??GO (Gene Ontology )是一個(gè)基因功能的國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。意在從分子功能 (Molecular Function)、生物過程 (Biological Process)、和細(xì)胞組成 (Cellular Component) 三個(gè)層面對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述，建立一個(gè)適用于各種物種并能隨著研究不斷深入而更新的語(yǔ)言詞匯標(biāo)準(zhǔn)。
創(chuàng)新互聯(lián)公司2013年至今，是專業(yè)互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)服務(wù)公司，擁有項(xiàng)目成都做網(wǎng)站、成都網(wǎng)站建設(shè)網(wǎng)站策劃，項(xiàng)目實(shí)施與項(xiàng)目整合能力。我們以讓每一個(gè)夢(mèng)想脫穎而出為使命，1280元柏鄉(xiāng)做網(wǎng)站,已為上家服務(wù),為柏鄉(xiāng)各地企業(yè)和個(gè)人服務(wù),聯(lián)系電話:18982081108
??GO富集分析已經(jīng)算是很常規(guī)的分析內(nèi)容，可以很方便地將分析得到的基因集歸類到不同的GO條目，從而讓研究者可以輕松地得知這些基因都參與哪些生物過程。GO分析的操作這里就不再贅述了，網(wǎng)上有很多相關(guān)的帖子，基本上常規(guī)的物種用clusterProfiler包就可以解決了。今天我想來談?wù)勅绾慰梢暬疓O分析的結(jié)果。對(duì)于GO富集結(jié)果的可視化，最常見的就是用條形圖和氣泡圖來展示部分關(guān)注的條目。
??上面兩種展現(xiàn)形式最為常見，可以很好地展示關(guān)注的條目。我們都知道有時(shí)候GO富集的條目會(huì)很多，如果想整體預(yù)覽一下，有沒有什么方法可以展示所有條目都涉及哪些功能呢？答案是肯定的。下面就來介紹一下simplifyEnrichment包是如何展示GO富集結(jié)果的。這里用該包中數(shù)據(jù)做一個(gè)演示。
結(jié)果如下圖：
??結(jié)果看起來還是有點(diǎn)高大上的感覺，從圖中可以看出496個(gè)GO條目根據(jù)條目名稱的語(yǔ)意相似性被分成9個(gè)大類，每個(gè)大類右邊有注釋條，標(biāo)明了每個(gè)類中涉及的條目關(guān)鍵字，有點(diǎn)類似詞云的感覺。
??該包使用起來很簡(jiǎn)單，雖然不能準(zhǔn)確的展示每個(gè)GO條目，但可以從整體上概覽GO條目都涉及哪些方面，對(duì)于后續(xù)篩選還是很有幫助的。該包還有更為細(xì)節(jié)的用法，這里就不再贅述了，感興趣的可以自己去摸索。按照慣例最后附上官方說明鏈接： Simplify Functional Enrichment Results 和 Word Cloud Annotation 。
函數(shù)的go語(yǔ)言中的一級(jí)公民，我們把所有的功能單元都定義在函數(shù)中，可以重復(fù)使用。函數(shù)包含函數(shù)的名稱、參數(shù)列表和返回值類型，這些構(gòu)成了函數(shù)的簽名（signature）。
函數(shù)在使用之前必須先定義，可以調(diào)用函數(shù)來完成某個(gè)任務(wù)。函數(shù)可以重復(fù)調(diào)用，從而達(dá)到代碼重用。
go語(yǔ)言函數(shù)定義語(yǔ)法
語(yǔ)法解析：
go語(yǔ)言函數(shù)定義實(shí)例
定義一個(gè)求和函數(shù)
定義一個(gè)比較兩個(gè)數(shù)大小的函數(shù)
go語(yǔ)言函數(shù)調(diào)用
當(dāng)我們要完成某個(gè)任務(wù)時(shí)，可以調(diào)用函數(shù)來完成。調(diào)用函數(shù)要傳遞參數(shù)，如何有返回值可以獲得返回值。
運(yùn)行結(jié)果
GO是編譯性語(yǔ)言，所以函數(shù)的順序是無關(guān)緊要的，為了方便閱讀，建議入口函數(shù) main 寫在最前面，其余函數(shù)按照功能需要進(jìn)行排列
GO的函數(shù) 不支持嵌套，重載和默認(rèn)參數(shù)
