c本身在這里應(yīng)該是“combine”的首字母，用于合并一系列數(shù)字從而形成向量/數(shù)列。
企業(yè)建站必須是能夠以充分展現(xiàn)企業(yè)形象為主要目的，是企業(yè)文化與產(chǎn)品對外擴(kuò)展宣傳的重要窗口，一個(gè)合格的網(wǎng)站不僅僅能為公司帶來巨大的互聯(lián)網(wǎng)上的收集和信息發(fā)布平臺，創(chuàng)新互聯(lián)建站面向各種領(lǐng)域：成都報(bào)廢汽車回收等成都網(wǎng)站設(shè)計(jì)、營銷型網(wǎng)站建設(shè)解決方案、網(wǎng)站設(shè)計(jì)等建站排名服務(wù)。
R語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)主要有以下四種：
向量：一串相同類型的數(shù)據(jù)，不限于數(shù)字，字符，邏輯都可以，單獨(dú)拿出來的一列。什么是看做一個(gè)整體，一個(gè)向量里有若干個(gè)數(shù)據(jù)，它們組成一個(gè)整體之后，可以擁有一個(gè)共同的名字。
以下主要講向量：
向量就是一串?dāng)?shù)據(jù)，串聯(lián)在一起，組成一個(gè)整體，向量由元素組成。
很長的向量要么從數(shù)據(jù)框提取一列，或是有規(guī)律地生成，如連續(xù)的數(shù)據(jù)：
paste0函數(shù)連接兩個(gè)向量，逗號 , 前后各有一個(gè)向量，如字符型和數(shù)值型向量。
paste0和paste的區(qū)別是：
paste0函數(shù) 把兩個(gè)向量的元素一一對應(yīng)進(jìn)行 無縫 連接，而 paste函數(shù) 把兩個(gè)向量的元素一一對應(yīng)進(jìn)行 空格 連接。paste函數(shù)有默認(rèn)值為空格，在空格處把空格去掉sep=""引號里把默認(rèn)的空格去掉，即什么沒有，就變成無縫連接，也可以用其它的符號連接sep="/"，sep="_"等。
數(shù)值型、字符型、邏輯型：只要有字符型在，用c()生成向量為字符型。只有邏輯型和數(shù)值型，用c()生成向量為數(shù)值型。
c()函數(shù)生成向量時(shí)，要求為生成同一種數(shù)據(jù)類型
注意的地方：
變量名 ：c()為生成向量函數(shù)，一般除字母c外，取單個(gè)字母或是單詞及縮寫，組成變量名的字母之間不要有空格，不能以數(shù)字為變量名或是以數(shù)字開頭，變量名不能是中文名，特殊符號等。
- 與c()函數(shù)之間沒有空格。
- 的快捷鍵輸入：
mac電腦： option 和 - ；
windows電腦： Alt 和 -
= 在任何情況下可替代 - ，但是 = 除了賦值，還有其它用法，比如函數(shù)里參數(shù)用法。 - 不能在任意情況下代替 = 。
強(qiáng)大的計(jì)算是體現(xiàn)在批量計(jì)算上，先把一些數(shù)據(jù)組成一個(gè)整體，
還是以向量x為單位進(jìn)行
其中五個(gè)重要函數(shù)，一定要掌握。
能用函數(shù)代替的東西，堅(jiān)決不用手和眼睛去數(shù)，比如length()統(tǒng)計(jì)向量元素個(gè)數(shù)。
結(jié)論：unique(x)與x[!duplicated(x)]函數(shù)相同
用identical()可以判斷兩個(gè)函數(shù)是否相同（數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)與數(shù)據(jù)類型是否完全相同）
重點(diǎn)和難點(diǎn)：
x==y ：x和對應(yīng)位置的y相等嗎？（x和y里的元素，按順序一一對應(yīng)比較，講究位置對應(yīng)，兩者里第一個(gè)元素相同就返TRUE，比較完兩個(gè)向量的第一位置上的元素，接著比較兩個(gè)向量第二個(gè)位置元素...到兩個(gè)向量最后）。
x和y不一樣長：理解“循環(huán)補(bǔ)齊”
結(jié)論： 如果x與y的向量元素長度不相等，以長度向量說了算，不是由在==前的向量決定。
x%in%y ：x的每個(gè)元素在y中存在嗎？（x的元素挨個(gè)到y(tǒng)里和所有元素比較，在y里有的相同的返回TRUE，不講究位置，有就是TRUE，沒有為FALSE）。比如y向量加了一個(gè)元素2，返回還是9個(gè)邏輯值，返回的邏輯值是與x一一對應(yīng)，和y沒有關(guān)系。
加減乘除，兩個(gè)向量直接可以進(jìn)行，等位運(yùn)算。前提是兩個(gè)向量必須等長，即元素個(gè)數(shù)一樣。
用paste0或是paste連接兩個(gè)向量，兩個(gè)向量的長度（元素個(gè)數(shù)）不一致，循環(huán)補(bǔ)齊。
intersect(x,y)，union(x,y)，setdiff(x,y)，setdiff(y,x)，x與y順序顛倒（setdiff()與%in%有點(diǎn)兒相似）。
[] ：取子集符號，將TRUE對應(yīng)的值挑選出來，F(xiàn)ALSE丟棄.
