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成都創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站制作重慶分公司

雙序列比對(duì)java代碼,雙序列比對(duì)java代碼編程

java 兩個(gè)Map進(jìn)行比較

跟你說(shuō)下思路:

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第一步,循環(huán)Map1的key,取得key;

第二部,根據(jù)key取得對(duì)應(yīng)的List;

第三部,循環(huán)List,取出List中的每一項(xiàng)SoftWare跟另外一個(gè)Map比較。

如果另外一個(gè)Map中沒(méi)有則創(chuàng)建一個(gè)LIst,并加入到該List中,最后將該List放入Map3中。

代碼:

import java.util.*;

public class Test2

{

public static void main(String[] args)

{

MapString,ListSoftWare map1 = new HashMapString,ListSoftWare();

MapString,ListSoftWare map2 = new HashMapString,ListSoftWare();

MapString,ListSoftWare map3 = new HashMapString,ListSoftWare();

ListSoftWare list1 = new ArrayListSoftWare();

list1.add(new SoftWare(""));

list1.add(new SoftWare(""));

list1.add(new SoftWare(""));

map1.put("Type1",list1);

ListSoftWare list2 = new ArrayListSoftWare();

list2.add(new SoftWare(""));

list2.add(new SoftWare(""));

list2.add(new SoftWare(""));

map2.put("Type1",list2);

for (IteratorString it=map1.keySet().iterator();it.hasNext() ; )

{

String key = it.next();

ListSoftWare list = map1.get(key);

ListSoftWare list3 = new ArrayListSoftWare();

for (SoftWare sw : list)

{

if (!IsInMap(sw,map2))

{

list3.add(sw);

}

}

if (list3.size() 0)

{

map3.put(key,list3);

}

}

System.out.println("downloadLink不一致的元素:");

for (IteratorString it=map3.keySet().iterator();it.hasNext() ; )

{

String key = it.next();

ListSoftWare list = map3.get(key);

System.out.println("軟件類(lèi)型:" + key);

System.out.println("該軟件類(lèi)型下的軟件:");

for (SoftWare sw : list)

{

System.out.println(sw.getDownloadLink());

}

}

}

public static boolean IsInMap(SoftWare sw,MapString,ListSoftWare map) {

for (IteratorString it=map.keySet().iterator();it.hasNext() ; )

{

String key = it.next();

ListSoftWare list = map.get(key);

for (SoftWare sws : list)

{

if (sws.getDownloadLink().equals(sw.getDownloadLink()))

{

return true;

}

}

}

return false;

}

}

class SoftWare

{

private String downloadLink;

public void setDownloadLink(String downloadLink) {

this.downloadLink = downloadLink;

}

public String getDownloadLink() {

return this.downloadLink;

}

SoftWare(String downloadLink) {

this.downloadLink = downloadLink;

}

SoftWare() {

}

}

Java中的compareTo()函數(shù)是怎么用的?

compareTo() 方法用于將 Number 對(duì)象與方法的參數(shù)進(jìn)行比較。可用于比較 Byte, Long, Integer等。該方法用于兩個(gè)相同數(shù)據(jù)類(lèi)型的比較,兩個(gè)不同類(lèi)型的數(shù)據(jù)不能用此方法來(lái)比較。

語(yǔ)法

public int compareTo( NumberSubClass referenceName )

參數(shù)

referenceName?-- 可以是一個(gè) Byte, Double, Integer, Float, Long 或 Short 類(lèi)型的參數(shù)。

返回值

1、如果指定的數(shù)與參數(shù)相等返回0。

2、如果指定的數(shù)小于參數(shù)返回 -1。

3、如果指定的數(shù)大于參數(shù)返回 1。

Java中的compareTo()函數(shù)用法比較另一個(gè)函數(shù)字符:public int compareTo(String anotherString)

按字典順序比較兩個(gè)字符串。該比較基于字符串中各個(gè)字符的 Unicode 值。將此 String 對(duì)象表示的字符序列與參數(shù)字符串所表示的字符序列進(jìn)行比較。如果按字典順序此 String 對(duì)象在參數(shù)字符串之前,則比較結(jié)果為一個(gè)負(fù)整數(shù)。

如果按字典順序此 String 對(duì)象位于參數(shù)字符串之后,則比較結(jié)果為一個(gè)正整數(shù)。如果這兩個(gè)字符串相等,則結(jié)果為 0;compareTo 只有在方法 equals(Object) 返回 true 時(shí)才返回 0。?

這是字典排序的定義。如果這兩個(gè)字符串不同,則要么它們?cè)谀硞€(gè)索引處具有不同的字符,該索引對(duì)二者均為有效索引,要么它們的長(zhǎng)度不同,或者同時(shí)具備上述兩種情況。

如果它們?cè)谝粋€(gè)或多個(gè)索引位置上具有不同的字符,假設(shè) k 是這類(lèi)索引的最小值;則按照 運(yùn)算符確定的那個(gè)字符串在位置 k 上具有較小的值,其字典順序在其他字符串之前。

這種情況下,compareTo 返回這兩個(gè)字符串在位置 k 處的兩個(gè)不同的 char 值,即值:?

this.charAt(k)-anotherString.charAt(k)?

如果它們沒(méi)有不同的索引位置,則較短字符串在字典順序上位于較長(zhǎng)字符串的前面。這種情況下,compareTo 返回這兩個(gè)字符串長(zhǎng)度的不同,即值:?

this.length()-anotherString.length()?