GO的函數(shù) 支持 無需聲明變量，可變長(zhǎng)度，多返回值，匿名，閉包等
GO的函數(shù)用 func 來聲明，且左大括號(hào) { 不能另起一行
一個(gè)簡(jiǎn)單的示例：
輸出為：
參數(shù)：可以傳0個(gè)或多個(gè)值來供自己用
返回：通過用 return 來進(jìn)行返回
輸出為：
上面就是一個(gè)典型的多參數(shù)傳遞與多返回值
對(duì)例子的說明：
按值傳遞：是對(duì)某個(gè)變量進(jìn)行復(fù)制，不能更改原變量的值
引用傳遞：相當(dāng)于按指針傳遞，可以同時(shí)改變?cè)瓉淼闹?，并且消耗的?nèi)存會(huì)更少，只有4或8個(gè)字節(jié)的消耗
在上例中，返回值 (d int, e int, f int) { 是進(jìn)行了命名，如果不想命名可以寫成 (int,int,int){ ,返回的結(jié)果都是一樣的，但要注意:
當(dāng)返回了多個(gè)值，我們某些變量不想要，或?qū)嶋H用不到，我們可以使用 _ 來補(bǔ)位，例如上例的返回我們可以寫成 d,_,f := test(a,b,c) ，我們不想要中間的返回值，可以以這種形式來舍棄掉
在參數(shù)后面以 變量 ... type 這種形式的，我們就要以判斷出這是一個(gè)可變長(zhǎng)度的參數(shù)
輸出為：
在上例中， strs ...string 中， strs 的實(shí)際值是b,c,d,e,這就是一個(gè)最簡(jiǎn)單的傳遞可變長(zhǎng)度的參數(shù)的例子，更多一些演變的形式，都非常類似
在GO中 defer 關(guān)鍵字非常重要，相當(dāng)于面相對(duì)像中的析構(gòu)函數(shù)，也就是在某個(gè)函數(shù)執(zhí)行完成后，GO會(huì)自動(dòng)這個(gè)；
如果在多層循環(huán)中函數(shù)里，都定義了 defer ,那么它的執(zhí)行順序是先進(jìn)后出；
當(dāng)某個(gè)函數(shù)出現(xiàn)嚴(yán)重錯(cuò)誤時(shí)， defer 也會(huì)被調(diào)用
輸出為
這是一個(gè)最簡(jiǎn)單的測(cè)試了，當(dāng)然還有更復(fù)雜的調(diào)用，比如調(diào)試程序時(shí)，判斷是哪個(gè)函數(shù)出了問題，完全可以根據(jù) defer 打印出來的內(nèi)容來進(jìn)行判斷，非?？焖?，這種留給你們?nèi)?shí)現(xiàn)
一個(gè)函數(shù)在函數(shù)體內(nèi)自己調(diào)用自己我們稱之為遞歸函數(shù)，在做遞歸調(diào)用時(shí)，經(jīng)常會(huì)將內(nèi)存給占滿，這是非常要注意的，常用的比如，快速排序就是用的遞歸調(diào)用
本篇重點(diǎn)介紹了GO函數(shù)(func)的聲明與使用，下一篇將介紹GO的結(jié)構(gòu) struct
查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理
觀察結(jié)論：
觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：
table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格
本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包
直接嵌入c源代碼到go代碼里面
package main
/*
#include stdio.h
void myhello(int i) {
printf("Hello C: %d\n", i);
}
*/
import "C"
import "fmt"
func main() {
C.myhello(C.int(12))
fmt.Println("Hello Go");
}
需要注意的是C代碼必須放在注釋里面
import "C"語(yǔ)句和前面的C代碼之間不能有空行
運(yùn)行結(jié)果
$ go build main.go ./main
Hello C: 12
Hello Go
分開c代碼到單獨(dú)文件
嵌在一起代碼結(jié)構(gòu)不是很好看，很多人包括我，還是喜歡把兩個(gè)分開，放在不同的文件里面，顯得干凈，go源文件里面是go的源代碼，c源文件里面是c的源代碼。
$ ls
hello.c hello.h main.go
