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怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息

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在GDC中,對腫瘤患者的臨床信息進行了標(biāo)準(zhǔn)化,分成了以下7個類別

  1. Demographic

  2. Diagnosis

  3. Exposure

  4. Family History

  5. Follow Up

  6. Molecular Test

  7. Treatment

怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息

其中有20項臨床信息是必須的,展示如下

怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息

在GDC中,臨床信息的下載和普通文件是類似的,在Repository中,數(shù)據(jù)類型選擇Clinical, 示意如下

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當(dāng)然可以根據(jù)Cases的屬性在進行過濾,過濾之后,在右側(cè)可以看到文件的列表,示意如下

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可以看到,原始的臨床信息采用了XML格式來存儲,在改文件中保存的信息更加全面。將對應(yīng)的文件添加到Cart中,可以進行下載,示意如下

怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息

如果需要下載原始的文件,可以通過點擊Download, 下載manifest文件,通過gdc-client來下載,這樣做需要后期自己讀取XML文件中的信息,在進行整理。

對于臨床信息,同時還提供了TSVJSON的下載格式,其中TSV格式特別的友好,用Excel打開即可查看,示意如下

怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息

列數(shù)較多,這里只截取了部分。需要注意,這種方式得到的臨床信息相比XML文件會少一點,但是對于生存分析等常用場景來說,也足夠了。

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文章名稱:怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息
文章URL:http://weahome.cn/article/ggchis.html

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