例：在13個(gè)數(shù)中，取出大于7的數(shù)，首先把13個(gè)數(shù)值組成一個(gè)向量x，x7返回是邏輯值。
取值子集的對象放在中括號的外面，取子集的邏輯值向量放在中括號里面。
單獨(dú)運(yùn)行中括號里的向量，中括號里各種條件的返回結(jié)果有共同的規(guī)律，是一個(gè)與x等長的邏輯值向量。
下標(biāo)：代表在哪個(gè)位置上。
符號 ： []
按照邏輯值： 中括號里是與x等長的邏輯值向量
按照位置： 中括號里是由x的下標(biāo)組成的向量（支持反選）
思考：從13個(gè)彩色（綠，藍(lán)，黃）球中，選出屬于藍(lán)色和綠色的：
使用x %in% y還是x ==y，用x %in% y，不是等位循環(huán)補(bǔ)齊運(yùn)算，%in%比較靈活，可以在很多場景中使用，如3選2，50選2，50選20等。
13個(gè)球的顏色賦值給向量x，藍(lán)色和綠色賦值給y。
x %in% y
x[x %in% y]
修改向量的元素，修改x里的第四個(gè)元素
注意：R于語言里所有的修改，都要賦值，沒有賦值就是沒有發(fā)生過
把隨機(jī)函數(shù)生成的數(shù)永遠(yuǎn)為一組數(shù)據(jù)：用隨機(jī)函數(shù)生成向量，后運(yùn)行set.seed(10086)
x[match(y,x)] 和 x[order(x)]
排序，如何調(diào)整元素順序
結(jié)論：sort(x)等于x[order(x)]，背誦下來
兩個(gè)向量沒有做關(guān)聯(lián)的操作，可以用order函數(shù)排序?qū)?yīng)信息
向量匹配排序-match，match函數(shù)是連線用的
x[match(y,x)] 的以后用法：以y作為模版，給x調(diào)順序。
match：誰在中括號外面，誰就在后面， x[match(y,x)] ，以y作為模板，用x作為原料去取子集，按照一個(gè)順序取子集，取出來的子集和y一樣。
需要背誦的兩個(gè)用法： x[match(y,x)] 和 x[order(x)]
練習(xí)題：在以下x和y表格里如何將y的列名一對一替換為ID
切換Rproj的時(shí)候出現(xiàn)彈窗：是否將工作空間保存到 .Rdata ？
答案是：不保存，之前單獨(dú)保存好腳本和圖片，這里出現(xiàn)的提示是否臨時(shí)保存，不需要保存。
.Rdata ？是什么：
以 . 開頭的文件，通常用作配置，系統(tǒng)默認(rèn)隱藏這類文件
.Rdata 是保存工作空間的默認(rèn)文件
.History 是保存歷史命令的默認(rèn)文件
如果打開Rstudio特別慢，可能是因?yàn)?.Rdata 保存了很大的變量，可以找到 .Rdata 文件將其刪除。
在Rproj右下角打開腳本時(shí)，編輯器腳本的中文注釋出現(xiàn)亂碼，解決如下：
以上內(nèi)容是聽 生信技能樹 小潔老師的 R語言線上課 ，根據(jù)自己的理解記錄下來，小潔老師授課非常細(xì)心，對不同水平的同學(xué)都照顧到，并且補(bǔ)充很多技巧以及注意事項(xiàng)。
之前學(xué)習(xí)過R語言，那時(shí)對向量認(rèn)識不夠深，也沒有重視，數(shù)據(jù)框的列單獨(dú)拿出來就是一個(gè)向量。認(rèn)真聽小潔老師的講解以及最近跑幾個(gè)GEO數(shù)據(jù)集發(fā)現(xiàn)學(xué)會(huì)對向量的熟練操作以及熟練一些重要的函數(shù)，在實(shí)戰(zhàn)過程中會(huì)順利些。