$ cat hello.h
void hello(int);
$ cat hello.c
#include stdio.h
void hello(int i) {
printf("Hello C: %d\n", i);
}
$ cat main.go
package main
// #include "hello.h"
import "C"
import "fmt"
func main() {
C.hello(C.int(12))
fmt.Println("Hello Go");
}
編譯運(yùn)行
$ go build ./main
Hello C: 12
Hello Go
編譯成庫(kù)文件
如果c文件比較多，最好還是能夠編譯成一個(gè)獨(dú)立的庫(kù)文件，然后go來調(diào)用庫(kù)。
$ find mylib main
mylib
mylib/hello.h
mylib/hello.c
main
main/main.go
編譯庫(kù)文件
$ cd mylib
# gcc -fPIC -shared -o libhello.so hello.c
編譯go程序
$ cd main
$ cat main.go
package main
// #cgo CFLAGS: -I../mylib
// #cgo LDFLAGS: -L../mylib -lhello
// #include "hello.h"
import "C"
import "fmt"
func main() {
C.hello(C.int(12))
fmt.Println("Hello Go");
}
$ go build main.go
運(yùn)行
$ export LD_LIBRARY_PATH=../mylib
$ ./main
Hello C: 12
Hello Go
在我們的例子中，庫(kù)文件是編譯成動(dòng)態(tài)庫(kù)的，main程序鏈接的時(shí)候也是采用的動(dòng)態(tài)庫(kù)
$ ldd main
linux-vdso.so.1 = (0x00007fffc7968000)
libhello.so = ../mylib/libhello.so (0x00007f513684c000)
libpthread.so.0 = /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f5136614000)
libc.so.6 = /lib64/libc.so.6 (0x00007f5136253000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055d819227000)
理論上講也是可以編譯成整個(gè)一靜態(tài)鏈接的可執(zhí)行程序，由于我的機(jī)器上缺少靜態(tài)鏈接的系統(tǒng)庫(kù)，比如libc.a，所以只能編譯成動(dòng)態(tài)鏈接。
1、goroutine：在go語(yǔ)言中，每一個(gè)并發(fā)的執(zhí)行單元叫做goroutine，如果一個(gè)程序中包含多個(gè)goroutine，對(duì)兩個(gè)函數(shù)的調(diào)用則可能發(fā)生在同一時(shí)刻
2、main goroutine：當(dāng)一個(gè)程序啟動(dòng)時(shí)，其主函數(shù)即在一個(gè)單獨(dú)的goroutine中運(yùn)行，我們叫他為main gorountine
3、go goroutine：新的goroutine會(huì)用go語(yǔ)句來創(chuàng)建，go+函數(shù)名，go語(yǔ)句會(huì)使其語(yǔ)句中的函數(shù)在一新創(chuàng)建的goroutine中運(yùn)行，而go語(yǔ)句本身會(huì)迅速地完成
4、goroutine的退出：主函數(shù)返回時(shí)，所有的goroutine都會(huì)被直接打斷，程序退出，除了從主函數(shù)退出或者終止程序之外，沒有其他方法能夠讓一個(gè)goroutine來打斷另一個(gè)的執(zhí)行，但是可以通過另一種方式來實(shí)現(xiàn)這個(gè)目的，通過goroutine之間的通信來讓一個(gè)goroutine請(qǐng)求其他的goroutine，并讓請(qǐng)求的goroutine自行結(jié)束執(zhí)行
重慶分公司
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