求助，R中GO.db程序包無法安裝

若手機安裝軟件時提示解析包錯誤，建議： 1.此情況可能是下載的軟件安裝包不完整，建議您在網(wǎng)絡穩(wěn)定的情況下，重新下載安裝。 2.查看手機內(nèi)存是否充足。 3.檢查其他軟件是否可以正常安裝。 4.可能是由于該軟件版本和手機存在兼容性導致無法正常安裝，建議查找該軟件是否有其他版本，重新下載安裝嘗試。樓主你好個人見解一般有幾種情況： 1，解析包下載的過程中出現(xiàn)了問題，導致解析包出錯了?？梢試L試重新下載解析包試試，中途盡量保證不要出現(xiàn)暫?；蛘咂渌倪^程； 2，安裝的過程中如果是手機或者SD卡空間不足的時候不知道會不會出現(xiàn)，反正本人沒有遇到過，但是為了排除可能，可以看看空間盡量保證夠； 3，這個是在上面兩條都不行，其實也是經(jīng)常遇到的，就是版本的問題。就是你的安卓系統(tǒng)的手機版本低了，而安裝包需要的版本比較高。比如，個人之前在裝獵豹最新版的瀏覽器的時候就怎么也裝不上，后來仔細看了一下版本說明發(fā)現(xiàn)獵豹需要最低的Android 4.0/iOS 5.0及以上，而個人的是Android 2.3的版本。 希望和樓主討論經(jīng)驗。

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R語言：clusterProfiler進行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型

columns() ：類似于keytypes()，針對org.Hs.eg.db兩個函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

R語言安裝WGCNA，碰到依賴包無法安裝的情況

加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關(guān)聯(lián)模式的系統(tǒng)生物學方法，可以用來鑒定高度 協(xié)同變化 的基因集, 并根據(jù)基因集的內(nèi)連性和基因集與表型之間的關(guān)聯(lián)鑒定候補生物標記基因或治療靶點。

相比于只關(guān)注差異表達的基因，WGCNA利用數(shù)千或近萬個變化最大的基因或全部基因的信息識別感興趣的基因集，并與表型進行顯著性關(guān)聯(lián)分析。一是充分利用了信息，二是把數(shù)千個基因與表型的關(guān)聯(lián)轉(zhuǎn)換為數(shù)個基因集與表型的關(guān)聯(lián)，免去了多重假設(shè)檢驗校正的問題。

以上內(nèi)容引用的網(wǎng)頁：

感覺WGCNA挺合自己脾氣的，想安裝一下。注定安裝不會那么順利。

安裝了WGCNA是在Rstuio上安裝的。用命令?install.packages("WGCNA")

執(zhí)行完命令后，提示信息顯示有三個依賴包（‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’）無法安裝。

然后再安裝那三個依賴包。

BiocManager::install("impute")，安裝impute時，也會安裝GO.db包。遇到是否更新其他R包時，選擇不更新 n.

library("WGCNA")

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j - i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):

不存在叫‘preprocessCore’這個名字的程輯包

然后再安裝一下‘preprocessCore’包

BiocManager::install("preprocessCore")

做完以上工作，再執(zhí)行一下 library("WGCNA").

其中提示信息：載入需要的程輯包：dynamicTreeCut? ；載入需要的程輯包：fastcluster ；載入程輯包：‘fastcluster’? ? 意思是在使用WGCNA時，需要先載入這三個包，并且已經(jīng)被直接載入了，不是錯誤信息。

R中： package 'GO.db' was built before R 2.10.0: please re-install it.如何解決

這個應該是更新了R之后會出現(xiàn)吧。推薦方法：在RStudio里更新一下所有R包，具體操作就運行一下下面這一行就行了：

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)

要是不想更新所有R包（可能比較費時），也可以單獨下載你需要的那個包：

install.package("GO.db")