小編給大家分享一下Iqtree2如何使用新模型高效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
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系統(tǒng)發(fā)育推斷（phylogenetic inference）的算法五花八門，從最簡(jiǎn)單的UPGMA法，到鄰接法（neighbor joining）、最大簡(jiǎn)約法（maximum parsimony），再到復(fù)雜的的最大似然法（maximum likelihood）與貝葉斯推斷法（Bayesian inference），每種方法都有不少可選擇的實(shí)現(xiàn)工具。這些方法無(wú)一例外都遵循一個(gè)規(guī)律：越精確則速度越慢。而隨著分析的數(shù)據(jù)越來(lái)越龐大，對(duì)于用戶來(lái)說(shuō)，需要尋找一個(gè)盡可能快速而且錯(cuò)誤率可以容忍的算法是十分必要的。
最新版的是Iqtree2，其安裝方法如下所示：
tar -zxvf iqtree-2.0.6-Linux.tar.gzcd iqtree-2.0.6-Linux
iqtree [-s ALIGNMENT] [-p PARTITION] [-m MODEL] [-t TREE] ...-s：序列比對(duì)文件（支持多個(gè)文件逗號(hào)隔開(kāi)，或者包含比對(duì)文件的文件夾），可選PHYLIP、FASTA、NEXUS、CLUSTAL、MSF--seqtype：序列類型，可選BIN、DNA、AA、NT2AA、CODON、MORPH默認(rèn)為自動(dòng)檢測(cè)-o：外類群列表，不同物種之間逗號(hào)隔開(kāi)--prefix：結(jié)果文件名前綴--seed：隨機(jī)數(shù)種子，主要出于調(diào)試目的--mem：最大可使用內(nèi)存，單位為G、M或百分?jǐn)?shù)%--redo：忽略檢查重寫輸出文件，默認(rèn)為off，也即從上次意外中斷處開(kāi)始-T：程序運(yùn)行使用的核數(shù)，可設(shè)置具體數(shù)字或者AUTO（推薦），默認(rèn)為1--threads-max：最大可使用的核數(shù)，默認(rèn)為所有核--fast：快速模式，類似FastTree-b：非參數(shù)bootstrap次數(shù)，大于等于100-B：超快速bootstrap次數(shù)，大于等于1000--bnni：使用NNI優(yōu)化超快速bootstrap的樹(shù)，搭配-B使用--alrt：SH近似似然比檢驗(yàn)重復(fù)次數(shù)-m：模型選擇，設(shè)置MF自動(dòng)選擇最佳模型但不建樹(shù)；設(shè)置MFP自動(dòng)檢測(cè)最佳模型并建樹(shù)。此外還可以設(shè)置具體的模型，或者多個(gè)可選模型，例如-m LG,WAG--ancestral：基于經(jīng)驗(yàn)貝葉斯的祖先狀態(tài)重建
iqtree -s example.phy -T AUTO
假如設(shè)置自動(dòng)選擇最佳模型并建樹(shù)：
iqtree -s example.phy -m MFP -T AUTO
選擇最佳模型并只輸出模型選擇結(jié)果：
iqtree -s example.phy -m MF -T AUTO
Iqtree會(huì)測(cè)試多達(dá)546個(gè)蛋白模型并給出最佳模型，結(jié)果如下所示：
使用bootstrap自助法計(jì)算節(jié)點(diǎn)支持率（類似于RaxML）：
iqtree -s example.phy -m MFP -b 100 -T AUTO
使用SH近似似然比檢驗(yàn)計(jì)算節(jié)點(diǎn)支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP --alrt 100 -T AUTO
同時(shí)使用兩種方法計(jì)算節(jié)點(diǎn)支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP --alrt 100 -b 100 -T AUTO
使用超快速bootstrap自助法計(jì)算節(jié)點(diǎn)支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP -B 1000 --bnni -T AUTO
以上是“Iqtree2如何使用新模型高效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！
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