本篇文章給大家分享的是有關(guān)串聯(lián)重復(fù)序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學(xué)習(xí)，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。

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Tandem Repeats Finder, 簡稱TRF, 是一款串聯(lián)重復(fù)序列查找工具，repeatmasker 程序中就整合了這個軟件。

通過官網(wǎng)的在線服務(wù)，可以快速掌握該軟件的用法，提供了3種選擇，示意圖如下，這三種選項的區(qū)別在于可調(diào)整參數(shù)的多少，我們先用默認參數(shù)運行看下

點擊Basic鏈接，跳轉(zhuǎn)到如下頁面，上傳對應(yīng)的fasta格式的序列文件，或者在文本框中粘貼對應(yīng)的序列，然后點擊Submit sequence按鈕，進行提交

在跳轉(zhuǎn)鏈接中，點擊下方紅色框區(qū)域，查看分析的結(jié)果

1. 所有序列的結(jié)果匯總

在該頁面會列出所有檢測到了重復(fù)序列區(qū)域的序列ID, 點擊每條序列的名稱，會跳轉(zhuǎn)到該序列的詳細頁面

2. 一條序列上的所有重復(fù)區(qū)域匯總

在該頁面，會以表格的形式，給出一條序列上所有重復(fù)序列的匯總情況，點擊Table Explanation, 可以查看表頭的詳細解釋；點擊第一列的重復(fù)區(qū)域的ID, 可以跳轉(zhuǎn)到詳細頁面

3. 重復(fù)序列詳細頁面

在該頁面，會給出重復(fù)區(qū)域的序列信息，示意如下，可以看到，是一段以ACTC作為motif的重復(fù)區(qū)域

除了在線服務(wù)，也可以下載軟件本地運行，下載鏈接如下

https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html

對于linux服務(wù)器，下載完成后建議重命名文件，方便調(diào)用，代碼如下

chmod +x trf409.linux64
ln -s trf409.linux64 trf

該軟件的用法如下

trf  /home/xudl/soft/SSRIT/input.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m

這里我全部采用了默認參數(shù)，運行成功后，在當前目錄，會生成很多的文件，其中的html文件和官網(wǎng)的結(jié)果是一致的，直接查看html文件就可以了。

以上就是串聯(lián)重復(fù)序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解，小編相信有部分知識點可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿姷交蛴玫降?。希望你能通過這篇文章學(xué)到更多知識。更多詳情敬請關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。