今天小編給大家分享一下GWAS數(shù)字協(xié)變量怎么用的相關(guān)知識(shí)點(diǎn)，內(nèi)容詳細(xì)，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識(shí)，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來(lái)了解一下吧。
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第一列為FID 第二列為ID 第三列以后為協(xié)變量（注意，只能是數(shù)字，不能是字符?。?/p>
這里協(xié)變量文件為：
重慶分公司
重慶分公司
[dengfei@ny 03_linear_cov]$ head cov.txt
1061 1061 F 3
1062 1062 M 3
1063 1063 F 3
1064 1064 F 3
1065 1065 F 3
1066 1066 F 3
1067 1067 F 3
1068 1068 M 3
1069 1069 M 3
1070 1070 M 3
這里第三列為性別，第四列為世代，為了方便操作，我們將世代作為數(shù)值，直接進(jìn)行協(xié)變量分析
awk '{print $1,$2,$4}' cov.txt >cov1.txt
數(shù)據(jù)如下：
1061 1061 3
1062 1062 3
1063 1063 3
1064 1064 3
1065 1065 3
1066 1066 3
1067 1067 3
1068 1068 3
1069 1069 3
1070 1070 3
「代碼：」
plink --file b --pheno phe.txt --allow-no-sex --linear --covar cov1.txt --out re
「日志：」
PLINK v1.90b5.3 64-bit (21 Feb 2018) www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2018 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3
Logging to re.log.
Options in effect:
--allow-no-sex
--covar cov1.txt
--file b
--linear
--out re
--pheno phe.txt
515199 MB RAM detected; reserving 257599 MB for main workspace.
.ped scan complete (for binary autoconversion).
Performing single-pass .bed write (10000 variants, 1500 people).
--file: re-temporary.bed + re-temporary.bim + re-temporary.fam written.
10000 variants loaded from .bim file.
1500 people (0 males, 0 females, 1500 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to re.nosex .
1500 phenotype values present after --pheno.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
--covar: 1 covariate loaded.
Before main variant filters, 1500 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
10000 variants and 1500 people pass filters and QC.
Phenotype data is quantitative.
Writing linear model association results to re.assoc.linear ... done.
「結(jié)果文件：」re.assoc.linear
「結(jié)果預(yù)覽：」
這里的結(jié)果包括協(xié)變量的檢驗(yàn)，我們不需要輸出協(xié)變量結(jié)果，可以加上參數(shù)：--hide-covar
library(data.table)
geno = fread("c.raw")
geno[1:10,1:10]
phe = fread("phe.txt")
cov = fread("cov.txt")
dd = data.frame(phe$V3,cov$V4,geno[,7:20])
head(dd)
str(dd)
mod_M7 = lm(phe.V3 ~ cov.V4 + M7_1,data=dd)
summary(mod_M7)
mod_M9 = lm(phe.V3 ~ cov.V4 + M9_1,data=dd);summary(mod_M9)
M7加上數(shù)值協(xié)變量結(jié)果：
M9加上數(shù)值協(xié)變量結(jié)果：
結(jié)果完全一致。
以上就是“GWAS數(shù)字協(xié)變量怎么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家閱讀完這篇文章都有很大的收獲，小編每天都會(huì)為大家更新不同的知識(shí)，如果還想學(xué)習(xí)更多的知識(shí)，請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。
