怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息,相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策,為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法,通過這篇文章希望你能解決這個問題。
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在GDC中,對腫瘤患者的臨床信息進行了標(biāo)準(zhǔn)化,分成了以下7個類別
Demographic
Diagnosis
Exposure
Family History
Follow Up
Molecular Test
Treatment
其中有20項臨床信息是必須的,展示如下
在GDC中,臨床信息的下載和普通文件是類似的,在Repository
中,數(shù)據(jù)類型選擇Clinical
, 示意如下
當(dāng)然可以根據(jù)Cases
的屬性在進行過濾,過濾之后,在右側(cè)可以看到文件的列表,示意如下
可以看到,原始的臨床信息采用了XML
格式來存儲,在改文件中保存的信息更加全面。將對應(yīng)的文件添加到Cart
中,可以進行下載,示意如下
如果需要下載原始的文件,可以通過點擊Download
, 下載manifest文件,通過gdc-client來下載,這樣做需要后期自己讀取XML文件中的信息,在進行整理。
對于臨床信息,同時還提供了TSV
和JSON
的下載格式,其中TSV
格式特別的友好,用Excel打開即可查看,示意如下
列數(shù)較多,這里只截取了部分。需要注意,這種方式得到的臨床信息相比XML文件會少一點,但是對于生存分析等常用場景來說,也足夠了。
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