本篇內(nèi)容主要講解“如何使用phantompeakqualtools進行cross correlation分析”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“如何使用phantompeakqualtools進行cross correlation分析”吧!

創(chuàng)新互聯(lián)建站是一家集網(wǎng)站建設(shè),洪湖企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),洪湖品牌網(wǎng)站建設(shè),網(wǎng)站定制,洪湖網(wǎng)站建設(shè)報價,網(wǎng)絡(luò)營銷,網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化,洪湖網(wǎng)站推廣為一體的創(chuàng)新建站企業(yè)，幫助傳統(tǒng)企業(yè)提升企業(yè)形象加強企業(yè)競爭力。可充分滿足這一群體相比中小企業(yè)更為豐富、高端、多元的互聯(lián)網(wǎng)需求。同時我們時刻保持專業(yè)、時尚、前沿，時刻以成就客戶成長自我，堅持不斷學(xué)習(xí)、思考、沉淀、凈化自己，讓我們?yōu)楦嗟钠髽I(yè)打造出實用型網(wǎng)站。

ENCODE官方提供了chip_seq分析的pipeline以供參考，在peak calling前的預(yù)處理環(huán)節(jié)，流程示意如下

可以看到其中包含了一個名為phantompeakqualtools的工具，這個工具可以進行cross-correlation分析，計算得到NSC和RSC兩個指標(biāo)值，軟件的源代碼保存在github上，網(wǎng)址如下

https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools

安裝過程如下

docker run -it -v /home:/home --rm centos
yum install -y epel-release
yum install -y R
yum install -y wget
yum install -y ncurses-devel bzip2 libcurl libcurl-devel
# samtools
wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar xjvf samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9
./configure
make
make install
# R
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsamtools", version = "3.8")
install.packages("spp")
install.packages("snow")
install.packages("snowfall")
# phantompeakqualtools
wget https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools/archive/1.2.tar.gz
tar xzvf 1.2.tar.gz

基本用法如下

Rscript run_spp.R \
-c=chip.bam \
-rf -p=10 \
-filtchr="chrM" \
-savp=cc.plot.pdf \
-out=cc.score.txt

軟件的運行時間很長，pdf結(jié)果示意如下

藍色標(biāo)記的是phantome peak的位置。在txt輸出文件中，每一列代表一個指標(biāo)，但是沒有表頭，可以參考輸出到屏幕上的log信息來理解，示意如下

Minimum cross-correlation value 0.3735286
Minimum cross-correlation shift 1500
Top 3 cross-correlation values 0.412562930952545,0.37885721605778,0.375020285168966
Top 3 estimates for fragment length 150,285,525
Window half size 200
Phantom peak location 95
Phantom peak Correlation 0.3845194
Normalized Strand cross-correlation coefficient (NSC) 1.104502
Relative Strand cross-correlation Coefficient (RSC) 3.551565
Phantom Peak Quality Tag 2

到此，相信大家對“如何使用phantompeakqualtools進行cross correlation分析”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進入相關(guān)頻道進行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！