文件名加.completed后綴的文件，沒有成功執(zhí)行的命令會輸出到FailedCommands文件。
ParaFly: Simple parallel unix command processing using OpenMPParaFly provides a simple mechanism for running a predefined list of unix commands in parallel using multithreading. Failed processes are captured and reported. Successfully executed processes are noted. If the process is rerun, >or failed processes will be executed.
簡單舉個例子：
fastq-dump拆分三個SRA文件，可以把這三條命令寫到fastq_dump.txt文件里面：
$ cat fastq_dump.txtfastq-dump --split-3 SRR1510125.1fastq-dump --split-3 SRR1004284.1fastq-dump --split-3 SRR1004285.1
之后使用ParaFly并行化：
$ ParaFly -c fastq_dump.txt -CPU 3
服務(wù)器會同時用三個核分別來運行這三條命令，ParaFly結(jié)果文件：
$ cat fastq_dump.txt.completedfastq-dump --split-3 SRR1004285.1fastq-dump --split-3 SRR1004284.1fastq-dump --split-3 SRR1510125.1
總體來看ParaFly方便易學(xué)，比linux自帶的parallel更易上手，大家在linux上做多任務(wù)處理時可以考慮加入它的使用，會大大的縮短數(shù)據(jù)處理時間。
關(guān)于linux上的并行軟件ParaFly怎么用就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。
重慶分公司
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