1. 判斷存在：一個(gè)元素是不是在向量中用 a%in%b
a="TT"
b=c("AA","AT","TT")
a %in% b
[1] TRUE
2. 判斷某一元素這向量中的索引（第幾個(gè)位置）： index.TT=which(b==”TT”)
index.TT=which(b=="TT")#index.TT是想知道的索引號，which是判斷函數(shù)，b是想知道的元素所在的向量
index.TT
[1] 3
3. 相當(dāng)于 python 中的字典， names 函數(shù)
b
[1] "AA" "AT" "TT"
names(b)=c("geno1","geno2","geno3")#geno mean genotype
names(b)
[1] "geno1" "geno2" "geno3"
names(b)[1]
[1] "geno1"
names(b)[1]="test"
names(b)
[1] "test""geno2" "geno3"
names(b)=NULL
b
[1] "AA" "AT"
b["geno2"]
"AT"
pop_name=c(“CEU”,"YRI")
names(pop_name)=c(1,2)
names(pop_name[1])=1
4. 去除某一元素： b[-index.nu]
#想去除元素”TT”,如果你不知道是第幾個(gè)索引，可以先判斷索引，再刪除。
b=c("AA","AT","TT")
names(b)=c("geno1","geno2","geno3")
index.TT=which(b=="TT")
b=b[-index.TT]
b
geno1 geno2
"AA""AT"
5. 相當(dāng)于 Python 中的 set() 函數(shù) 和 count() 函數(shù)： unique() ， table()
b=c("TT","AT","AT","TT","AA")
unique(b)#即相當(dāng)于去除所有的重復(fù)，只保留一個(gè)
[1] "TT" "AT" "AA"
table(b)#以元素為name,統(tǒng)計(jì)各元素的個(gè)數(shù)
b
AA AT TT
122
6. 字符串的分割： strsplit()
test="AA"
strsplit(test)
錯(cuò)誤于strsplit(test) :缺少參數(shù)"split",也沒有缺省值
strsplit(test,split='')
[[1]]
[1] "A" "A"
test=strsplit(test,split='')[[1]]
test
[1] "A" "A"
7. 文本文檔的寫入： write.table()
write.table( res.matrix,file=new.file,sep='\t',quote=F,row.names=F,col.names=F,append=T)#quote=F去掉引號后寫入，row.names=F去掉行的名字寫入，否則會(huì)把名字寫進(jìn)去
##寫入數(shù)據(jù)時(shí)候最好把數(shù)據(jù)存儲(chǔ)成一個(gè)matrix然后直接寫。要是每行每行寫的話要注意數(shù)據(jù)的格式了。先建立一個(gè)空的matrix，見8，然后通過rbind或者cbind疊加上去。
方法一：
a=c()
b=c(“AA”,”TT”,”CC”)
for (i in 1:3){
a=c(a,b)
}
write.table(a,file=”test.txt”)#你會(huì)發(fā)現(xiàn)結(jié)果是
AA
TT
CC
….