指定者:?接口 ComparableString 中的 compareTo?

參數(shù):?anotherString - 要比較的 String。

返回:?如果參數(shù)字符串等于此字符串,則返回 0 值;如果按字典順序此字符串小于字符串參數(shù),則返回一個(gè)小于 0 的值;如果按字典順序此字符串大于字符串參數(shù),則返回一個(gè)大于 0 的值。

擴(kuò)展資料:

compareTo就是比較兩個(gè)值,如果前者大于后者,返回1,等于返回0,小于返回-1,我下面給出了例子,由于比較的變量我用的是int,int型可以直接比較,所有沒(méi)有用到compareTo比較,如果聲明的是Date、String、Integer或者其他的,可以直接使用compareTo比較,比如以下函數(shù)代碼用法:

public int compareTo(TestModel1 o) {

return this.str1.compareTo(o.str1);

}

1.當(dāng)兩個(gè)比較的字符串是英文且長(zhǎng)度不等時(shí),

1)長(zhǎng)度短的與長(zhǎng)度長(zhǎng)的字符一樣,則返回的結(jié)果是兩個(gè)長(zhǎng)度相減的值

a="hello";

b="hell";

num=1;

或者

a="h";

b="hello";

num=4;

2)長(zhǎng)度不一樣且前幾個(gè)字符也不一樣,從第一位開(kāi)始找,當(dāng)找到不一樣的字符時(shí),則返回的值是這兩個(gè)字符比較的值

a="assdf";

b="bdd";

num=-1;

2.當(dāng)兩個(gè)比較的字符串是英文且長(zhǎng)度相等時(shí),

1)一個(gè)字符

a="a"; ? //97

b="b"; ? //98

num=-1;

2)多個(gè)字符,第一個(gè)字符不同則直接比較第一個(gè)字符

a="ah"; ? ?//a=97

b="eg"; ? ?//e=101

num=-4

3)多個(gè)字符,第一個(gè)字符相同則直接比較第二個(gè)字符,以此類(lèi)推

a="ae"; ? //e=101

b="aa"; ? //a=97

num=4;

參考資料:百度百科-compareTo

JAVA里面,怎樣找出兩個(gè)list中相同的元素,

循環(huán)取出list1的元素,然后循環(huán)和list2中的元素進(jìn)行比較,如果相等就輸出該元素。代碼如下:

import?java.util.ArrayList;

import?java.util.List;

public?class?Test?{

public?static?void?main(String[]?args)?{

ListInteger?list1?=?new?ArrayListInteger();

ListInteger?list2?=?new?ArrayListInteger();

list1.add(2);

list1.add(3);

list1.add(5);

list2.add(2);

list2.add(5);

list2.add(6);

list2.add(8);

for(int?i?=?0;?i??list1.size();i++){

int?temp?=?list1.get(i);

for(int?j?=?0;?j??list2.size();j++){

if(temp?==?list2.get(j)){

System.out.println("有相同的元素:?"?+?temp);

}

}

}

}

}

序列比對(duì)空位罰分原理

序列比對(duì)(Sequence Alignment)是通過(guò)在序列中搜索--系列單個(gè)性狀或性狀模式來(lái)比較2個(gè)(雙序列比對(duì))或更多( 多重序列比對(duì))序列的方法

按比對(duì)序列條數(shù)分類(lèi)

雙序列比對(duì):兩條序列的比對(duì)

多序列比對(duì):三條或以上序列的比對(duì)

1.相似的序列可能具有相似的功能與結(jié)構(gòu)

2.發(fā)現(xiàn)一個(gè)基因或蛋白哪些區(qū)域容易發(fā)生突變,哪些位點(diǎn)突變后對(duì)功能沒(méi)有影響

3.發(fā)現(xiàn)生物進(jìn)化方面的信息

空位為了獲得兩個(gè)序列最佳比對(duì),必須使用空位和空位罰分

空位罰分分類(lèi):

空位開(kāi)放罰分(Gap opening penalty)

空位擴(kuò)展罰分(Gap extension penalty)

最優(yōu)的序列比對(duì)通常具有以下兩下特征:

盡可能多的匹配

盡可能少的空位

插入任意多的空位會(huì)產(chǎn)生較高的分?jǐn)?shù),但找到的并不一定是真正相似序列

Wx=g+r(x-1)

Wx:空位總計(jì)分

g: 空位開(kāi)放罰分(Gap Opening Penalty)

r: 空位擴(kuò)展罰分(Gap Extension Penalty)

x: 空位長(zhǎng)度

默認(rèn)gap開(kāi)頭罰分高,gap延長(zhǎng)罰分低,這樣得出的結(jié)果gap很集中,有很多長(zhǎng)串出現(xiàn)的gap,這可以比對(duì)兩條很相似的序列–同源序列;相反,如果gap開(kāi)頭罰分少,gap延長(zhǎng)罰分高,比對(duì)結(jié)果gap就比較分散,極少出現(xiàn)連續(xù)長(zhǎng)串的gap(可以想象其中的原因,總是要保證得分高),這可以比對(duì)兩條絕大部分序列都很相似,但其中一條的一個(gè)功能區(qū)在另一條序列中是缺失的兩條序列,可以找出這個(gè)功能區(qū)。


標(biāo)題名稱(chēng):雙序列比對(duì)java代碼,雙序列比對(duì)java代碼編程
URL鏈接:http://weahome.cn/article/hopigs.html

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