在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令:
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通過多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細的介紹(主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記)
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來:
參數(shù)的用法介紹:
注意事項:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號,退出時,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認 10 行 (在R語言里head和tail默認是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:單行顯示,非常規(guī)整
對比:less和cat命令顯示文本行號的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看,按空格翻頁,按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進去,但是別的命令不一定會把換行符算進去,。
常見參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時,因為制表符對齊的原因,出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復(fù),而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習(xí)慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上,將空格替換成制表符
補充小知識 :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過的)命令 :history
先按ESC進入Command模式,然后輸入“:wq”,回車就可以保存并退出了。
vi的其他保存/退出命令:
:w 保存;
:w filename 另存為filename;
:wq! 保存并強制退出;
:wq! filename 注:以filename為文件名保存后強制退出;
:q! 強制退出;
:x 保存并退出(僅當(dāng)文件有變化時保存)
擴展資料:
vi有三種工作模式:命令模式、文本編輯模式和最后行模式。不同工作模式下的操作方法有所不同。
1、命令行模式
該模式是進入vi編輯器后的默認模式。任何時候,不管用戶處于何種模式,按下Esc鍵即可進入命令模式。
在命令模式下,用戶可以輸入vi命令,用于管理自己的文檔。此時從鍵盤上輸入的任何字符都被當(dāng)做編輯命令來解釋。若輸入的字符是合法的vi命令,則vi在接受用戶命令之后完成相應(yīng)的動作。但需注意的是,所輸入的命令并不回顯在屏幕上。若輸入的字符不是vi的合法命令,vi 會響鈴報警。
2、文本輸入模式
在命令模式下輸入插入命令i、附加命令a、打開命令o、修改命令c、取代命令r或替換命令s都可以進入文本輸入模式。
在該模式下,用戶輸入的任何字符都被vi當(dāng)做文件內(nèi)容保存起來,并將其顯示在屏幕上。在文本輸入過程中,若想回到命令模式下,按下Esc鍵即可。
3、末行模式
末行模式也稱 ex 轉(zhuǎn)義模式。在命令模式下,用戶按:鍵即可進入末行模式下,此時vi會在顯示窗口的最后一行(通常也是屏幕的最后一行)顯示一個:作為末行模式的說明符,等待用戶輸入命令。多數(shù)文件管理命令都是在此模式下執(zhí)行的(如把編輯緩沖區(qū)的內(nèi)容寫到文件中等)。
末行命令執(zhí)行完后,vi 自動回到命令模式。
參考資料:百度百科-vi
1、linux保存并退出命令。
2、linux命令行保存并退出。
3、linux中保存退出和不保存退出的命令。
4、linux退出命令。
1."linux保存并退出命令,為您提供linux保存并退出命令圖文信息,先按鍵盤上面的ESC按鍵,接著輸入冒號,然后再輸入wq并回車即可保存退出,另外只輸入冒號和q為不保存退出,而輸入!q為強制退出,!wq為強制保存退出。
1.如圖,vi 文件名,接著按回車即可打開對應(yīng)的文件,如果沒有對應(yīng)的文件,那么vi命令就會自動創(chuàng)建一個新的。
2.如圖,vi打開文件后是命令模式狀態(tài),要用i或者a命令才可進入可編輯的狀態(tài)喲。這里我就按a進入了編輯模式了哦。
3.如圖,在編輯模式的情況下敲完內(nèi)容,這個時候就應(yīng)該保存文件了。保存文件要按esc,這樣就會退回vi的命令模式喔。
4.按完esc后輸入冒號(英文的),然后就轉(zhuǎn)換到了末行模式了,末行模式?jīng)Q定是否保存文件。
5.如圖所示,末行模式下可以按x來保存,x命令可以保存編輯好的文件喲。
6.也可以用到wq來保存,如果是q!則不保存哦,這點要自己謹記在心,這里我就保存一下vi編寫的文件。
7.然后查看,查看用到了cat 文件名哦。
8.如圖所示,vi編寫的內(nèi)容可以看到,這表明保存成功。