##而且還有行和列的名字，因?yàn)闆]有設(shè)置參數(shù)。因?yàn)閷τ赾向量來說，寫的話默認(rèn)是豎著寫的，每個(gè)元素占一行。所以比較方便的就是rbind
方法二：
a=c()
b=c(“AA”,”TT”,”CC”)
for (i in 1:3){
a=rbind(a,b)
}
write.table(a,file=”test.txt”，quote=F,row.names=F,col.names=F)#你會(huì)發(fā)現(xiàn)結(jié)果是
AA TT CC
AA TT CC
AA TT CC
##原因是rbind把最總結(jié)果當(dāng)做矩陣了。對于R數(shù)據(jù)的寫入最好能生成最后的矩陣再寫入。但是西面的梅一行寫一次和方法二的效果是想通的，但是要用到append參數(shù)。
a=c()
b=c(“AA”,”TT”,”CC”)
for (i in 1:3){
a=rbind(a,b)
write.table(a,file=”test.txt”，quote=F,row.names=F,col.names=F,append=T)
}
8. 建立一個(gè)空的 matrix ：
res.matrix - matrix( ,nrow=0,ncol=6 )##這樣就建立了一個(gè)0行6列的空matrix了。
9. 如何將 R 運(yùn)行結(jié)果輸出到文件
x=read.table("F:/my/work/chengxu/PValue/pc2jieguo/pc2302.txt")
z=t(x)
ks.test(y,z)
Two-sample Kolmogorov-Smirnov test
data:y and z
D = 0.207, p-value 2.2e-16
alternative hypothesis: two-sided
如上面運(yùn)行結(jié)果，我想將p-value 2.2e-16自動(dòng)保存到一個(gè)文件中，如何用R程序?qū)崿F(xiàn)，謝謝！
sink("output.txt")
print(ks.test(y,z)$p.value)
sink()
10 降序排列：
a=c(1,1.2,0.1,4,5,-0.1)
a=sort(a,decreasing=T)
a
[1]5.04.01.21.00.1 -0.1
11. 取前1％的數(shù)
a=c(1:10,4:20,1:100,1:1000)
a=sort(a,decreasing=T)#先降序
sig=a[round(length(a)*0.01)]
sig
[1] 990
12.在shell中直接執(zhí)行R腳本
R CMD BATCH --argstest.R
13. R中高級作圖的方法
14:設(shè)置字體類型：
par(family='Times New Roman')
15:控制圖形四周的空白大小
par(mfrow=c(3,1),mar=c(0,0,0,0))
其中mar是四周的間距,分別為x,y上下的距離
16控制作圖區(qū)域的大小layout
layout(c(1,2,3),height=c(1,1,0.5))
分成豎著三份， 其中三份比列依次為（高度依次為2：2：1）
17保留兩位小數(shù)
round(0.123,digits=2)
18 在原有圖的基礎(chǔ)上畫圖：
par(fig=c(0.1,0.5,0.43,0.65), new=TRUE)
19 只顯示y軸
plot(1:10,1:10,axes=F)
axis(2,at.....)
20 調(diào)節(jié)刻度方向 las
plot(1:10,1:10,las=1)
21 屏幕分割
layout(matrix(1:16,4,4))＃＃＃豎著plot
par(mfrow=c(4,4))##橫著plot
22.邏輯表示或者
xor為異或，兩值不等為真，兩值相等為假。例：xor(0, 1)
23. 從向量中隨機(jī)取幾個(gè)數(shù)sample
sample(rep(1:1000),10)
23 字符串轉(zhuǎn)換成小數(shù)浮點(diǎn)型
as.numeric("0.123")
24. 讀取不規(guī)范的文本
f=readLines(afile,n=1)＃n表示讀幾行
f=strsplit(f,'\t')##分割
f[1][[1]]##第一行
f[1][[1]][1]##第一行 第一個(gè)字符串
25. write 寫入文件
write(afile, "a\tb\t",append=T) #沿著每行一次 寫入
26. 不需要循環(huán)，這直接對matrix沒行或者每列進(jìn)行篩選操作apply（）
apply（data,col2 or row1, max0）
27.保留2位小數(shù)
a=2.300
a=as.numeric(sprintf(“%.3f”,a))
28。調(diào)出假設(shè)檢驗(yàn)的p value
t.test(data1,data2)$p.value
重慶分公司
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