比BLAST快的多的蛋白序列比對工具RAPSearch2是怎樣的，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。
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下面介紹一個軟件，2012年發(fā)表在Bioinformatics上，目前引用接近300次。
我是在一篇數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)里看到了這個工具。
BLAST是非常經(jīng)典的比對算法，后來出現(xiàn)的BLAT速度能比BLAST快100倍，但是對于非常相似的序列比對，結(jié)果會丟失一部分(>20%)相似性較低的結(jié)果。RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比對的工具，速度比BLAST快~20-90倍。但是內(nèi)存占用比較大。RAPSearch結(jié)果丟失的比例<5%。
作者再次基礎(chǔ)上又推出了RAPSearch3，內(nèi)存占用較小，且速度比之前又快了2~3倍。單線程運算需要2G內(nèi)存，4線程運算需要3.5G內(nèi)存。
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