這篇文章主要介紹了LGC工具有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

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中科院北京基因組研究所搭建了國內(nèi)的大數(shù)據(jù)中心BIGD, 擁有海量計算資源，5000以上CPU，8PB以上的存儲，借助龐大的計算資源，存儲了高通量測序產(chǎn)生的各種組學(xué)數(shù)據(jù)，同時集成了各種分析軟件，組成了一個組學(xué)數(shù)據(jù)整合，挖掘的應(yīng)用體系。

今天要介紹的LGC工具就是整合在BIGD中的一款lncRNA預(yù)測軟件，源代碼保存在BIGD提供的BioCode`數(shù)據(jù)庫中，網(wǎng)址如下

http://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT000004

同時還提供了在線版本，網(wǎng)址如下

http://bigd.big.ac.cn/lgc

在線工具支持fasta, bed, gtf三種格式的輸入文件，示意如下

對于bed和gtf這兩種格式而言，還需要指定基因組版本，目前支持以下幾種

1. Human (hg38, GRCh48)

2. Human (hg19, GRCh47)

3. Mouse (GRCm38/mm10)

4. Mouse (NCBI Build 37/mm9)

5. Fly (dm3, BDGP Release 5)

6. Zebrafish (Zv9/danRer7)

本地版的安裝也很簡單，采用了python語言進行開發(fā)，只需要下載源代碼就可以了，需要注意的是，該軟件依賴biopython模塊。本地版的用法如下

python lgc-1.0.py  transcript.fa output.txt

第一個參數(shù)為轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的fasta格式的序列，第二個參數(shù)為輸出文件，其內(nèi)容可以分為
兩部分，以#開頭的注釋行，解釋了正文中每一列的含義，如下所示

正文內(nèi)容如下所示

其中Coding lable那一列標識了轉(zhuǎn)錄本的蛋白編碼情況。

感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“LGC工具有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持創(chuàng)新互聯(lián)，關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!