今天就跟大家聊聊有關(guān)如何使用GenomeStudio 鑒定差異甲基化位點(diǎn)，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

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在對(duì)甲基化芯片進(jìn)行差異分析之前，必須經(jīng)過一個(gè)數(shù)據(jù)預(yù)處理的環(huán)節(jié)，預(yù)處理包括了歸一化和背景降噪兩個(gè)步驟，接下來看下GenomeStudio中進(jìn)行差異分析下詳細(xì)步驟。

新建一個(gè)methylation project

添加對(duì)應(yīng)的樣本

確定樣本分組信息

這里我隨機(jī)選了6個(gè)樣本作為control , 另外的6個(gè)樣本作為case

設(shè)置差異分析的參數(shù)

• Analysis Type設(shè)置為Diff Methylation,

• Name代表本次分析的名字

• 特別需要注意的是，必須進(jìn)行歸一化和背景降噪。Normalization 選擇controls 算法， 勾選Subtract background前面的單選框

• Content Descriptor 是芯片對(duì)應(yīng)的bpm 格式的注釋文件

• Ref Group 選擇對(duì)照組

Error Model 選擇差異分析的方法，共有3種

1. illumina custom

2. Mann-Whitney

3. t-test

查看結(jié)果

默認(rèn)情況下，會(huì)有3個(gè)窗口的數(shù)據(jù)

• Sample Table

這個(gè)窗口包含了每個(gè)樣本的基本信息，其中Detected CpG(0.01) 表示該樣本中探針P值 < 0.01 的探針數(shù)

• Sample Methylation Profile
  樣本的CpG表達(dá)譜, 在這個(gè)窗口中包含了CpG位點(diǎn)的表達(dá)值，比如Beta值，由于在導(dǎo)入數(shù)據(jù)時(shí)，進(jìn)行了預(yù)處理，所以這里是預(yù)處理之后的表達(dá)量

• Diff methylation
  差異甲基化位點(diǎn)的結(jié)果

差異分析的結(jié)果中，p值時(shí)我們最常用的過濾手段，這里默認(rèn)的結(jié)果中并沒有給出P值，而是給出了1個(gè)DiffScore值。

DiffScore的計(jì)算公式如下：

DiffScore = 10 sgn(avg_case -  avg_control) log10Pvalue

Diffscore 其實(shí)是和 Pvalue 有聯(lián)系的，當(dāng)
P= 0.05    時(shí), DiffScore  > 13 或者 DiffScore< -13
P = 0.01   時(shí), DiffScore > 22  或者 DiffScore< -22
P = 0.001 時(shí), DiffScore > 33  或者 DiffScore < -33

所以我們可以根據(jù)DiffScore值篩選差異分析的結(jié)果，如果你以P=0.05作為閾值， 那么DiffScore > 13 或者 DIffScore< -13 的探針就是差異探針了，而且DiffScore > 0 時(shí)是上調(diào)的，DiffScore <0 時(shí)是下調(diào)的。

對(duì)于下游的分析而言，我們肯定想要知道差異探針關(guān)聯(lián)的基因是哪些，可以通過  按鈕，在默認(rèn)的結(jié)果中添加更多的列。

面板右邊是一些隱藏的列，這里的列分為了Columns 和 SubColumns 兩列，鼠標(biāo)選中希望展示的列，然后單擊中間的<=Show按鈕，然后點(diǎn)擊OK就可以了

通常我們選擇 UCSC開頭的注釋信息就夠了，結(jié)果如下

就可以看到每個(gè)探針對(duì)應(yīng)的基因，然后對(duì)差異CpG位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的基因做功能富集分析。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)如何使用GenomeStudio 鑒定差異甲基化位點(diǎn)有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。