R語言畫圖-條形圖，堆疊條形圖（ggplot2）

1. barplot函數(shù)

站在用戶的角度思考問題，與客戶深入溝通，找到肥城網(wǎng)站設(shè)計與肥城網(wǎng)站推廣的解決方案，憑借多年的經(jīng)驗，讓設(shè)計與互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)結(jié)合，創(chuàng)造個性化、用戶體驗好的作品，建站類型包括：成都做網(wǎng)站、網(wǎng)站制作、企業(yè)官網(wǎng)、英文網(wǎng)站、手機(jī)端網(wǎng)站、網(wǎng)站推廣、國際域名空間、雅安服務(wù)器托管、企業(yè)郵箱。業(yè)務(wù)覆蓋肥城地區(qū)。

a=matrix(1:18,2)

a

?[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]

[1,]? ? 1? ? 3? ? 5? ? 7? ? 9? ?11? ?13? ?15? ?17

[2,]? ? 2? ? 4? ? 6? ? 8? ?10? ?12? ?14? ?16? ?18

class(a) #查看a數(shù)據(jù)類型

[1] "matrix"

注意barplot函數(shù)對象要么是向量，要么是矩陣，若不是，則要進(jìn)行數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)類型進(jìn)行轉(zhuǎn)換

barplot(d)? #所有參數(shù)默認(rèn)

?barplot

常見參數(shù)就不贅述了，幾個個人認(rèn)為比較重要參數(shù)如下

names.arg----在每個條形圖或條形圖下繪制的名稱向量。 如果省略此參數(shù)，那么如果它是向量，則從height的names屬性中獲取名稱；如果它是矩陣，則從列名稱中獲取名稱。

legend.text----數(shù)據(jù)為矩陣的時候用，如果legend.text為true，則height的行名稱非空時將用作標(biāo)簽。

horiz----默認(rèn)false，為豎直條形圖，改為TRUE，為水平條形圖

beside---如果為FALSE，則將高度列描繪為堆疊的條，如果為TRUE，則將列描繪為并列的條

space---每根柱子之前留出的空間量（以平均柱子寬度的一部分為單位）。 可以以單個數(shù)字或每個小節(jié)一個數(shù)字的形式給出。 如果height是一個矩陣，并且next為TRUE，則可以用兩個數(shù)字指定空間，其中第一個是同一組中的條形之間的間隔，第二個是組之間的間隔。 如果未明確給出，則如果height為矩陣，并且next為TRUE，則默認(rèn)為c（0,1），否則為0.2。

還有很多參數(shù)可以通過help()查詢

barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = TRUE,horiz = TRUE,col = rep(c('blue','green','gray'),3),legend.text = TRUE)

barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = F,horiz = TRUE,col = rep(c('blue','green'),2),legend.text = TRUE)

barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = F,horiz = F,col = rep(c('blue','green'),2),legend.text = TRUE)?

2.ggplot2包

安裝加載包

install.package('ggplot2')

library(ggplot2)

#創(chuàng)建矩陣

data-data.frame(Sample-c(rep('control1',3),rep('control2',3),rep('control3',3),rep('treat1',3),rep('treat2',3),rep('treat3',3),rep('treat4',3)), contion-rep(c('Cell','Tissue','Organ'),7), value-c(503,264,148,299,268,98,363,289,208,108,424,353,1,495,168,152,367,146,48,596,143))

colnames(data)=c('sample',"contion","value")

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='fill') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

#ggplot函數(shù)，geom從數(shù)據(jù)到幾何圖像，geom_bar為柱狀圖，geom_line為線型圖等，aes形成映射，x軸為sample，y軸為value，堆疊為contion，geom_bar()函數(shù)為建立柱狀圖，stat參數(shù)-統(tǒng)計變換，position參數(shù)為柱狀圖形式，position= 'fill'（圖形元素堆疊且高度標(biāo)準(zhǔn)化為1），position= 'stack'（圖形堆疊圖），參數(shù)position= 'dodge'（并列數(shù)據(jù)，非堆疊展示），coord畫圖在某個坐標(biāo)系中，facet將繪圖窗口分成若干子窗口用來生成數(shù)據(jù)中不同子集的圖形

# labs為標(biāo)題，theme為設(shè)置標(biāo)題參數(shù)，axis.title為軸標(biāo)題信息，axis.text為軸注釋文本，axis.text.x表示設(shè)置x軸的信息，還有更多參數(shù)詳查ggplot2包

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='fill') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+coord_flip() #加的函數(shù)可實現(xiàn)水平柱狀圖展示

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='stack') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='dodge') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

【R語言】--- 分組柱狀圖

分組柱狀圖，又叫聚合柱狀圖。當(dāng)需要在同一個軸上顯示各個分類下不同的分組時，需要用到分組柱狀圖，是學(xué)術(shù)論文中常用的圖。每個分組中的柱子使用不同的顏色或者相同顏色不同透明的方式區(qū)別各個分類，各個分組之間需要保持間隔。

利用ggplot2包進(jìn)行繪制，這里不贅述。

[1]

[2]

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語言繪圖（ggplot2、ggpurb）從入門到精通06--柱狀圖美化之寬度調(diào)節(jié)

本系列課程要求大家有一定的R語言基礎(chǔ)，對于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎(chǔ)教程》。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運(yùn)用強(qiáng)大而靈活的ggplot2包。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點(diǎn)圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標(biāo)軸和圖例等。

本次課程所用的配套書籍是： 《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本圖形外，師兄還會給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、?；鶊D、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學(xué)起來吧！