之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結(jié)果。既然做了GO，當(dāng)然少不了KEGG了。
我們提供的服務(wù)有：成都網(wǎng)站設(shè)計(jì)、成都網(wǎng)站制作、微信公眾號(hào)開(kāi)發(fā)、網(wǎng)站優(yōu)化、網(wǎng)站認(rèn)證、阜康ssl等。為上千余家企事業(yè)單位解決了網(wǎng)站和推廣的問(wèn)題。提供周到的售前咨詢和貼心的售后服務(wù)，是有科學(xué)管理、有技術(shù)的阜康網(wǎng)站制作公司
同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結(jié)果。
對(duì)于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結(jié)合在一起，效果更豐富更好看一點(diǎn)。
利用R語(yǔ)言堆疊圖，我們可以將一個(gè)項(xiàng)目中所有樣品的物種組成展示出來(lái)。
下面介紹如何利用R語(yǔ)言進(jìn)行物種組成分析和可視化。過(guò)程分為以下幾步：
1)模擬豐度矩陣；
2)模擬分組；
3)標(biāo)準(zhǔn)化豐度；
4)調(diào)整格式；
5)ggplot2繪制堆疊圖、沖積圖、分面、分組、堆疊面積圖。
坐標(biāo)為x,y的點(diǎn)圖 點(diǎn)的size 用另一變量Z控制。
ggplot(data=,aes(x= ,y= ))+geom_point(size= )
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
氣泡圖（bubble plot）：在二維散點(diǎn)圖的基礎(chǔ)上，用點(diǎn)的大小來(lái)代表第三個(gè)變量的值。
symbols()函數(shù)來(lái)創(chuàng)建氣泡圖。該函數(shù)可以在指定的(x, y)坐標(biāo)上繪制圓圈圖、方形圖、星形圖、溫度計(jì)圖和箱線圖。
symbols(x, y, circle=radius)
其中x、y和radius是需要設(shè)定的向量，分別表示x、y坐標(biāo)和圓圈半徑。
你可能想用面積而不是半徑來(lái)表示第三個(gè)變量，那么按照?qǐng)A圈半徑的公式（r = /πA ）變換即可:
symbols(x, y, circle=sqrt(z/pi))
一般來(lái)說(shuō)，統(tǒng)計(jì)人員使用R時(shí)都傾向于避免用氣泡圖，原因和避免使用餅圖一樣：相比對(duì)長(zhǎng)度的判斷，人們對(duì)體積/面積的判斷通常更困難。
參考資料：
前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)
?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀
?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖
?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖
? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化
也用視頻給大家介紹過(guò)
? GO和KEGG富集分析視頻講解
最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。
氣泡圖
柱形圖
這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。
dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)
我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。
是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道
同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文
GO和KEGG富集分析視頻講解
氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個(gè)個(gè)像氣泡元素組成的圖，和普通的散點(diǎn)圖不同，該圖可以展示三維甚至四維信息，如下圖： 點(diǎn)的位置即其橫縱坐標(biāo)分別代表了Weight和Height，氣泡的大小代表了Age，顏色代表了不同個(gè)體。
再舉幾個(gè)例子：
上面用了不同形式展示了GO或其他富集的結(jié)果。上圖和右下圖中，我們用顏色代表GO的類別，用橫縱坐標(biāo)代表p-value和z-score，用大小代表富集的基因Count。左下圖我們用顏色代表p-value，用大小代表GeneCount，橫坐標(biāo)代表GeneRatio，縱坐標(biāo)代表具體的類別。
從上述例子中可以發(fā)現(xiàn)用氣泡圖我們能展示更多的數(shù)據(jù)信息。 隨著多組學(xué)研究的涌現(xiàn)，我們急需在同一張圖表理展現(xiàn)多維的數(shù)據(jù)，氣泡圖就是一個(gè)不錯(cuò)的選擇。
1）需要什么格式的數(shù)據(jù)
根據(jù)最終想要在氣泡圖上展示數(shù)據(jù)的維度以確定數(shù)據(jù)的格式。
本次用一個(gè)來(lái)自于GOplo包的數(shù)據(jù)EC，該數(shù)據(jù)為RNA-seq的下游分析數(shù)據(jù)。
該數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理后進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析以確定了差異表達(dá)基因。 使用DAVID功能注釋工具對(duì)差異表達(dá)基因（調(diào)整后的p值0.05）進(jìn)行基因注釋富集分析。
由于本次將使用兩個(gè)包一個(gè)是GOplot專門用于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的下游展示，還有一個(gè)是我們常用的畫圖包ggplot2， 需要注意的是用于ggplot2的作圖數(shù)據(jù)還要基于circ略作修改，具體見(jiàn)下文。
2）如何作圖
GOplot 包提供了直接做氣泡圖的方法：
略調(diào)整參數(shù)之后可以對(duì)圖的布局、顏色等進(jìn)行調(diào)整：
然后，我們來(lái)看一看用常見(jiàn)的包ggplot2應(yīng)該如何做該圖。
首先我們要對(duì)數(shù)據(jù)處理一下，剔除一些不必要的信息：
稍作改變，去除圖例添加facet。
往期 R數(shù)據(jù)可視化 分享
R數(shù)據(jù)可視化6: 面積圖 Area Chart
R數(shù)據(jù)可視化5: 熱圖 Heatmap
R數(shù)據(jù)可視化4: PCA和PCoA圖
R數(shù)據(jù)可視化3: 直方/條形圖
R數(shù)據(jù)可視化2: 箱形圖 Boxplot
R數(shù)據(jù)可視化1: 火山圖
重慶分公司
重慶分公司
