這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)如何利用R語(yǔ)言的ggplot包繪制火山圖，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

成都創(chuàng)新互聯(lián)公司成立十多年來(lái)，這條路我們正越走越好，積累了技術(shù)與客戶資源，形成了良好的口碑。為客戶提供成都網(wǎng)站設(shè)計(jì)、網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)站策劃、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)、主機(jī)域名、網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷(xiāo)、VI設(shè)計(jì)、網(wǎng)站改版、漏洞修補(bǔ)等服務(wù)。網(wǎng)站是否美觀、功能強(qiáng)大、用戶體驗(yàn)好、性價(jià)比高、打開(kāi)快等等，這些對(duì)于網(wǎng)站建設(shè)都非常重要，成都創(chuàng)新互聯(lián)公司通過(guò)對(duì)建站技術(shù)性的掌握、對(duì)創(chuàng)意設(shè)計(jì)的研究為客戶提供一站式互聯(lián)網(wǎng)解決方案，攜手廣大客戶，共同發(fā)展進(jìn)步。

火山（Volcano Plot）圖在一張圖中顯示了兩個(gè)重要的指標(biāo)（Fold change/pvalue），可以非常直觀且合理地篩選出在兩樣本間發(fā)生差異表達(dá)的基因。檢驗(yàn)分析出兩樣本間顯著差異表達(dá)的基因后，以log2（fold change）為橫坐標(biāo)，以T檢驗(yàn)顯著性檢驗(yàn)P值的負(fù)對(duì)數(shù)-log10（pvalue）為縱坐標(biāo)，即可得火山圖（Volcano Plot）。

> install.packages("ggplot2")

> library(ggplot2)

> R0_vs_R3_isoforms_fitter <- read_excel("~/Downloads/R0-vs-R3.isoforms.fitter.xlsx")

> data <- R0_vs_R3_isoforms_fitter

> r03 <-ggplot(data,aes(log2FC,-1*log10(FDR)))

> r03 + geom_point()

運(yùn)行過(guò)程數(shù)據(jù)及圖片：

改變點(diǎn)的顏色：

> r03 + geom_point(color="red")

> r03 + geom_point(aes(color="red"))

> r03 + geom_point(aes(color=significant))

設(shè)置標(biāo)題，坐標(biāo)軸范圍

>r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)

>r03xy=r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)

> r03xy + labs(title="Volcano plot",x="log2(FC)")

> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))

自定義顏色

> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))

> r03xyc = r03xy+labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))

> r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))

>r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","blue", "red"))

> volcano = r03xyc +scale_color_manual(values = c("green","blue","red"))

>volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))

>volcano+geom_hline(yintercept=1.3,linetype=4)+geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)

保存圖片:

>ggsave("volcano.png")

>ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)

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