這篇文章給大家分享的是有關(guān)mir2disease數(shù)據(jù)庫有什么用的內(nèi)容。小編覺得挺實(shí)用的,因此分享給大家做個參考,一起跟隨小編過來看看吧。
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mir2disease是由哈爾濱工業(yè)大學(xué)開發(fā)的miRNA相關(guān)疾病數(shù)據(jù)庫,網(wǎng)址如下
http://www.mir2disease.org/
該數(shù)據(jù)庫包含了349個miRNA, 163種疾病,3273個miRNA與疾病之間的關(guān)聯(lián)信息。
對于miRNA在疾病組織中的失調(diào),給出了以下3種模型
miRNA位于致病的基因組位點(diǎn),比如雜合性缺失LOH
區(qū)域等,有研究發(fā)現(xiàn),miR-15和miR-16位于13號染色體的13q14區(qū)域,在慢性淋巴B細(xì)胞白血病中,該染色體區(qū)域會缺失,導(dǎo)致這兩個miRNA的表達(dá)量缺失或下調(diào)。
miRNA的異常由表觀遺傳引起,包括DNA甲基化與組蛋白修飾,有研究發(fā)現(xiàn),let-7a-3基因的啟動子區(qū)在正常組織中是高度甲基化的,在肺癌組織中低甲基化。啟動子區(qū)的去甲基化導(dǎo)致具有致癌功能的let-7a-3在肺癌細(xì)胞中再度激活,表達(dá)量上調(diào)。
miRNA在疾病組織中的失調(diào)與相關(guān)酶的缺失有關(guān)系,有研究發(fā)現(xiàn),miR-24和miR-93靶向調(diào)控病毒蛋白,在Dicer酶缺失的細(xì)胞中,由于宿主細(xì)胞miR-24和miR-93的缺失,導(dǎo)致VSV復(fù)制增加。
對于miRNA與疾病關(guān)聯(lián)的每條記錄,會給出miRNA ID, 疾病名稱,檢測方法,miRNA靶基因信息和對應(yīng)的文獻(xiàn),和HMDD數(shù)據(jù)庫的整體架構(gòu)非常類似。
支持通過以下3種方式對數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索
以miRNA ID
為例,直接點(diǎn)擊search
按鈕,會顯示所有的miRNA, 然后勾選感興趣,可有多選,然后在進(jìn)行檢索就可以了
檢索結(jié)果示意如下
點(diǎn)擊Detail
可以查看詳細(xì)信息,示意如下
該數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)下載的,提供了miRNA靶基因,相關(guān)疾病等信息,示意如下
相比HMDD
, 該數(shù)據(jù)庫中收錄的miRNA與疾病的關(guān)聯(lián)信息會少一點(diǎn),但是仍然是一個非常實(shí)用的數(shù)據(jù)庫。
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