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lncRNA在生命活動(dòng)中發(fā)揮重要作用，不僅在哺乳動(dòng)物中廣泛存在，在植物中也是存在的，目前植物中的lncRNA研究相對(duì)動(dòng)物而言較少，只有水稻，楊樹(shù)，苜蓿，棉花等幾個(gè)物種有相關(guān)報(bào)導(dǎo)。

PlncRNADB是一個(gè)專(zhuān)注于分析植物中l(wèi)ncRNA的數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

http://bis.zju.edu.cn/PlncRNADB/index.php

整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的流程分為三步，示意如下

1. 從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中采集物種對(duì)應(yīng)的RNA_seq測(cè)序reads, 通過(guò)tophat+cufflinks的策略組裝得到轉(zhuǎn)錄本序列；

2. 首先去除長(zhǎng)度小于200nt的轉(zhuǎn)錄本，然后過(guò)濾掉ORF長(zhǎng)度大于120AA的轉(zhuǎn)錄本，最后通過(guò)CPAT軟件預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄本的蛋白編碼潛能，從而識(shí)別lncRNA轉(zhuǎn)錄本；

3. 識(shí)別到lncRNA之后，通過(guò)catRAPID在線服務(wù)預(yù)測(cè)lncRNA和蛋白之間的相互作用；

該數(shù)據(jù)庫(kù)共包含了以下4個(gè)物種的lncRNA信息

1. Arabidopsis lyrata

2. Arabidopsis thaliana

3. Populus trichocarpa

4. Zea mays

以擬南芥為例，通過(guò)Noncoding RNAs可以查看具體的lncRNA信息，示意如下

點(diǎn)擊Entry可以查看詳細(xì)信息，包含了染色體定位，序列， 表達(dá)譜等數(shù)據(jù)，示意如下

通過(guò)導(dǎo)航欄的lncRNA菜單，可以預(yù)測(cè)lncRNA，上傳fasta格式的序列，然后選擇對(duì)應(yīng)的閾值即可，示意如下

通過(guò)導(dǎo)航欄的Network菜單，可以查看lncRNA和蛋白質(zhì)之間的相互作用，示意如下

點(diǎn)擊Entry可以查看可視化結(jié)果，示意如下

通過(guò)導(dǎo)航欄的SNP菜單，可以查看位于lncRNA上的SNP位點(diǎn)，示意如下

這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)提供了一種研究植物中l(wèi)ncRNA的思路，其預(yù)測(cè)lncRNA序列和lncRNA-protein相互作用的方法值得借鑒。

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