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如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹,很多新手對此不是很清楚,為了幫助大家解決這個難題,下面小編將為大家詳細(xì)講解,有這方面需求的人可以來學(xué)習(xí)下,希望你能有所收獲。

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年引用量超大的 MEGA軟件,今天小編就先來介紹這個軟件的一個小功能-構(gòu)建進(jìn)化樹。建樹之前的兩個工作。  

第一步:下載軟件      
   

雖說版本都更新到X了,但小編還是比較喜歡用MEGA7這個版本,從官網(wǎng)上下載即可。這個版本的界面是醬紫的。

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

第二步:整理FASTA格式的文件        
   

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

序列比對

(1)打開MEGA軟件。點(diǎn)擊Align→Edit/Build Alignment→create a new alignment→OK→DNA/Protein;

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

(2)之后會彈出來這樣的界面,點(diǎn)擊左邊紅框里的按鈕導(dǎo)入文件,全選之后點(diǎn)擊右邊序列對比快捷鍵,進(jìn)行序列對比;

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

(3)所有的參數(shù)默認(rèn),進(jìn)行序列比對;

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

(4)保存比對結(jié)果,保存為mas文件。

構(gòu)建進(jìn)化樹



 

(1)點(diǎn)擊Phylogeny按鈕,一般常見的樹有兩種:Maximum Likehood Tree和Neighbor-Joining Tree,這里我們選擇后者舉例。導(dǎo)入比對好的序列會出現(xiàn)下圖左邊的兩個圖標(biāo)。敲黑板下一步一定要設(shè)置的參數(shù),選擇Bootstrap,并設(shè)置為1000;

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

(2)運(yùn)行,這個過程需要等待;

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

(3)大功告成,點(diǎn)擊下面紅框里面的按鈕可以進(jìn)行調(diào)整。

如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹

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本文名稱:如何用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹
轉(zhuǎn)載來源:http://weahome.cn/article/ggcppj.html

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