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R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析

今天就跟大家聊聊有關(guān)R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析,可能很多人都不太了解,為了讓大家更加了解,小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容,希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

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被紅色框線圈住的散點圖

R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  

基礎(chǔ)繪圖函數(shù)箱線圖

有人留言說 和原圖不是很像,因為配色沒有按照論文中提供的代碼來。 下面是完全重復(fù)論文中的代碼

cols <- c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73")
boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,col=cols,
       axes=F,xlab=NULL,ylab=NULL,
       horizontal = T)
axis(2,at=c(1,2,3),labels=c("China", "Europe", "US"),las=1)
title("a",adj=0,line=0)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png
 第二部分 基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖
  • 讀入數(shù)據(jù)
HMP<-read.table("data/HMP.txt")
 
  • 最基本的散點圖
plot(rel_res~rel_crAss,data=HMP)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png

畫圖用plot()函數(shù),需要指定畫圖用到的變量y和x,還有畫圖用到的數(shù)據(jù)data

原始代碼分別對 rel_res 和 rel_crAss取了log10

plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss),data=HMP)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png

取log10以后可以看到散點分布的更加均勻了。

 接下來就是對圖進(jìn)行美化了
  • 按照國家分組填充顏色
cols <- c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7")
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
    bg=cols[as.factor(HMP$country)],pch=21)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png
  • 更改點的大小
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
    bg=cols[as.factor(HMP$country)],pch=21,cex=2)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png
  • 更改x軸和y軸的標(biāo)簽
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP, bg=cols[as.factor(HMP$country)], pch=21,
    ylab = "Normalized ARG abundance (log10)",
    xlab="Normalized crAssphage abundance (log10)", cex=2)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png
  • 更改坐標(biāo)軸的范圍
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
    bg=cols[as.factor(HMP$country)], pch=21,
    ylab = "Normalized ARG abundance (log10)",
    xlab="Normalized crAssphage abundance (log10)",
    cex=2,
    ylim=c(2.5, 4.5))
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析  
image.png

接下來將箱線圖和散點圖按照上下拼接到一起,用到的是par(fig=c(a,b,c,d)),這里需要滿足 a

具體可以參考鏈接 https://blog.csdn.net/qingchongxinshuru/article/details/52004182

par(fig=c(0,1,0,0.75))
plot(log10(rel_res)~log10(rel_crAss), data=HMP,
    bg=cols[as.factor(HMP$country)], pch=21,
    ylab = "Normalized ARG abundance (log10)",
    xlab="Normalized crAssphage abundance (log10)",
    cex=2,
    ylim=c(2.5, 4.5))
par(fig=c(0,1,0.5,1),new=T)
boxplot(log10(rel_crAss)~country,data=HMP,col=cols,
       axes=F,xlab=NULL,ylab=NULL,
       horizontal = T)
axis(2,at=c(1,2,3),labels=c("China", "Europe", "US"),las=1)
title("a",adj=0,line=0)
 
R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析

看完上述內(nèi)容,你們對R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析有進(jìn)一步的了解嗎?如果還想了解更多知識或者相關(guān)內(nèi)容,請關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道,感謝大家的支持。


當(dāng)前名稱:R語言基礎(chǔ)繪圖函數(shù)散點圖的示例分析
文章分享:http://weahome.cn/article/gcssdc.html

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